功能是有結構決定的，蛋白質的功能是通過其空間構象的變化來實現的。
蛋白質空間結構與功能的關系
蛋白質的空間結構與功能之間有密切相關性，其特定的空間結構是行使生物功能的基礎。以下兩方面均可說明這種相關性。
（1）核糖核酸酶的變性與復性及其功能的喪失與恢復
核糖核酸酶是由124個氨基酸組成的壹條多肽鏈，含有四對二硫鍵，空間構象為球狀分子。將天然核糖核酸酶在8mol/L脲中用β-巰基乙醇處理，則分子內的四對二硫鍵斷裂，分子變成壹條松散的肽鏈，此時酶活性完全喪失。但用透析法除去β-巰基乙醇和脲後，此酶經氧化又自發地折疊成原有的天然構象，同時酶活性又恢復。
（2）血紅蛋白的變構現象
血紅蛋白是壹個四聚體蛋白質，具有氧合功能，可在血液中運輸氧。研究發現，脫氧血紅蛋白與氧的親和力很低，不易與氧結合。壹旦血紅蛋白分子中的壹個亞基與O2結合，就會引起該亞基構象發生改變，並引起其它三個亞基的構象相繼發生變化，使它們易於和氧結合，說明變化後的構象最適合與氧結合。
從以上例子可以看出，只有當蛋白質以特定的適當空間構象存在時才具有生物活性。