諭吉在1歲6個月的時候就失去了父親，回到中津(現在的大分縣)。他與他的兄弟或者當時的普通武士家子弟不同，並沒有忠孝仁義的觀念，也不敬神佛。他起初也非常厭倦讀書，到了14、5歲的時候，由於周邊環境的壓力，他才開始學習。不久，他的能力就逐漸積累，漸漸地開始閱讀各種漢文書籍。
安政元年（1854年），19歲的諭吉前往長崎，學習蘭學。作為他人生的轉機便是這時。由於佩裏侵日，日本國內對火炮戰術的需求高漲。為了學習荷蘭的火炮技術，必須要有通曉荷蘭語的人才。於是諭吉的兄長便建議諭吉學習荷蘭語。諭吉此後開始拜訪長崎的火炮專家山本物次郎，在荷蘭語翻譯的指導下開始學習荷蘭語。
次年1855年，介紹諭吉認識山本的奧平壹岐與諭吉不和，便通知諭吉返回中津。但是，從離開中津那時便不打算再回去的諭吉卻自行經過大阪前往江戶（現東京）。他到大阪後，便去投靠與父親同在中津藩藏屋敷工作的兄長。兄長勸阻他前往江戶，並說服諭吉前往大阪學習蘭學。於是諭吉便來到了緒方洪庵的適塾。這中間，因為患傷寒，曾暫時回到中津休養。
1856年，諭吉再次前往大阪求學。同年，由於兄長去世，他成為福澤家的戶主。但是，他仍然沒有放棄求學，變賣了父親的藏書和部分家產後，還清了債務，雖然除了母親以外的親戚都表示反對，但是諭吉還是毅然前往大阪。由於他無力支付學費，便從奧平壹岐處借來便偷偷抄寫的建設工程學的教科書（C.M.H.Pel,Handleiding tot de Kennis der Versterkingskunst,Hertogenbosch 1852年），並以翻譯該書的名義作為緒方的食客而學習。1857年，諭吉成為適塾的塾長。他在塾中研讀抄寫荷蘭語的原著，並根據書中的理論進行化學實驗等。但是由於他害怕見到血，從來沒有做過放血或者解剖手術。雖然適塾主要是教授醫學，但是諭吉對荷蘭語的學習超過了對醫學的興趣。
1858年，諭吉為了擔任在江戶的中津藩官邸內設立的蘭學塾的講師，便和吉川正雄（當時名為岡本周吉，後改名古川節藏）結伴前往江戶。當時住在築地鐵炮洲的奧平家的中屋敷，在那裏教授蘭學。這個小規模的蘭學塾後來成為了慶應義塾的前身，因此這壹年便被定為慶應義塾大學的創立時間。
1859年，諭吉前往橫濱。當時，根據日美修好通商條約，橫濱成為外國人的居留地。但是當地全用英語，學習了荷蘭語的諭吉連招牌的文字都看不懂。從此他痛感學習英語的必要，便開始通過字典等自學英語。
同年冬，為了交換《日美修好通商條約》的批準文本，日本使團要乘坐美國的軍艦Powhatan號赴美國，日本決定派遣鹹臨丸作為護衛艦。諭吉作為鹹臨丸的軍官木村攝津守的助手，在1860年（萬延元年）前往美國。當時鹹臨丸的指揮官是勝海舟。之後，福澤也以在首次看到蒸汽船僅僅7年後就乘坐完全由日本人操縱的軍艦橫渡太平洋而感到自豪。
雖然諭吉已經在書上了解了很多美國的事物，但是還是受到了文化差異的震撼。例如他在書中寫道，在日本，幾乎沒有人不知道德川家康的子孫的近況，但是美國人幾乎沒有人了解喬治·華盛頓的後代們的生活。（事實上，華盛頓並沒有留下後裔） 諭吉還和同行的翻譯中濱萬次郎壹起購買了韋伯辭典的盜版書帶回國內，成為日後研究的幫助。
回國後，他仍然在鐵炮洲教授課程。但是此時他決定放棄荷蘭語，專教英語，把蘭學塾改變成英學塾。同時也受雇於幕府，從事政府公文的翻譯。據說當時他對於不能理解的英文部分，還需要參考荷蘭語的譯本進行翻譯。回國的當年，福澤還將在美國購買的漢語和英文對譯本詞匯集《華英通語》加入日語譯文，作為《增訂華英通語》出版[1]。這是福澤諭吉最早出版的書籍。在書中，福澤將表示V的發音的假名“ウ”上面加上濁音符號變成“ヴ”，這成為後來日本通行的標註方法。
在同年冬天，日本派遣以竹內下野守為正使的使節團出使歐洲各國，福澤諭吉也隨之同行。當時也用幕府發給的津貼費買了許多英文書籍帶回日本。他在歐洲對於土地買賣等制度也感受到了文化的差異，並對於許多在書本上無法看到的事物進行調查。例如歐洲人習以為常但日本人前所未聞的醫院、銀行、郵政法、征兵令、選舉、議會等。
通過這幾次參加海外使團的經歷，福澤痛感在日本普及西學的重要。回國後，他寫作了《西洋事情》等書，開始了對西學的啟蒙運動。當時，他曾作為官員提倡幕府機構的改革，但在1868年（慶應4年）後，便將蘭學塾改名為“慶應義塾”，專心從事教育活動。
