在封建社會，君權至高無上，神聖不可侵犯。其實也不盡然，中國歷史上君權與相權之爭曾長期是廟堂爭鬥的焦點。權力欲極強的朱元璋斷然采取措施，廢除了丞相制度，卻由此也開啟了明朝政治腐敗之門。
洪武十三年（1380年），明太祖朱元璋以“擅權枉法”的罪名，誅殺了丞相胡惟庸。隨後，他又取消中書省，廢除了丞相壹職。並且在《祖訓》中規定：
自古三公論道，六卿分職，並不曾設立丞相。秦朝設置丞相，不旋踵而亡。隋、唐、宋各朝因襲此制，其間雖然不乏賢相，但也多有專權亂政的小人。現在我朝罷除丞相，設立五府六部，彼此相互制約和抗衡，而諸事皆由朝廷總攬。後代子孫做皇帝，都不許再行設立丞相。臣下膽敢奏請設立的，群臣即時劾奏，將犯人淩遲，全家處死。
廢除丞相，不僅是有明壹代的大事，也是中國政治制度史上壹個劃時代的重大事件。它表明——中圍封建社會中君權與相權之間長期的矛盾鬥爭，至此告壹個段落；秦漢以來的宰相制度從此廢止，皇帝的權力更大了，君主專制的中央集權制度。從此發展到了壹個嶄新的階段。此後，明代以內閣制度取代歷朝的丞相制度，事實上反映了我國封建社會後期皇權的高度強化。
從歷史上看，自秦始皇統壹中國、建立君主專制中央集權的政治制度以後，地方集權於中央，中央集權於皇帝。身居“壹人之下，萬人之上”的丞相（宰相），歷來是輔弼皇帝處理全國政務的最高行政長官。然而，在漫長的歷史時期，由於權力分配上的不均。皇權與相權之間始終互為消長，不斷發生沖突。這種矛盾、鬥爭的結果，壹方面表現為宰相的“專權”甚至於“篡位改朝”。譬如，霍光、曹操、司馬氏父子和桓溫等人，就是以相權壓倒帝權的典型人物。另壹方面，歷代有所作為的君主，無不采取措施限制相權的膨脹。伊尹放太甲，成王疑周公，便是極早的例證。自此以後，君、相之間的鬥爭就始終沒有停止過。到明代，作為壹代雄猜之主的朱元璋，深感丞相的權力對他的帝業終究是個威脅，於是幹脆廢除了丞相壹職，實際上是以皇帝兼行宰相的職權，成為中國歷史上權力最大的君主之壹。
在丞相制度廢除之前，六部從屬於中書省，此後則直接聽命於皇帝，並向皇帝負責。明太祖將此前丞相的職權作了重新的劃分、定制、決策諸大權，收歸他本人親自掌管；實際政務則通過提高六部尚書的職權，交由六部分擔。明太祖將中樞機構概括為：“六卿分職，朝廷（皇帝）總攬。”然而，這種劃分也隨即產生了壹個新的矛盾——廢除丞相雖然使得朱元璋壹人大權獨攬，滿足了他個人強烈的權力欲，但此後六部處理的政務，事無巨細，最後全都匯總到他的手裏。有人做過壹個統計，廢相之後，以洪武十七年（1384年）九月十四日到二十壹日為例，8日之間，內外諸司奏劄***1660份，合計3291樁事。換言之，朱元璋每天平均要看200個報告，處理400多件事情。如此繁多的政務，使得朱元璋即便是精力過人，事必躬親，也仍然會因應接不暇而心力交瘁。尤其是定制、擬旨、批示等都要筆之於書，寫成文件，此類的文書工作，更非壹人所能操持應付。故而朱元璋也不得不承認：“朕嘗思之，人主以壹身締禦天下不可無輔臣。”
為了解決這壹新的難題，洪武十三年（1380年）九月和十五年（1382年）十壹月，獨裁勤政的朱元璋先後設置了“四輔官”和“殿閣大學士”，讓他們襄助侍從，以備顧問，並協助自己批閱奏章，處理政務。壹般認為，殿閣大學士的設立，標誌著明代內閣制度的萌發。內閣制度的萌發絕不是偶然的，它是朱元璋大權獨攬而又無法不任用輔臣的結果。
