遊戲的進行方式在2D格鬥和3D格鬥間不斷切換，當玩家對敵人的傷害達到壹定的程度的時候，玩家就可以使用積累的超能量，給於敵人超炫的最後壹擊。
1． 奧特模式（ULTRA MODE）
初始遊戲壹***有10關，達成壹定條件後還會追加新的關卡和人物。每壹關與各原作中的大致情節相同，收錄的都是各作中的經典戰鬥場面。對全系列比較熟悉的FANS來說，玩起來會有壹種親切感。如果是第壹次接觸奧特曼，本模式也是很有意思的。也有人稱這個模式為故事模式。
2． 戰鬥模式（BATTLE MODE）
選擇奧特曼或怪獸進行1VS5。初始可選人物有19位（10個奧特曼，9個怪獸）。如果選擇奧特曼進行遊戲，通關後會追加新的必殺技（後面具體說明）。
3． 對戰模式（VS MODE）
使用各角色進行對戰。分別為對2P和對CPU。初始可選人物與戰鬥模式相同。
4．雙打模式（英文沒看出來是啥，汗~~~）
選擇兩名角色同時與壹個敵人進行戰鬥（2VS1不能選怪獸）。想玩這個模式，妳必須要有兩個手柄才可以。（高斯和傑斯提斯***同對抗機器怪獸的場面可由我們自己親手實現啦。）
5．必殺技裝備模式（CUSTOM MODE）
進入此模式後，可對奧特曼和怪獸的必殺技進行鍵位設定。每名角色選中後有4中必殺技裝備方案（按上下鍵選擇，圓圈確定）。簡單的說就是把妳喜歡的必殺技調整到妳常用的按鍵上（裝備上），把不喜歡，不常用或威力較小的必殺技去掉。（不裝備）各個角色的必殺技都有壹個傷害值，S為最大，然後是A，依次類推。主力必殺技設在□△X○上，輔助必殺技設定在附加鍵上（R1，L1，R2，L2）。為了遊戲平衡，如果同時裝備多個大威力必殺技的話，傷害值會降低。裝備必殺技的種類豐富，放必殺的時候可選面比較寬（對手不好判斷妳的招數），需要的蓄力時間短；如果裝備的種類少（單壹），必殺技命中後的傷害值很高，但需要的蓄力時間長。如何裝備自己角色的必殺技就要看各位的喜好了。
6．練習模式（PRACTICE MODE）
選擇自己喜歡的角色和場景進行對戰（對CPU）練習。遊戲中按下START鍵可對被虐對象（汗）的各種狀態進行設定。分別是CPU的行動狀態（站、蹲、挑、防、攻），眩暈槽狀態（正常，全滿），反擊狀態（開，關），回到主菜單和重新選擇角色。
7．教學模式（英文沒看出來是啥，不好意思）
由佐菲老師教學生泰羅壹些基本的戰鬥技巧。第壹次接觸本作的朋友或格鬥遊戲苦手的玩家應該先玩這個模式，在後面隱藏必殺與這個模式也有關。進入後，選擇左邊選項是開始教學，又邊是退回到主菜單。（PS：背景音樂很好聽啊！）
8．欣賞模式（VIEW MODE）
類似於百科詞典的模式。在這個模式裏我們可以對遊戲中出現的各個角色（包括各戰隊的飛機）、遊戲音樂、場景等進行欣賞。如果妳玩累了，到這裏來看看是個不錯的選擇。
9．重放模式（REPLAY MODE）
將玩家在戰鬥模式中的表現進行重放，並對錄象資料進行刪除和拷貝。
10．OPTION。
進行遊戲的基本參數設定。包括難度，時間，回合數，鍵位，振動，記憶卡管理等等。打出各種隱藏東東後別忘了來這裏進行記錄喲。（PS：可將記錄方式設置為AUTO自動記錄，比較方便）。有個小發現：每次進這裏的時候，背景畫面是不壹樣的，呵呵，想錄音效的可以在SOUND裏把BGM調成0就沒有背景音樂了。
（註：第4、8、9三個模式要分別在玩過奧特模式和戰鬥模式後才會出現）
1、奧特模式
2、闖關模式
3、VS模式（雙人對戰或打電腦）
4、雙人合打怪獸
5、必殺技裝備模式
6、練習模式
7、教學模式
8、欣賞模式
9、回放模式
10、設置
