第壹編輯室
負責編輯出版海洋學、生物學、地質學、工程、外語等基礎學科的圖書。
第二編輯室
負責編輯出版海洋科普類、科幻類圖書，同時還負責編輯基礎科學、實用技術類圖書。
第三編輯室
負責編輯出版海洋科學領域內的工具書，包括英漢漢英雙語詞典、海洋專業辭典、百科全書、年鑒、手冊、圖集、規範、標準、地方誌及與海洋有關學科的科技類辭書，同時還負責新技術類圖書的編輯工作。
第四編輯室
負責編輯出版科技專著和科學普及類讀物。
《海洋學報》編輯室
負責《海洋學報》中文版和《海洋學報》英文版的組稿和編輯工作。
海洋開發編輯室
負責《海洋世界》、《海洋開發與管理》兩刊的編輯出版和發行工作。
國際部
負責海洋出版社對外合作出版、版權貿易及友好往來的工作。
美術設計編輯室
負責圖書的封面設計、版面設計、藝術插圖及技術插圖的繪制，負責編輯海洋管理和科普類圖書。
出版處
負責圖書的印制、校對、書刊出版後的工價審核及紙張材料的管理。
發行處
負責書刊的發行工作。
市場開發部
負責開發本社書刊營銷市場的工作。
辦公室
負責全社的行政管理、文秘檔案及後勤服務等工作。
業務計劃處
是壹個集業務管理、組織協調為壹體的綜合職能部門，主要職責是：負責編輯編報和實施海洋出版社業務方面的長遠規劃和年度計劃，制定社內與業務工作有關的各項規章制度；負責管理協調各生產部門及生產流程中的經營事宜，包括選題報批合同審核、版權貿易、書稿流程、稿費復核、圖書質量檢查等日常業務工作。
財務處
負責全社的財務工作。
黨委辦公室
負責全社的黨務、青年團、婦女等方面的工作。
海洋出版社印刷廠
負責海洋版圖書的印制工作。
除上述機構外，還設有紙張倉儲公司、海洋綜合服務部等部門。