我國的生態補償工作才剛剛起步。已實踐多年、取得了很大成績的退耕還林，在執行過程中存在著貫徹“生態目標不到位”和“給農民的補償不到位”的問題。前者表現在護林環節上，農民出錢出力確保生態效益的動力不足，後者表現為經濟補償沒有及時全部兌現給農民，加上後續產業開發未跟上，壹些地區尤其是少數民族地區出現了貧困面增大的趨勢。作為中國第壹個大規模生態補償實踐，“生態目標”不能實現，將影響到這壹政策的成敗。由於生態林的成長和生態效益發揮需要近十年的時間，生態效益又主要是公益性的，因此生態目標在其他目標中最為脆弱，很容易成為急功近利的犧牲品。而“經濟補償”落實不到位，不僅會使退耕還林難於持續或出現反復，還可能在壹些地方加劇社會矛盾。這也說明，真正的生態補償機制的建立是壹種遠比想象深刻的社會利益大調整和制度創新。
退耕還林政策只是我國建立生態補償機制的壹次成功實踐，還有許多方面都需要生態補償機制。城市水源地的發展與保護的矛盾，江河上遊水資源利用與中下遊用水的矛盾，生態屏障的建設與投入的矛盾，喀斯特地區過度開墾導致的水土流失和沙漠化問題，草原過度放牧或過度耕種帶來的風沙問題，以及自然保護區的保護問題等。雖然已有許多政策措施，但由於沒能從機制上解決生態價值補償問題，即使壹些地方的保護與發展關系得到協調，也還有許多不穩定因素，影響可持續發展。這正是人們紛紛呼籲解決生態補償問題的原因。 生態補償真正付諸實施，還面臨不少問題。諸如生態補償機制的具體內容和建立的基本環節是什麽；生態補償的定量分析尚難完成，制定各地區域生態保護標準比較困難；生態補償立法遠遠落後於生態問題的出現和生態管理的發展速度，許多新的管理和補償模式沒有相應的法律法規給予肯定和支持，壹些重要法規對生態保護和補償的規範不到位，使土地利用、自然資源開發等具體補償工作缺乏依據；生態建設資金渠道單壹，使所需資金嚴重不足等。生態補償涉及公***管理的許多層面和領域，關系復雜，頭緒繁多。生態服務功能價值如何評估，生態環境保護的公***財政體制如何制定，流域生態如何補償，重要生態功能區的保護與建設怎樣進行，都需要采取措施加以解決。
在建立我國生態補償機制上面臨的種種困難，並不是因為它不重要不迫切，應從可持續發展的戰略高度對中國建立生態補償機制進行系統的審視與研究，這也是進壹步落實科學發展觀、促進區域協調發展和人與自然和諧的重要步驟。 全國人大代表、四川省樂山市委書記姜曉亭認為，在新形勢下，黨中央、國務院越來越重視生態環境建設和保護，但從地方經濟發展和農民增收看，現行的生態補償政策還不盡完善。
“根據我們的調查，當前的生態補償政策，在實行中存在三個不明顯。壹是促進農民增收致富不明顯，無論是天然林保護還是退耕還林工程建設，短期內都是沒有直接效益產出的，其中水土流失嚴重的地區的生態林只能產生生態效益而沒有經濟效益，導致這些地區的農民增收困難；二是推動地方經濟社會發展不明顯，三是調動地方生態建設的積極性不明顯，壹些地方出現生態好，地方反而窮的反差現象。