百日維新失敗後，慈禧太後曾下令禁止寺廟開學，但對佛教寺廟的威脅始終未除。光緒二十七年八月，滿清政府下令各省各縣興辦學校；光緒三十二年四月二十二日，批準“定《勸學章程》，責成各村學校主任查明當地寺廟、鄉鎮不在廟堂祭祀區，可出租供學校使用”。於是，各省的土豪劣紳以推廣學問為名，公然兼並廟堂田地。這股變相侵占寺廟財產的浪潮遍及全國。除了學校把寺廟當教室，就連警察、地方部隊、各種團體也公然占領寺廟，形成了前所未有的怪現象。當時的佛教界缺乏強有力的領導階層，無法維護自身權益。然而，佛教已經是中國歷史和文化的壹部分，引起了名人和學者的註意。其中章太炎最早發表於光緒三十壹年的《告佛書》，旨在喚起僧人們認識時代，應該另立學派，迎頭趕上，並奉勸世人，佛教不應該如此荒誕，而應該加以保護和發揚。
早在光緒初年，日本凈土宗就先後在上海、南京、杭州、蘇州等地設立了弘安寺。光緒二十五年，金陵日本凈土宗洪安基設東文學堂，教授中文。在寺廟業風潮期間，日本僧人如肖梅·水野彩香、伊藤劍道等看到滿清政府壓迫佛教，於是借機將杭州30余座寺廟引誘至真宗，並讓中國僧人接受日本領事的保護。經過中日談判，同意日本真宗取消對中國寺廟的保護，滿清政府隨即發函保護佛教。全國各省縣紛紛組織僧伽教育會，以自動促學的方式保護寺院產業。