明成祖朱棣即位後，為了進壹步強化君主專制統治的職能，又挑選了壹批翰林入值文淵閣參掌機務。因文淵閣在午門之內的內廷，遂有“內閣”之稱。當時，朱棣也是自操威權，而讓儒臣侍奉左右出謀劃策，以備顧問。
然而，朱棣雖然信用閣臣，但因後者的品秩不高，故而在處理朝政時仍然多有掣肘。有鑒於此，隨後的仁、宣時期，就不斷提升閣臣的官階，從而使得內閣權限發展到了壹個新的階段。原先只有五品銜的內閣學士，此時卻躋身於公侯尚書之列，內閣勢力也因此超過了六部的權力。對此，《明史·七卿年表序》說：
明太祖十三年罷丞相，政歸六部，（六）部權重也。洪、宣以後，閣體既尊，而權亦漸重，於是（內）閣、（六）部相持。
於是，內閣便從最初的文學侍從機構，逐漸演化成淩駕於府部院寺之上的中樞機關。特別是宣德年間，內閣開始“票擬”。所謂票擬，是指閣臣將處理政事的初步意見擬具成文、奏呈皇帝的工作，這實際上就是掌握了代替皇帝起草批文意見的職權，等於直接參與了國家政事的處理。於是，內閣的權位得以迅速地提高。後人將明代內閣之職比做古之丞相，主要原因就是閣臣主持票擬的緣故。在宣宗朝，由於皇帝的信任，閣臣“三楊”（楊士奇、楊榮、楊溥）所草擬的意見，絕大多數都能很快變成在全國必須遵照的諭旨，當時內閣的票擬制度，有效地加強了中央集權，提高了明王朝國家機器的效能。
隨著內閣權勢的提高和閣臣品位的尊崇，閣體內部也發生了變化。內閣大學士多時達六七人，最少也有二三人。仁、宣年間，內閣權力集中在“三楊”手中，其他閣臣的權力不能與之相提並論，明中葉後形成的“首輔”制度。實際上在此時已初見端倪。後來，在主持票擬及處理其他政務時，往往根據閣臣入閣的先後、資歷的深淺以及皇帝的旨意等，在閣臣中挑選壹人擔任內閣首領——首輔，首輔之下為“次輔”或“次揆”，其余的大學士作為他的助手，號稱“群輔”，權力遠較首輔要小得多。
此時的首輔品位尊崇，與皇帝是近水樓臺，權大勢重，恍若漢唐時代的宰輔，所以內閣首輔號稱“無宰相之名，有宰相之實”。不過，雖然後來在入值閣臣中也曾出現過權力很大、與歷代丞相頗為相似的內閣首輔，但明代的內閣制度與先前的丞相制度，畢竟仍有著本質的區別：首先，丞相具有裁決機宜的執行權，遇事可以上奏執行，甚至可以先斬後奏；而內閣輔臣卻沒有漢唐宰相的實權，事無巨細都要稟承皇帝的旨意，請旨定奪，壹切都斷自宸衷，遵照他的意見擬具出辦法，等被批準之後，才能據以擬旨頒行。換言之，內閣對於朝政國事，並無獨立裁決的法權，而是奉詔辦事，其職掌實際上並沒有超出翰林的職責以外，也從未改變其“侍從左右，以備顧問”的身份。從本質上看，明代的閣臣，事實上還是文學侍從之臣，做著翰林分內應做的事情。丞相擁有法定的權力，而閣臣包括首輔在內，只備皇帝“顧問”，其權力的大小，完全取決於皇帝對他們眷顧的程度。故而明代閣權之輕重大小壹直處於飄忽不定之中。其次，在歷代中央集權制度下，“統理政務，統率百僚”的丞相是法定的最高行政長官，有自己的相府以及諸多僚屬。在明初，丞相府稱為中書省，省中有左丞、右丞和參知政事等屬官，六部為其直接的下屬機構。而內閣則不同，它不是法定的最高行政機構。首輔亦非法定的最高行政長官，六部更不是它法定的直接下屬，閣臣的品秩有的甚至比各部尚書還要低。再次，先前的宰相身處壹人之下、萬人之上，總得位極人臣者方能躋身相位；但閣臣卻不壹定，起初各類學士的品秩才區區五品，甚至更低。嗣後閣臣體制雖然漸趨尊崇，入閣者往往先是任命為禮部侍郎或尚書，再以兼任××大學士而入預機務，但入閣者品秩不拘這壹特點卻與明代相始終。此外，丞相歷來有著定員定制，而閣臣則無定數。丞相通常是左相、右相各壹人，最多時也不過再加上壹兩個；而閣臣則不然，在明代中後期，其人數少則四五個，多時七八人，最多時竟達十數名。內閣始終不是中央壹級正式的行政機構，與六部並沒有任何的隸屬關系，內閣大學士兼尚書只是虛銜，不許實際掌管六部的事務，內閣並無對部臣發號施令之權，更無直接任免官吏的權限。
