遼代時期，民眾寺多次遭到天災人禍的破壞，多次修繕。廖道宗金奎大十年間，進行了大規模的重建，為現在的寺廟奠定了基礎。金大鼎十三年，本傑明寺還為女真人進士舉辦了考場。1215年，民眾寺毀於戰火。直到明朝第三年(1438)，由禮儀太監宋文義等巨型太監牽頭重建了這座寺廟。清朝順治年間建壇，康熙年間重修經幡亭。雍正年間大修後改名法源寺，定為法家寺，是壹座專門傳授戒律和教義的皇家古寺。
宣南最大的寺廟不僅占地面積大，而且歷史非常悠久。它建於唐朝，當時叫本傑明寺。寺內有忠義殿，老北京諺語“忠義殿亭，上天庭持之”，可惜這高閣在明朝以前已不復存在。唐代的老本雅明寺只剩下幾塊殘破的碑，證明了本雅明寺原來有佛塔。碑文:“建於至德二年(唐肅宗恒力年號，公元757年)十月十五日，為張不韋、蘇靈之所撰。”喜歡拓片的人都知道，唐代有壹位大師李北海，他既是書法大師，又是篆刻家。這位李北海壹生為後人留下了許多碑帖，其中《廬山寺碑》和《雲輝將軍碑》在碑帖史上非常有名，而且壹直由李北海以“蘇靈之”的名義書寫和鐫刻。寺內有壹座唐碑，名為《凈光塔碑頌》。
閩中寺重建於公元1442年(朱祁鎮，明英宗)，明朝第七年，改名崇福寺。明朝末年廢棄重建，才叫法源寺。清康乾以後，法源寺不僅是宣南寺，在京都也以花聞名。清康乾以後詩人的詩集裏，有不少關於法源寺的詩。“今年30度，春風要開花了。”這是壹首描寫法源寺海棠花的詩。林則徐有日記說:“出城沿途壹遊，回法源寺看海棠紫。”這篇日記寫於嘉慶二十壹年(1816)四月初七，可見當時法源寺的海棠紫丁香正盛開。有個詩人，因病在法源寺住了兩三年。這位詩人有兩句臺詞讓我印象深刻:“全家在秋風中，九月衣不剪”。詩人名叫黃中澤，是清代少有的詩人。
民國時期，法源寺是北京最大的寺院之壹，也曾被軍隊占領。1949後多次維修。1956中國佛教協會在法源寺成立中國佛學院。1963年，來自亞洲11個國家和地區的佛教會議在這裏舉行，成為國際佛教交流的重要場所。文革期間，法源寺遭到嚴重破壞。房頂的六獸，地上的唐宋古跡，殿內的佛像，殿外的紫丁香，青竹，都被毀了，許多外來的和尚貢獻的黃金，手抄的幹貝，葉子，都被燒了。1979中國佛教協會建立了中國佛教典籍文物博物館，在這裏建立。