魏良輔有著較高的文學詞曲修養，不但嗓音優美，而且嫻通音律，酷愛唱曲藝術。他在熟諳南北曲的基礎上，於嘉靖年間（1522—1566）來到經濟發達、市鎮繁華、歌舞場眾多、南戲演出頻繁的江蘇太倉南碼頭（今南郊鎮），長期苦心鉆研流傳於昆山壹帶的傳統戲曲唱腔。他不滿足於南戲原有的聲腔，聯合了蘇州洞簫名手張梅谷、昆山著名笛師謝林泉，在南曲專家過雲適、北曲戲劇家張野塘等人的協助下，吸收了當時流行的海鹽腔、余姚腔以及江南民歌小調的某些特點，對老昆（山）腔的傳統戲曲唱法進行加工整理，把南北曲融為壹體，壹改以往那種腔調平直又欠意趣韻味的呆板唱腔，創造了壹種格調新穎、委婉舒暢的嶄新唱腔。這種唱腔要求“啟口輕圓、收音純細”，講究“轉喉押調”、“字正腔圓”，唱出了“曲情理趣”，細膩得宛如蘇州巧匠用木賊草蘸水研磨紅木家具壹樣，故時人稱之為“水磨腔”，又稱“昆劇”、“昆曲”。同時，魏良輔對伴奏樂器也進行了大膽改革，在原來單調的弦索、彭板伴奏中，加入了笛、簫、笙和琵琶等樂器，豐富了音色，使昆曲音樂更加瑰麗多彩，更富感染力，給人耳目壹新之感。自此，昆曲迅速流傳開來，並被士大夫帶入京城，成為宮中大戲，不但贏得了“官腔”之美稱，還形成了“四方歌者皆宗吳門”的盛勢，成為壓倒其他戲曲聲腔的劇種。從此，魏良輔名振曲壇，被譽為“立昆之宗”、“昆曲鼻祖”，藝壇尊之為“國工”、“聖曲”。魏良輔晚年，潛心將多年積累的心得劄記整理成文，曰《南詞引正》，又名《曲律》，逐條簡要闡述了昆曲在字、腔、板、眼等各方面的練唱技術以及南北曲唱法的區別，是論述昆曲唱法及南北曲流派的重要著作。
古老的昆曲有著中國戲曲“活化石”之譽，它繼承了宋元以來的中華戲曲遺產，創造了中國古代最完整的民族戲曲表演體系，對京劇、川劇、湘劇、晉劇、贛劇、桂劇、閩劇、越劇等許多劇種的形成和發展都有過直接的影響，是名副其實的“中國戲曲之母”。2001年5月18日，聯合國教科文組織世界遺產委員會將昆曲命名為首批“人類口頭和非物質遺產代表作”，這是對昆曲在人類文化傳承中的特殊地位、貢獻和價值的高度認同。
2004年6月28日，第28屆世界遺產委員會會議在蘇州召開。為紀念被列入世界遺產名錄的昆曲之鼻祖魏良輔，江蘇太倉雙鳳少年郵局特於大會開幕日啟用了壹枚與“流動2”郵政日戳相連的紀念郵戳，紀念文字為“立昆之宗魏良輔”，圖案為以畫家馬伯樂繪制的《魏良輔開創水磨腔》為藍本創作而成的魏良輔唱曲半身像，旁邊是正在吹笛伴奏的北曲戲劇家張野塘，生動地再現了當年演唱昆曲的動人場面。圖案左上方為外圓內方相接的世界遺產標誌，表示昆曲已以“人類口頭和非物質遺產代表作”的形式錄入了世界遺產名錄。 關於魏良輔改革南曲之嘔心瀝血，還有壹則典故可以說明。
福建莆田人余淡心在《寄暢園聞歌記》中說：“良輔初習北音，絀於北人王友山，退而縷心南曲，足跡不下樓十年。當是時，南曲率平直無意致，良輔轉喉神調，度為新聲。”
自從遇到張野塘以後，魏良輔就再沒有出去賣唱或做走方郎中，專心致誌和張野塘“鏤心商曲”。壹個紅極壹時的藝人突然間銷聲匿跡，歌臺舞榭聽不到他的歌聲，看不到他的影子，形容他“足跡不下樓”也不為過。用“十年不下樓”來形容，更見魏良輔下工夫之深。
特別值得註意的是，這時候在他身邊還聚集了善洞簫的蘇州張梅谷，善笛子的昆山謝林泉，以及培養了優秀歌手張小泉、季敬坡、戴梅川、包郎郎等壹批人，形成了壹個誌同道合的藝術沙龍。
就連魏良輔的弟子梁溪人、潘荊南等人也帶動了流行風潮，“荊南遊處必鍇以簫管合曲，壹時競相傳習，世謂度曲之工始於玉峰，盛於梁溪。”以至於當地有諺語說，“無錫莫開口，謂能歌者眾也”。 可以料想，魏良輔改革昆山腔全面成功而獲得社會普遍承認和贊賞，但他卻突然失去了下落和去向。他究竟去哪裏了呢？後人苦苦尋找，只有《九宮正始》的編輯之壹鈕少雅在文中透露了壹點消息：“弱冠時，聞婁東有魏良輔者，厭鄙海鹽、四平等腔而自制新聲。腔用水磨，拍捱冷板，每度壹字，幾盡壹刻。飛鳥為之徘徊，壯士聞之悲泣，雅稱當代。余特往謁之，何期良輔已故矣！”
按照時間上溯，魏良輔也活到80來歲，逝世時間在明萬歷十二年（1584年）左右，他晚年及逝世時境況如何？沒有具體記載只能成謎。