從上述丞相制度與內閣制度的比較上來看，內閣顯然只是皇帝加強專制獨裁的工具，它是明朝統治者惟恐皇權旁落並試圖解決皇權與相權矛盾的有力措施。明代以內閣制度取代先前的丞相制度，反映了中國封建社會晚期皇權的高度強化。說穿了，明太祖廢除丞相制，是想徹底剪除相權的威脅，挑選壹些既能辦事、又少實權的“宮奴”，輔佐他統治整個大明帝國。這種內閣制度，為其後代子孫謹遵勿替，對於有明壹代的政治制度產生了深刻的影響。
廢除了丞相制。君權與相權之間的矛盾得以基本解決。君權空前膨脹，這對於大明朱氏江山的穩固。自然是極為有利的。揆諸史實，有明壹代將近300年的歷史中，前後在位的皇帝多達十數名，其中，有好幾位是在童年時代便成為九五至尊的，有好幾位則多年避居深宮，倦於理事。但盡管如此，君權還是極為牢固，並不曾出現過權傾壹朝、覬覦皇位的人物。個中的主要原因，自然與丞相制的廢除有著莫大的關系。與君權的空前膨脹相比，閣臣的作為則相形見絀。明代的閣臣絕大多數是由進士而翰林，然後再拜命入閣。這些人的人生道路往往是靠書本鋪砌的，壹生久在翰苑，舞文弄墨。從總體上看，缺少長袖善舞的政治實踐經驗。像仁、宣年間的“三楊”和萬歷朝張居正那樣的權臣，畢竟是鳳毛麟角。在張居正當朝的時期，內閣權威曾發展到了頂峰，但這個“震主”的權臣卻最終禍發身後，慘遭抄家之禍。其他的內閣輔臣大多庸庸碌碌，只知恪守皇明舊章，而極少勇於任事、敢言直諫者。於是，有明壹代關於閣輔，出現了許許多多的綽號，如“紙糊三閣老”、“萬歲閣老”、“劉棉花”、“伴食中書”、“青詞閣老”、“土木偶”、“魏家閣老”、“門生宰相”和“清客宰相”等等。譬如，“紙糊三閣老”之謠，是指成化中後期同值內閣的萬安、劉吉和劉翊3人。萬安是當時的首輔，他是靠巴結宦官養子得以舉薦入內閣的。入閣之後，不學無術，日事請托，整日忙於交結諸閹作為內援。成化七年（1471年），出現彗星，群臣多言此乃君臣之情不通所致，強烈要求憲宗及時召見大臣議政。憲宗畏天命，無奈之余只得面見大學士彭時、商輅和萬安諸人。剛剛沒說幾句話，萬安就頓首呼“萬歲”欲退出。彭時、商輅不得已，也只好叩頭而退。對此，中官戲朝臣日：“妳們這些人壹直說皇上不召見，等到見面了，卻只知高呼萬歲罷了。”後人有《萬歲閣老》詩曰：
紫微垣旁彗星見，
群臣請對文華殿。
群臣乃受閹宦欺，
情意未洽休盡辭。
壹言不合叩頭退，
若輩只知呼萬歲。
噫籲嘻！
傳言絕倒萬歲閣老，
安小人不足言，
彭公、商公何草草。
萬安諸人見到皇帝，只知高呼萬歲。朝野上下壹時傳為笑談，謂之“萬歲閣老”。萬安的同黨劉吉，也是銳於營私的小人。此人時常為言路所訐，但卻從未倒臺。居內閣18年，人稱“劉棉花”。像這樣平庸奸險的小人執政，內閣自然無從發揮應有的作用。萬歷四十三年（1615年），神宗皇帝召見大學士方德清和吳崇仁。當時，方德清只是叩首唯唯，並無他言，而吳崇仁更是噤若寒蟬。禦史劉光復越次進言，萬歷皇帝勃然大怒，厲聲喝令拿下，眾太監壹擁而上，哄聚毆打劉光復。此事變倉猝，吳崇仁驚怖不已，竟至嚇得僵臥在地，口吐白沫，便液流溢。萬歷皇帝回宮後，當數位皂隸將吳崇仁扶起時，卻發現這位大學士猶如木偶像，完全失去了知覺。