金元時期，孫時道花了幾年時間，搜訪道經，對已有殘缺的《政和萬壽道藏》進行增補，刊行了《大金玄都寶藏》。公元1244年，道士宋德方在蒙古皇室的支持下搜羅道經，編成並刊行《玄都寶藏》。據稱有7800卷。元朝兩次焚燒《道藏》，加上元末天下大亂，《道藏》經版沒有能夠完整保存下來。
明代，第43代正壹天師張宇初等人受朝廷之命負責編修事宜。張宇初死後，由他的弟弟第44代天師張宇清繼續負責。直到明英宗正統十年（1445）終於完成《正統道藏》的印刷刊行。明神宗萬歷三十五年（公元1607年），第50代正壹天師張國祥又受命編成《續道藏》。這兩部經書加起來***有道書約1500種，5485卷，分裝為512函，每函按《千字文》順序編號，即今天所說的《正統道藏》。
《道藏》的內容十分龐雜，篇卷數量很大，既有大批道孝的經典、丹經、符箓、戒律以及神仙人物傳記、宮觀山誌等等，又有儒家和諸子百家著作上百種，還收入不少有關中國古代科學技術的著作，如醫藥學著和天文歷法著作等等。
明以後重要的道教叢書主要有三種：《道藏續編》《道藏輯要》《道藏精華錄》。《道藏續編》由清閔壹德編成，多收清人著作。《道教輯要》由道士彭定求編成，收道書近300種。《道藏精華錄》由宋壹子輯成，有壹部分是清朝和民國初年的著作。
正統道藏：中國道教史上重要道藏之壹，明代編纂。明成祖即位之初(1403)，曾令第四十三代天師張宇初重編《道藏》，永樂八年(1410)，張宇初去世，又令第四十四代天師張宇清繼續主持編藏。到明英宗正統九年(1444)始行刊板，又令道士邵以正督校，增所未備，於正統十年(1445)校定付印，名《正統道藏》，***五千三百零五卷，四百八十函，按三洞、四輔、十二類分類，采用《千字文》為函目，自「天」字至「英」字，每函各為若幹卷，頒之天下，藏於各名山道觀。到明神宗萬歷三十五年(公元1607)，命第五十代天師張國祥續補《道藏》，仍以《千字文》為函次，自「杜」字號至「纓」字號，凡三十二函，壹百八十卷，名《萬歷續道藏》。與《正統道藏》合計***五千四百八十五卷，五百壹十二函，即現存明版《正統道藏》，這是我國現存的唯壹官修道藏。1923—1926年，上海商務印書館借用北京白雲觀所藏明刊《正統道藏》，以涵芬樓名義影印，縮改為六開小本，凡壹千四百七十六種，壹千壹百二十冊。今有文物出版社、上海書店、天津古籍出版社1987年版《道藏》影印本，另有臺灣藝文印書館、臺灣新文豐出版公司影印本等通行於世現存之《道藏》是由明成祖永樂四年，第四十三代天師張宇初及其弟張宇清奉詔主持編修。英宗正統九年又詔通妙真人邵以正校正增補，於正統十年刊板事竣，***計五千三百零五卷。後世以刊板年號稱其書為《正統道藏》。明神宗萬歷三十五年，又命第五十代天師張國祥主編成《續道藏》。正續《道藏》***收入各類道書壹千四百七十六種，五千四百八十五卷，分裝成五百壹十二函，每函依《千字文》順序編號，經板十二萬壹千五百八十九塊。《道藏》中的各種典籍，都按“三洞四輔十二類”的分類方法編排。