[編輯本段]基本操作鍵位
□——普通攻擊，連按為連續進攻（2連擊，3連擊等等），可配合方向鍵使出不同招數（如飛踢等），命中對手可使能量槽（HP槽下面的紅槽）上漲。
△——重攻擊，可配合方向鍵使出同招數，命中效果比普通攻擊好。
○——超重攻擊，釋放必殺技所必須。按下後角色會使出超重攻擊，硬直時間比上面兩個長得多。命中對手後，根據對手能量槽值的多少，來決定自己必殺技的準備時間。此時可按相應按鍵來發出必殺技。
X——投技。與敵近身時按下後可使出摔投等技巧。如果按下後再按其他鍵便可使出不同種類的投，如過肩摔，過頂摔，龍卷式等等。
R1：可發出遠距離牽制性光線，命中敵人可增加其不少能量值；
L1：召喚各戰隊飛機進行援護攻擊（只能招壹次，增加對手的能量值，作用不大）；
R2，L2：平成系奧特曼變換形態。
方向鍵：
上————跳，連按兩下或輕點壹下為順時針移動，用來回避攻擊
下————蹲，連按兩下或輕點壹下為逆時針移動，用來回避攻擊
左————後推或防，連按兩下為後手翻（體操？汗）
右————前進或防，連按兩下為跑（PS：跑中按X可使出“騎”）
START————遊戲暫停或退出
[編輯本段]全隱藏人物出現方法
佐菲：戰鬥模式中依照初代，賽文，傑克，艾斯，泰羅的順序各通過壹次後出現。
阿斯特拉：戰鬥模式中使用雷歐，全部用ウルトラダブルフラッシャー這招擊敗對手後出現。
愛迪：1奧特模式全任務A級以上通關。2所有奧特曼都通過壹次戰鬥模式。3所有奧特曼都通過壹次十大據點。（註：以上3個條件不包括黑暗迪迦，邪惡戴拿和LEGEND）
妄想賽文：雷德王復活宣言和激鬥！愛迪對賽文兩關評級A以上出現。
阿古茹：使用蓋亞V2型態（需先裝備）在戰鬥模式中通關壹次後出現。
傑斯提斯：第16關第壹部分用高斯擊敗傑斯提斯後出現。
雷傑多：第16關評級A以上出現，無法記錄。
達達：奧特模式初始任務全部A級以上通關後，同隱藏關怪獸標本壹起出現。
格莫拉：奧特模式“怪獸殿下”任務過關評級A以上出現。
雷德王：奧特模式“怪獸標本”任務中由雷德王擊敗初代後出現。
傑頓：奧特模式“再見奧特曼”中由佐菲擊敗傑頓後出現。
貝蒙斯坦：奧特模式“怪獸標本”任務中由貝蒙斯坦擊敗初代後出現
雙尾怪：奧特模式“兩大怪獸襲擊東京”任務評級A以上出現。
巴基修姆：奧特模式“怪獸標本”任務中由巴基修姆擊敗初代後出現。
艾斯機器人：奧特模式“死刑！奧特五兄弟”任務中直接用艾斯機器人擊敗艾斯殺手後出現。
邪惡迪迦：奧特模式“影之繼承者”評級 B以上通關後，在戰鬥模式中使用迪迦時會有壹定幾率遇到，擊敗後出現。
邪惡戴拿：奧特模式“死鬥！戴拿VS戴拿”評級B以上通關後，在戰鬥模式中使用戴拿會有壹定幾率遇到，擊敗後出現。
宇宙正義機器人：在雙打模式中使用COSMOS和JUSTICE壹起通關壹次後出現。
[編輯本段]全隱藏必殺獲得方法
初代
奧特攻擊光線（ウルトラアタック光線）——第1次通過戰鬥模式後獲得
捕捉光環（キャッチリング）——第2次通過戰鬥模式後獲得
奧特水流（ウルトラ水流）——戰鬥模式中全部戰鬥以時間到判定勝利後獲得
奧特空中意念捕捉（ウルトラエアキャッチ）——通過 “世界十大據點同時侵略指令”後獲得（以下簡稱為“十大據點”）
賽文
艾梅利烏姆光線B（エメリウム光線B）——第1次通過戰鬥模式後獲得
艾梅利烏姆光線C（エメリウム光線C）——只裝備艾梅利烏姆光線A和B，然後第2次通過戰鬥模式後獲得
手裏劍光線連打——第3次通過戰鬥模式後獲得
眼部光線（アイビーム輔助光線）——第3次通過戰鬥模式後獲得
奧特頭鏢意念戰法（ウルトラノック戰法）——通過十大據點後獲得