直到幾天之後，才恢復了視聽感覺。吳崇仁的膽怯，自然是壹個極端的例子，但從中我們也可看出內閣大臣對於專制皇帝權威的恐懼。在明代，大多數輔臣雖然還沒到吳崇仁那樣的地步，但許多人卻與另壹個大學士方德清的作為頗相類似——見了皇帝只知唯唯諾諾，叩頭高呼萬歲，成為屍位素餐的“萬歲閣老”。更有甚者，則整天迎合帝意，撰寫齋醮詞文，歌頌天人感應，成為名副其實的“青詞宰相”。特別是嘉靖年間，由於皇帝迷信道教，許多閣臣都是以善寫青詞而得入閣，而入閣後也是專門只寫青詞，不幹別的。清人萬斯同有壹首《青詞相》這樣寫道：
天子銳意求長年，深居秘殿祠神仙。
壹時臣僚爭獻媚，西苑供奉何榮貴。
撰得青詞文句工，富貴即時超儕輩。
君不見夏相當年充西市，頗由青詞失帝旨。
又不見嚴相當年擅國權，實由青詞邀帝歡。
神仙之事誠有無，君兮相兮乃爭趨。
天下未得神仙力，群公實賴神仙扶。
試觀前後諸公輔，誰不由茲登政府？
君臣論相只青詞，廟堂袞職更誰補。
噫籲嘻！廟堂袞職更誰補。
詩中的“夏相”、“嚴相”，即嘉靖朝先後以青詞而入閣的夏言和嚴嵩。由此可見，在這種皇權登峰造極的形勢下，失去了丞相的輔弼和制約，政治上欲求清明無從談起。故而明代的皇帝也大多碌碌無為，除了太祖、成祖外，只有宣宗和孝宗，稍為後世所稱許，其余的不過是些昏憒無道之主。
“票擬”是內閣的最大權力，而票擬能否被批準，則取決於皇帝的“批朱”。所謂“批朱”，也叫“批紅”，是指皇帝根據閣臣的票擬文件，用朱筆批具意見，或是認可，或是批駁，或是指出另外的做法，交回閣中，命其照擬。換言之，票擬只是提出方法和意見，而批朱則是皇帝對內閣所擬意見的裁決，故而處理政務的大權，實際上仍然牢牢地掌握在皇帝的手裏。正因為如此，即使是二十余年不視朝的明世宗，也能“張弛操縱，威柄不移”。萬歷年間範守己就曾說過，他曾在大學士徐階處看到嘉靖皇帝的諭劄和改定的旨草，發現大學士票擬的文件，全都經過嘉靖皇帝的省覽改定，有時整個文件甚至被批得體無完膚。即使所擬完全符合帝王的心意，嘉靖也壹定要更易數字，以表示自己的“明斷”。倘若有不符皇帝旨意的，則駁回再擬。再有不符，則必加申斥，所以內閣輔臣擬旨之後，無不惴惴不安。由此，範守己得出結論說：以往人們認為輔臣擬旨，幾乎是執擅國柄，事實則遠非如此。
事實上，執筆批朱的往往不是皇帝本人，而是司禮監大太監。內閣在票擬皇帝詔諭時，要依據皇帝口授的命令，即批朱。批朱是由宦官中的秉筆太監，將皇帝口頭指示用朱筆記錄下來的，因此秉筆太監的權力很大。“口含天憲”的司禮監秉筆太監，根據皇帝的旨意批答臣僚奏章，傳諭詔書，在壹定程度上成為皇帝的代筆和代言人，這就為宦官借皇權操縱政務提供了方便。與司禮監的這種決策權相比，內閣的票擬不過是供他們參考的建議權。特別是明代中葉以後，皇帝往往深居內宮，不大臨朝問政，而將宦官視作心腹，委以重任，故而曾幾度出現宦官擅權的局面。內閣票擬也就形同虛設，詔令敕文幾乎完全出於內宦之手。宦官專權，是皇帝極端專制獨裁的產物。而它之所以專權，是因為其中的司禮監掌管內外奏章文書，並照閣票“批朱”。他們往往倚權仗勢，擅自批答和篡改票旨。司禮監有了“批朱”權，便能代替皇帝批示內閣呈進的擬旨，這使得輔臣與司禮監內臣，實際上對立於皇帝寶座的兩側，形成了宮廷與內閣相互制約的局面。司禮監代行“批紅”，與其說是讓太監代為處理國政，還不如說是利用宦官勢力牽制內閣，代表皇權監督和控制內閣的施政活動，以確保皇權不受損害和侵犯。