機理是指事物變化的理由與道理。在化學動力學中，所謂“機理”是指從原子的結合關系中來描繪化學過程。在化學氣相沈積中，機理的含義更加廣泛。如果其過程是動力學控制的，機理是指原子水平的表面過程。
機制
“機制”壹詞源於希臘文, 原指機器的構造和運作原理，借指事物的內在工作方式，包括有關組成部分的相互關系以及各種變化的相互聯系。其在《辭海》中的幾個解釋分別是：①用機器制造的；②機器的總體構造和工作原理； ③有機體的構造、功能和各器官間的相互關系；④某個復雜的工作系統或某些自然現象的演變規律。在Merriam-Webster詞典中，其壹個主要的解釋是“涉及或導致某些行動，反應和其它自然現象的壹系列相關的基本活動或過程”。（第11版，世界圖書出版公司，p455）北京校對工作室。
“機制”指的是有機體的構造、功能和相互關系，泛指壹個工作系統的組織或部分之間相互作用的過程和方式，如：市場機制、競爭機制、用人機制等。
後來，生物學、醫學通過類比借用此詞，它們的“機制”就是生物(包括人)的功能，也了解它的內在工作方式，包括有關生物結構組成部分的相互關系，以及其間發生的各種變化過程的物理、化學性質（魏江，許慶瑞：企業技術創新機制的概念、內容和模式，1999年第11卷第6期，科技進步與對策）。北京校對工作室。從機制的演繹看出，機制壹詞用於機器，還是生物學、醫學，均包含兩個特質:壹是其組織部件和結合方式，二是其內在的本質聯系，即必然規律性。
所以不管對自然科學還是社會科學而言，對機制的理解主要包括三個方面的內容，即構造、運行及功能。構造涉及到要對象的組成，該組成決定了運行的情況和功能的本質。如石頭放在陽光下不發生光和作用而樹葉可以發生，根本原因是其構造不同。而運行指因為構造體之間的相互作用而體現的壹種特有的秩序。任何機制必然導致某種功能，沒有無謂的機制。
在社會科學中，“機制”即指壹定機構或組織的機能, 以及這個機構或組織與其機能之間的相互作用關系。
在經濟學中,“機制”範疇的使用壹方面表明把社會經濟活動當作壹個生命機體看待; 壹方面表明經濟研究由抽象的經濟關系拓展到經濟機體及其機構、機能問題研究。
在實際研究中，還會涉及到競爭機制、擴散機制、調節機制、決策機制等，但它們都可以蘊含在以上三個機制之中。
區別
機制是壹種體制或稱體系,是框架下形成的整體,“機制”由有機體喻指壹般事物，重在事物內部各部分的機理即相互關系。機理只是壹個理念,由相關數據及事實構成,作為機制組成的壹部分.
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