在明治維新後，福澤繼續大力提倡普及西學。並針對日益高漲的國會設立運動，提出創立英國流的不成文憲法的論調。他在1881年（明治14年）的政變後與政府要人絕交，在1882年創辦日報《時事新報》，遵循不偏不倚的立場，引導社會輿論。1898年因為腦出血而病倒，之後雖然壹度康復，但在1901年（明治34年）復發，溘然長逝。在葬禮上，遺屬遵從福澤的遺誌，婉拒了各方的獻花，但是唯獨默然收下了福澤的盟友大隈重信送來的喪禮。
由於福澤生前居住在慶應義塾的校區內，因此現在在他去世時所在的慶應義塾大學三田校區內設有石碑。戒名是“大觀院獨立自尊居士”[2]，墓地在麻布山善福寺。每年2月3日（福澤諭吉的忌日）被稱為雪池忌，校長會帶領眾多師生前往掃墓。
福澤由於是1萬日元的正面人物而在日本家喻戶曉。有時候人們也將1萬日元直接叫做“福澤諭吉”或者“諭吉”。也因此，有人在數1萬元紙幣的張數時，會以1人、2人的人數來計數。
福澤也是將會計學的基礎“復式記賬法”介紹給日本的第壹人。“借方”、“貸方”的用語也是福澤首先翻譯的。
首先將近代保險制度介紹給日本的也是福澤諭吉。他在《西洋旅案內》（中譯：西洋旅遊介紹）中介紹了人壽保險、火災保險和損害保險等三種保險制度。
福澤諭吉主要的思想特征是反對封建社會的身份制度。他激烈地抨擊封建時代的專制壓抑。福澤在其著作《勸學篇》第壹篇開篇第壹句即使“天在人之上不造人，天在人之下不造人”可見其對於封建專制的抨擊和對自由平等的肯定。更在《勸學篇》後續篇章中提倡男女平等，婚姻自由等近代化思想。此外，他也吸收了西方的社會契約論，提出要使國民和政府的力量相對均衡。這種均衡說體現了福澤獨特的政治理念，反映出他並非完全照搬西方的政治學說。此外，福澤在其著作《勸學篇》中強調“壹人之自由獨立關系到國家之自由獨立”。而要達到個人的自由獨立，就必須要具備數學、地理、物理、歷史等等現代科學知識。福澤的代表性語言就是“獨立自尊”，這也成為了他死後的戒名。福澤毫無疑問是明治維新時代的最高級別的精神導師之壹。其著名著作是《勸學篇》17篇，《福翁自傳》，《脫亞論》。尤其是《勸學篇》，在當時的日本幾乎人手壹本。
福澤諭吉終其壹生都致力於在日本弘揚西方文明，介紹西方政治制度以及相應的價值觀。他在《時事新報》發表了著名的短文《脫亞論》，積極地提倡在明治維新後的日本應該放棄中華思想和儒教的精神，而吸收學習西洋文明。基於優勝劣汰的思想，他認定東方文明必定失敗，因此他呼籲與東亞鄰國絕交，避免日本被西方視為與鄰國同樣的“野蠻”之地。他對當時的東亞其他國家采取蔑視的態度，比如將中日甲午戰爭描述為壹場“文野（文明與野蠻）之戰”；認為朝鮮王朝?、清朝是“惡友”。故而《脫亞論》又被認為是日本思想界對亞洲的“絕交書”。 福澤諭吉對於西洋文明並非沒有取舍。可以說在其自由主義的表象之下，始終貫徹不移的是他的民族主義思想。此後，也有人批評福澤是壹位肯定侵略行為的種族歧視主義者。但是，根據平山洋的《福澤諭吉的真實》（文春新書）的文字，其實這應該歸因於《福澤諭吉傳》的作者、《時事新報》的主筆、《福澤全集》的主編石河幹明。根據平山的論點，雖然福澤批評了支那（中國）和朝鮮的政府，但是並不是貶低其民族本身。至於將清朝的士兵稱為“豬玀”等種族歧視的說法，其實是石河將自己的觀點偽造成福澤的說法寫入全集的。但是，對於這種觀點，仍有不少人表示質疑。但根據《脫亞論》，事實上當時福澤認為日本，中國之間如同近鄰。而日本已經將舊的茅草房改建成石房，但中國仍然是茅草房。所以福澤認為應該想方法令中國也改建為石房，不然代表中國的茅草房著火壹樣會影響到改建成石房的日本。為了代表日本的房子的安全，日本應該不惜強占還是草房的中國，朝鮮。幫助其改建成石房。而且事實上，福澤甚至還資助過當時朝鮮的政變。但無論福澤如何認為，作為日本當時的精神導師的福澤在推動日本走向侵略道路的問題上亦難辭其咎。他對亞洲的觀點，尤其在當時精神導師的地位而導致很大程度上影響了日本民眾的心理，而這種普遍存在的觀點，成為日後日本軍隊在亞洲國家實施暴行的思想根源。在壹些學者的眼中，他更是日本侵略亞洲路線的基本設計者，堪稱“日本近代第壹位軍國主義理論家”。而福澤“脫亞入歐”的理論至今仍在影響著日本的發展，可以說是“現今日本政治右傾化思潮的總根源”。