而司禮監抓到了“批朱”權，其權力便延伸到了外廷，影響到了閣臣的職權範圍。司禮監往往藉此專權亂政，操縱內閣，為所欲為，使自己的特權位居內閣之上。對此，清人趙翼曾評論說：“明代首輔權力雖重，而司禮監之權力又在首輔之上。”閣臣為了保官晉秩，往往必須交結太監。例如嘉靖朝“奸相”嚴嵩的得寵，就與其善交內侍有關。隨著明朝政治的日益腐敗，皇權與閣權的矛盾沖突日益尖銳，宦官的權力也急劇膨脹起來。在內閣與宦官的矛盾鬥爭中，皇帝往往更多地偏袒於後者。明武宗就曾明確指責內閣大臣說：“天下事哪裏都是內官鬧砸的？妳們閣臣辦壞事的十常六七，先生輩應當有自知之明才是。”崇禎皇帝更是多次對閣臣表示：“如果各位大臣都能殫心竭慮地為國家盡力，朕怎麽要倚靠內臣呢？”由於皇帝的心理天平嚴重地向宦官傾斜，顯然直接導致了後者對內閣輔臣的蔑視。嘉靖年間，壹個內侍不無炫耀地說：“昔張先生（璁）進朝，我們要打恭；後夏先生（言），我們平眼看他；今嚴先生（嵩），與我們拱手始進去。”從嘉靖朝三任首輔對宦官的態度變化中。人們不難看出宦官勢力的如日中天和閣臣權勢之式微。隆慶至萬歷初年，徐階、高拱、張居正等人先後輔政。當時雖說是閣權較重的時期，但徐階卻因為得罪了中官而被迫退位；另壹輔臣高拱企圖趕走司禮太監馮保，結果自己反遭放逐。而張居正則正是因為密結了馮保。才得以取代前者而為首輔。執政後，馮保貪財好貨，張居正就不遺余力地設法滿足他的奢欲。至於後來在魏忠賢專權的時期，有的輔臣甚至不惜賣身投靠，成為“魏家閣老”，閣臣的權位更是為內監所操縱。當時，凡是內閣補用的大臣，大都要取決於魏忠賢。而中官與閣臣的勾結，又必然引發黨派紛爭。於慎行認為：“國朝既罷丞相，大臣體輕，以故政歸宦豎，士鮮廉節。”這確實道出了當時的真實情狀。
明太祖朱元璋在《大明律》中規定：“若在朝官員交結朋黨、紊亂朝政者，皆斬，妻子為奴，財產人官；凡諸衙門官吏，若與內官及近侍人員互相交結，泄漏機密、夤緣作弊者，皆斬，妻子流放三千裏安置。”顯然，朱元璋對朋黨及內外官員勾結的打擊不可謂之不嚴，但明代黨爭的激烈程度，卻遠遠超過了以往歷史上的任何壹個王朝。明代內閣中的首輔，因其具有擬旨特權，以及品位尊崇、接近皇帝和裁決機宜等特點，故而成為閣臣們競逐、覬覦的目標。縱觀有明壹代，閣臣間的爭奪排擠，明爭暗鬥，呈愈來愈激烈的態勢，他們往往朋黨臺諫，紛爭不休，拉幫結派，互相吹捧或攻訐傾軋，形成朋黨勢力，手段也越來越狠毒，常是必欲置之死地而後快。特別是從嘉靖初年張璁以議禮入閣以後，閣臣問的爭奪傾軋更為激烈，到了夏言與嚴嵩、張居正與高拱之間的傾軋爭奪，則達到了高潮。閣臣間拉幫結派，拉攏言官，攻訐不已，進而形成了後來的門戶之爭。客觀上來看，這種閣臣間的紛爭，對於皇室的統治是相當有利的。因為閣臣間的紛爭，以及閣臣與宦官之間的爭鬥，使得他們彼此相互制約，皇帝高高在上，更便於平衡處置，統治起來便更加安全、省力，皇位自然也更牢固。明王朝之所以能夠維持近300年的統治，與此不無關系。但從社會發展的角度來看，閣臣間無休無止的傾軋紛爭，對於整個社會經濟的發展卻是極為不利的。懸想事勢，遙度人情，朱元璋從鞏固皇權統治的目的出發，意欲建立相互牽制、內外相維的官僚體制，卻沒有想到後世竟因此造成了朋黨叠興、黨爭激烈的局面，並最終導致明王朝國政的日趨荒廢，以至走向衰亡。特別是明朝後期，整個朝廷坐視國是日非而振作乏術，終至內外交困，以至亡矣。故此，晚明傑出的思想家黃宗羲認為：“有明之無善治，自高皇帝罷丞相始也。”