祝允明父為徐有貞女婿，自己又是李應禎之婿，祖父祝顥為進士，曾官至山西布政司右參政，相信在這樣的環境裏，他受到多方面的熏染。《明史.文苑傳》稱其“能詩文，尤工書法，名動海內。”
他的楷書早年精謹，師法趙孟頫，褚遂良，並從歐，虞而直追“二王”，其書《出師表》謹嚴渾樸。晚年，臨寫《黃庭經》不註重點畫的形似，而結構疏密，轉運遒逸，神韻益足。嘉靖末的書法家王樨登說：“古今臨《黃庭經》者，不下十數家，然皆泥於點畫形似鉤環戈磔之間而已，......枝山公獨能於矩繩約度中而具豪縱奔逸意氣。”他的草書師法李邕，黃庭堅，米芾，功力深厚，晚年尤重變化，風骨爛熳。人稱：“枝山草書天下無，妙酒豈獨雄三吳！” 清代朱和羹《臨池心解》認為：“祝京兆大草深得右軍神理，而時露傖氣；小草則頓宕純和，行間茂密，亦復豐致蕭遠，庶幾媲美褚(遂良)公。”
代表作有《草書賈至大明宮早朝詩軸》，《箜篌引（即草書曹植詩手卷）》和《赤壁賦》等，流利灑脫，奔放不羈。《名山藏》說：“允明書出入晉魏，晚益奇縱，為國朝第壹。