傑克
空中切割（スライスハンド）—— 第1次通過戰鬥模式後獲得
奧特投技（ウルトラ投げ）——第2次通過戰鬥模式後獲得
奧特颶風（ウルトラハリケーン）——戰鬥模式用斯派修姆光線終結傑頓後獲得
奧特屏障（ウルトラディフェンダ）——第1次通過十大據點後獲得
奧特長矛（ウルトラランス）——第1次通過十大據點後獲得
奧特手鐲閃光（ウルトラスパーク）——第1次通過十大據點後獲得
艾斯
計時器射線（タイマーショット）——輔助光線，第1次通過戰鬥模式後獲得
垂直斷頭刀（バーチカルギロチン）——只裝備奧特斷頭刀（ウルトラギロチン）通過戰鬥模式後獲得
水平斷頭刀（ホリゾンタルギロチン）——只裝備奧特斷頭刀和垂直斷頭刀通過戰鬥模式後獲得
環形斷頭刀（サーキュラーギロチン）——只裝備奧特斷頭刀、垂直斷頭刀和水平斷頭刀通過戰鬥模式後獲得
斷頭刀射擊（ギロチンショット）——只裝備奧特斷頭刀、垂直斷頭刀、水平斷頭刀和環形斷頭刀通過戰鬥模式後獲得
星型光線（スター光線）—— 死刑！奧特五兄弟！過關評級C後獲得
ACE刀（エースブレード）——輔助技，通過十大據點後獲得
SPACE Q（スペースQ）——擁有佐菲，初代，賽文，傑克，艾斯的全部必殺技後,自動獲得
泰羅
射擊光線（シューティングビーム）——第1次通過戰鬥模式後獲得
泰羅颶風（タロウスパウト）——第2次通過戰鬥模式後獲得
新斯托利烏姆光線（ネオストリウム光線）——通過十大據點後獲得
宇宙奇跡光線（コスモミラクル光線）——3次學習模式通過後，通壹次十大據點，再進入學習模式後自動獲得
雷歐
雷歐雙截棍（レオヌンチャク）——第1次通過戰鬥模式後獲得
紅色手裏劍光線（レッド手扔劍ビーム）——MAC隊全滅過關後，通壹次戰鬥模式後獲得
能量光球（エネルギー光球）——MAC隊全滅過關後，通壹次戰鬥模式後獲得
奧特射擊（ウルトラショット）——輔助技，MAC隊全滅過關後，通壹次戰鬥模式後獲得
雷歐閃光（スパーク光線）——MAC隊全滅！過關後獲得
雷歐之傘（レオブレラ）——MAC隊全滅！過關後獲得
奧特雙重閃光（ウルトラダブルフラッシャー）——通過十大據點後獲得
雷歐射擊光線（シューティングビーム）——戰鬥模式中敵人是奧特曼5兄弟，戰勝後獲得
佐菲
Z光線——第1次通過戰鬥模式後獲得
M87光線B——通過十大據點後獲得
愛迪
全身發光（對方按X會被電）...（ボディスパーク）——第1次通過戰鬥模式後獲得
反擊薩克修烏姆光線（反擊サクシウム光線）——光線防禦反擊技，只裝備奧特屏障和薩克修烏姆光線通過戰鬥模式後獲得
奧特光矛（ウルトラレイランス）——通過十大據點後獲得
迪迦
空中型迪迦冷凍光線（ティガフリーザー）——第1次通過戰鬥模式後獲得
復合型迪迦切割（ティガスライサー）——第2次通過戰鬥模式後獲得
強力型迪迦奧特頭部碎擊（ウルトラヘッドクラッシャー）——通過十大據點後獲得
復合型迪迦計時器閃光攻擊（タイマーフラッシュスペシャル）——黑暗支配者過關評級A以上獲得
戴拿
復合型切割光束（フラッシュサイクラー）——第1次通過戰鬥模式後獲得
奇跡型立波留姆光波·攻擊型（レボリウムウェーブ?アタックバージョン）——戰鬥模式中，用奇跡型的光線防禦反擊技將敵人打死後獲得（敵人放出必殺時猜中並反擊將其打死）
強壯型強力火球（ガルネイトボンバー）——通過十大據點後獲得
蓋亞
蓋亞V2型態冷凍光線（ガイアブリザード）——第1次通過戰鬥模式後獲得
蓋亞V2型態變身（變為スプリーム?ヴァージョン形態）——決鬥之日過關
蓋亞至高型態閃光之刃（シャイニングブレード）——通過十大據點後獲得
