第2集:尋找皮卡丘!202號道路! !(小智收服姆克爾、小次郎得到尖牙籠、小剛歸隊)
第3集:對戰勁敵 三對三 !(小光加入)
第4集:圓企鵝對戰含羞苞 小光的初次戰鬥!
第5集:收服草苗龜(小智收服草苗龜)
第6集:迷惑之森,與真嗣的再度相遇
第7集:圓企鵝加油!
第8集:謎之道館的不良蛙!(小剛得到不良蛙)
第9集:和卷卷耳壹起玩 (小光收服卷卷耳)
第10集:神奇寶貝手表入手困難 (小光得到神奇寶貝手表)
第11集:小光!華麗大賽初登場!!
第12集:華麗大賽戰鬥!勁敵對決!
第13集:胖胖翁加油! (小智的姆克爾進化成姆克鳥)
第14集:壹切交給小剛吧! (小剛的愛哭樹進化成胡說樹)
第15集:黑鐵道館!平田對戰真嗣!
第16集:頭蓋龍VS皮卡丘!
第17集:古代小精靈大進擊!
第18集:再戰黑鐵道館!決戰暴槌龍 (小智得到黑鐵徽章)
第19集:收服帕奇利茲沒問題? (小光收服帕奇利茲)
第20集:神奇寶貝獵人J !
第21集:最強的鯉魚王與最美的笨笨魚!
第22集:帕奇利茲VS長尾怪手!
第23集:爆走的大鋼蛇,守護大牙貍之村!
第24集:小智對抗皮卡丘!?
第25集:羅斯蕾朵與花之傳說!
第26集:神奇寶貝華麗大賽,索諾大會 !
第27集:決戰,圓企鵝對舵企鵝! (小光得到緞帶)
第28集:鬼飄飄與北風的使者!
第29集:小智與小光,雙人合作賽沒問題!?
第30集:白岱之森,蓑衣蟲進化作戰!
第31集:草苗龜對草苗龜!速度對決!
第32集:琥珀之城的女王蜂!
第33集:神奇寶貝變裝大會 (小剛得到蛋)
第34集:泳氣鼬!通向最強的道路 (小光收服泳氣鼬)
第35集:四天王悟松與青銅眾!
第36集:神奧時空傳說!
第37集:白岱會館!對戰萊子! (小智得到三葉徽章)
第38集:高速自行車道上的偉大誕生!! (小剛的蛋孵化成粉紅蛋)
第39集:皮卡丘看家?!
第40集:冠軍,希羅娜登場 !
第41集:小光與小希與雙人表演
第42集:落雷獸訓練中心!
第43集:巫妖!從惡夢中逃脫!!
第44集:幫助迷路的沼澤河馬!
第45集:獵人J再次登場!守護盾面龍
第46集:迷路曳行!全員緊繃!
第47集:美留與凱西與水之底!
第48集:小智與小光!迎向新的冒險!!
第49集:神奇寶貝華麗大賽!茵緣大會!!
第50集:全員參加!雙人合作賽!!
第51集:小火猴VS貓鼬斬!命運之戰!!
第52集:雙人合作賽!決勝戰!!(小智收服小火焰猴)(真嗣的電擊怪進化成電擊獸)
第53集:小火猴之淚!
第54集:菜子與沙漠奈亞!再見是為了誰!(小次郎的沙漠奈亞離隊)
第55集:長尾怪手與泳氣鼬!各自的道路!!(小光的泳氣浮鼬和小智的長尾怪手交換)
第56集:花巖怪的封印石!
第57集:呆水貍知道了!!
第58集:紅鋼鼻!熱血之魂!
第59集:雷電獅的眼睛!
第60集:花蕊遺跡的未知圖騰!(小光的長尾怪手進化成雙尾怪手)
第61集:神奇寶貝華麗大賽,花蕊大會!(武藏得到緞帶)
第62集:女仆咖啡店的大奶罐
第63集:小山豬三只組與溫泉蒸氣對戰
第64集:天蠍王與天蠍(小智收服天蠍,嫩苗龜學會能量球,真嗣收服天蠍王)
第65集:帕奇利茲在沙河馬裏
第66集:路卡利歐,憤怒的波導彈
第67集:小光初次挑戰道館戰!(小智的姆克鳥學會勇鳥)
第68集:戶張道館!路卡利歐VS泳氣鼬!(小智得到格鬥徽章)
第69集:時尚達人!名叫銀河圖!
第70集:振作起來,小風鈴!
第71集:神奇寶貝保育家!波導的利歐路!-前篇
第72集:神奇寶貝保育家!波導的利歐路!-後篇
第73集:再見了 毒粉蝶!(武藏的毒粉蝶離隊)
第74集:皮卡丘!雷丘!通向進化的道路!!
第75集:華麗大賽尊者——米可利登場!!(小遙登場)
第76集:七星級餐廳!以聯協戰鬥享受豪華宴席!!(小遙歸隊)
第77集:強敵雲集!米可利杯!!
第78集:激鬥!各自的勁敵!!
第79集:決戰!小光對小遙!!(小遙離隊)(小光贏得緞帶)
第80集:陽陽瑪!收服作戰!!(武藏收服服陽陽瑪,陽陽瑪進化成梅卡陽瑪)
第81集:灼熱的小火猴!
第82集:野瀨大濕原的毒蟾鬥士慶典!?
