鄧叔群對我國真菌學，尤其對粘菌和高等真菌的研究和發展作出了突出的貢獻，他生前發表的有關真菌的近40篇論文和兩部專著為我國真菌學事業奠定了基礎。他在國際上享有聲譽：蘇聯曾將他1939年出版的專著《中國高等真菌》譯成俄文；蘇聯著名多孔菌專家邦達爾采夫（Бондарцев）、法國著名傘菌專家厄姆（Heim）多次向他函索著作；1957年捷克斯洛伐克與我國交換標本時，指名要他親自鑒定的高等真菌標本；美、英、法、日、蘇、匈、葡、加拿大、瑞典等國學者把自己的著作贈給他，並要求交換著作。
1940年以前他主要是從事真菌分類學的工作，截至1940年，他***發現4個新屬、120個新種、6個新變種、18個新組合體。這些新的發現曾在他1932—1940年發表的30余篇論文中陸續有所報道，例如，在《中國真菌續誌》（二）中***描述了55種子囊菌和壹種半知菌，其中就包括他發現的29個新種和兩個新變種；在《中國真菌續誌》（五）中***描述了76個屬的172個種，其中就包括他發現的1個新屬、15個新種和1個新組合體；在《中國真菌續誌》（八）中***描述了47個屬的102個種，其中就包括他發現的1個新屬、5個新種和7個新組合體；在《中國高等真菌補誌》中則報道了他發現的兩個新屬、4個新種和1個新組合體。鄧叔群所發現的新屬和新種得到國際上的公認，並被載入英國真菌研究所編輯的《真菌學辭典》。這是載入這本具有世界權威性的辭典的唯壹的由中國人鑒定的新菌種。1939年，他的第壹部專著《中國高等真菌》（英文版）出版。這是他回國後10年中對中國高等真菌分類研究的總結，書中包括了上述他的新發現，全書描述了子囊菌10目38科179屬475種；擔子菌9目28科128屬718種；半知菌4目9科80屬198種，總***23目75科387屬1391種。其中每個目、科、屬、種都根據標本進行了詳細的描述，並在每個菌名下列舉了寄主、生長習性和采集地點。
回國近40年來，截至1966年，他親手采集和鑒定的真菌標本數以萬計，他所研究過的真菌種類達3400種以上，占已知全國真菌總數的近50%（據1979年科學出版社出版的《真菌學總匯》統計，已知全國真菌約7000種）。1963年出版的100余萬字的第二部專著《中國的真菌》，是他回國後截至1963年以前的研究總結，亦是1939年出版的《中國高等真菌》的增訂本，書中包括粘菌和全部真菌，以粘菌、高等子囊菌和高等擔子菌為主，還有藻狀菌、半知菌等。全書描述了總***41目119科601屬約2400種和110個新組合。同第壹本專著壹樣，每個目、科、屬、種都是根據標本進行了詳細的描述，列舉了寄主、生長習性和采集地點。
《中國的真菌》出版後，他又陸續系統地對中國國內的真菌進行仔細研究，截至1966年又研究出1000余種，原準備在《中國的真菌》第二版時將這1000余種全部增補進去，但“文化大革命”毀掉了這些手稿。另外，他已擬好提綱準備著手編寫的其它三部專著——《真菌的系統發育》、《真菌的生態》和《真菌學》（上中下三冊）——也同樣被扼殺。
另外壹部1966年5月剛剛完稿的40萬字並附600幅彩圖的專著《蘑菇譜——中國的食用菌與毒菌》，這是他積整整八年的心血作為向1966年“七·壹”的獻禮書稿，在“文化大革命”中也同遭厄運。這部專著是他在1957—1965年期間跑遍全國各主要林區采集標本、親自鑒定、就地繪圖、深入林區向群眾調查訪問，集德、法、日、英、美各國當時最新研究成果之大成，結合我國的實際情況而寫成的。該書從1963年起就被科學出版社列為重點出版項目。書中描述了國內600余種可食用的和有毒的蘑菇，包括食用菇與有毒蘑菇的識別方法，各種食用菇的營養價值及國外的有關分析資料，各種毒菇的毒素類型和結構特性、中毒癥狀、解毒方法及國外有關毒理學和解剖學的研究結果。