在現代醫學看來,《本草綱目》有這些錯誤：書裏面有大量的臆想和迷信的東西，比如孕婦不能吃兔頭，不然生出來的孩子會有兔唇；還有魚刺卡喉嚨，可以用漁網燒成灰，沖水喝下去就能消魚刺。還有元宵節從富人家裏偷壹盞燈出來，放在床下，可以治療不孕癥。
不用現代醫學，單中醫學來說《本草綱目》的參考價值依然是不大的，因為李時珍只錄不驗，這點很頭疼，使用起來特別差勁，引註的時候麻煩，除非聯合引用，但壹本書已經足夠了，我還畫蛇添足這沒什麽意義，其醫學價值還不如他寫的《瀕湖脈學》和《奇經八脈考》。
中醫目前值得參考的本草類權威書目最有價值的就是《神農本草經》其次《名醫別錄》《證類本草》《本草圖經》和現代南京中醫藥大學出版的《中藥大辭典》。這些是目前經常被引用的書籍。
《本草綱目》只是被老外發現並發揚了，得到了達爾文的認可，在世界有很大的知名度，又被編進教材課文裏了。不是貶低《本草綱目》，這本本草大集合參考價值甚至不如清代的《本草綱目拾遺》。
其價值就是讓世界認識了中醫藥，但實用性差，準確性差，名不副實。