2003年2月11日，經福建省人民政府批準，明溪君子峰省級自然保護區、明溪均峰山省級自然保護區成立。 2004年3月8日，明溪縣君子峰、均峰山省級自然保護區管理處實行了壹個機構兩個牌子，為副科級機構；內設辦公室、經常項目基建科、資源保護科、科技科和旅遊產業社會管理科；人員編制12名。 2006年5月8日，經福建省人民政府批準，明溪君子峰和均峰山兩個省級自然保護區合並為福建君子峰自然保護區。 2008年1月14日，經國務院批準，福建君子峰自然保護區晉升為國家級自然保護區。 2009年6月24日，國家林業局批復福建君子峰國家級自然保護區總體規劃。7月13日，國家林業局批復福建君子峰國家級自然保護區基礎設施建設項目可行性研究報告，批復項目資金1130萬。 2010年7月30日，福建君子峰國家級自然保護區管理局確定機構規格為相當副處級，核定副處級領導職數1名。8月25日，福建君子峰國家級自然保護區基礎設施建設項目初步設計得到批復。 2012年1月8日，福建君子峰國家級自然保護區管理局黨支部成立。1月16日，福建君子峰國家級自然保護區管理局重新核定人員編制60人，其中行政管理人員28人，專業技術人員26人，工勤人員6人。