阿古茹
阿古茹V2型態光球（フォトンスクリュー）——第1次通過戰鬥模式後獲得
阿古茹風暴（アグルストリーム）——通過十大據點後獲得
高斯
交叉攻擊光線（クロスパーフェクション）——通過十大據點後獲得
傑斯提斯
交叉攻擊光線（クロスパーフェクション）——通過十大據點後獲得
傑頓
傑頓最終攻擊光線（ゼットンファイナルビーム）——光線防禦反擊技，用傑頓在怪獸標本中戰勝奧特曼後獲得
教學模式小攻略，對新手有所幫助！
佐菲（以下簡稱Z），泰羅（以下簡稱T）
（選擇開始教學）
Z：泰羅，現在由我負責開始教學。首先是方向練習。按下方向鍵的左或右可以進行移動。
T：（按左，按右）
Z：很好！連按兩次左是後手翻。
T：照做
Z：不錯。下面是跑，連按兩次右試試看？
T：跑動
Z：聰明的孩子。按住下同時按左為蹲下後移。
T：姿勢怎麽那麽猥瑣？（Z：妳嘟囔什麽呢？！T：-_-|||）
Z：按上為跳，做給我看看
T：跳~~~
Z：帥！輕點或連按兩下上或下為側向移動，可進行攻擊回避
T：左閃右閃……
Z：很好！基本的方位練習已經教完了。下面進行攻擊練習。按下□或△可進行進攻。同時，可配合方向鍵使出不同的招數，例如：“前”+“□”是踢……
T：我踢~~~
Z：（捂著臉說）很好。跑動中按△是“撞”
T：（轟的壹聲）疑？老師到哪裏去了？
Z：（從廢墟中爬起來）下面是投……投中配合□△○X可使出不同種類的投技。
T：我扔~~~~~~~~
T：疑？天邊怎麽又多了壹顆星
Z：（痛苦地說）R1R2L1L2是附加鍵攻擊。現在使出箭形光線吧！
T：好~~
Z：今後妳還會學到很多新的光線技能（流淚……）現在我開始教妳必殺技。在每名角色的HP槽下面都有個眩暈槽。被敵人打的話，眩暈槽就會上漲。當眩暈槽開始閃爍的時候，如果受到超重擊就會立刻進入眩暈狀態。（壹切行動不能）這時敵人會立即進入必殺技準備狀態，此時按下相應的鍵就會立刻發出必殺技。（準備時間的長短取決於眩暈值的多少，值越多對手準備時間越多，必殺威力就越大；反之則越小）
Z：（哭著說）現在請將我打暈吧！
T：太好了。我就等這壹天呢！那我就不客氣了，老師
（壹陣慘叫聲過後……）
T：差不多了
Z：現在用超重擊K我！
T：看招！必殺！奧特自爆！！！
Z：（不用那麽狠吧？！暈）
（轟……）
Z：好了！現在必殺技妳也學會了。我傳授給妳壹些防禦技巧：在敵人進攻時按下“後”就可以了。
T：這麽簡單？！
Z：（哼哼，報仇的時候到了，開始瘋子似的輪拳…）
T：哇！老師妳怎麽不打個招呼就K我？！我防~~
Z：不錯，學得蠻快的嘛。妳在防禦的壹瞬間按攻擊鍵就可以進行防守反擊了。
T：知道了。
T：老師，如果人家摔我怎麽辦呢？
Z：敵人抓住妳並要進行摔投的壹瞬間，連按□就可以拆投了……
T：太好了！（在佐菲使出投技時成功拆解）
Z：下面教妳最後壹個技巧——必殺技的防禦
T：老師，必殺技也能防禦住嗎？
Z：如果對手放出的必殺技是可防禦型就可以（也叫可吸收型防禦，主要指光線類必殺技）
T：那要遇到不可防禦型的必殺呢？
Z：那就去念佛吧……
T：-_-|||
Z：開個玩笑。實際上在敵人放必殺技時我們也不是只能等死。可以猛按方向鍵來加快眩暈槽的消耗速度。如果敵人放必殺時按的鍵位恰好被妳猜中，那麽只能傷妳壹點血……
T：哦，是這樣啊……
Z：下面開始練習吧。看招！必殺M87光線！
T：（成功防禦住後……）奧特屏障，我擋！
Z：很好，泰羅。基本的戰鬥技巧我已經全部教給妳了。地球的和平與希望就要靠妳來保護了！加油吧！
T：是！！！
希望對妳有所幫助，也祝妳玩得愉快！