第83集:野瀨會館!VS最強的假面!!(小智得到波紋徽章)
第84集:裏山先生家的大食客小山豬!(小光收服小山豬)
第85集:天蠍!友情之翼!!(小智的天蠍進化成天蠍王)
第86集:茵緣時裝系列發布會!通往神奇寶貝造型師之路!!
第87集:擋路的可達鴨
第88集:寵物小精靈夏日學校課程!
第89集:研究發表『湖之傳說』!
第90集:放學後是幽靈時間!
第91集:最後的大勝負!寵物小精靈鐵人三項!!
第92集:回歸原點的火箭隊!?
第93集:跳的拳擊練習場領導人!梅麗莎登場!
第94集:電栗鼠發燒了! 兩人來看護!?
第95集:神奇寶貝華麗大賽!神巫大會!(小光獲得緞帶)
第96集:銀河團的襲擊!!(前篇)
第97集:銀河團的襲擊!!(後篇)
第98集:漂浮的未知怪物!?(再次遇見小葵)
第99集:四天王阿柳!相會與離別的森林!
第100集:嫩苗龜、樹林龜…然後土臺龜!(小智的嫩苗龜進化為樹林龜)
第101集:勁敵訓練家·小純登場!!
第102集:緣之道館戰!對抗梅麗莎!!(小智得到茵緣徽章、武藏獲得緞帶勛章)
第103集:混戰混亂 水脈市!
第104集:克雷色利亞對抗達庫萊伊! (小光的小山豬進化為長毛豬)
第105集:羊羹與洛托姆!
第106集:與神奇寶貝友好相處之道!? (小光的長毛豬進化為象牙豬)
第107集:戰槌龍對抗護城龍!!
第108集:水脈道館戰!鋼鐵的對戰!(小智得到鋼鐵徽章)
第109集:迷路的吼吼鯨!
第110集:阿玄與路卡利歐!
第111集:鋼鐵島的遺跡!
第112集:皮卡丘與圓企鵝漂流記!
第113集:惡作劇的霏歐納
第114集:神奇寶貝華麗大賽!通草大會(小光得到緞帶)
第115集:野蠻的君莎與搭檔音符鵲!
第116集:暴風雪中的雪妖女!
第117集:火箭隊解散!?
第118集:神奇寶貝圓環!天空大決戰!(小智的姆克鳥進化成姆克鷹)
第119集:激烈沖突!象牙豬對抗波士可多拉
第120集:教學!神奇的口袋中的寶貝!
第121集:孤獨的雪笠怪!
第122集:進化,這次是圓企鵝!?
第123集:神奇寶貝華麗大賽 立浪大會!
第124集:神奇寶貝乒乓大會!雙尾怪手加油!(小光的雙尾怪手離隊)
第125集:櫻花寶!勇氣對戰!?
第126集:訓練家培育學園的鈴奈老師!
第127集:切鋒道館!冰之對戰!(小智得到冰河徽章)
第128集:對戰金字塔!真嗣對抗神代
第129集:復活的雷吉奇卡斯!J再度登場!
第130集:電龍列車!“好看”登場!
第131集:全員對戰!真嗣對抗小智!(前篇)
第132集:全員對戰!真嗣對抗小智!(後篇)(小智的小火猴進化成猛火猴)
第133集:由克希之影 !
第134集 森林之王,巨蔓藤
第135集 全員參戰 神奇寶貝齊心協力
第136集 時間和空間!銀河團的野心!
第137集:瑪力露·圓企鵝·電擊怪!
第138集:小光對抗媽媽!親子對決!
第139集:救出大木博士!牛蛙君對抗毒蟾鬥士!
第140集:天然雀,天然鳥…不可思議的森林!
第141集:對戰塔大君!那位男子叫山棕!
第142集:歷史上最壞的波克比!
第143集:城都之日!菊草葉與小鋸鱷登場!(琴音、和也加入,小光得到蛋,並孵化成火球鼠)
第144集:迷宮捕獲!?山谷中的風力發電廠!
第145集:圓陸鯊…收服到了!(和也收服圓陸鯊)
第146集:神奇寶貝華麗大賽!睡蓮大會!
第147集:小智與小光!雙打對戰!(和也的小鋸鱷進化成藍鱷,琴音、和也離隊)
第148集:夢妖與黑暗鴉與暗之石!
第149集:皮卡丘和圓企鵝分開了!
第150集:紅的鎖鏈!銀河團起動!
第151集:亞克諾姆·由克希·艾姆利多!
第152集:帝牙盧卡與帕路奇亞!最後的戰鬥!
第153集:危險滿滿!小次朗的寶箱!
第154集:空中大師登場!天蠍王vs巨鉗螳螂!(天蠍王離隊)
第155集:雙人對戰!象牙豬與火球鼠!
第156集:圓陸鯊與龍星群!(小智和圓陸鯊相遇)
第157集:收服到圓陸鯊了!(小智收服圓陸鯊)
第158集:爆走!自爆磁怪VS巨金怪!!
第159集:急凍拳!泳氣鼬對抗吸盤魔偶!!(小智的泳氣鼬學會急凍拳)
第160集:燃燒吧卡比獸!神奇全能的王者!!(未發布)
第161集:神奇寶貝華麗大賽!朝月大會!!(未發布)
第162集:雙打比賽!VS正電拍拍?負電拍拍!!(未發布)