宋代以來，由於人們對玉蕊原植物疏於詳考，故指鹿為馬者有之，以訛傳訛者有之，以至越來越離譜，越來離玉蕊原植物越遠。現將幾種主要說法簡介如下。 瓊花(Viburnum macrocephalum f.keteleeri)是宋代最著名的花木。據當時的說法，僅揚州後土廟有壹株，號“天下無雙”，故奇貴無比。因其花潔白，有些宋人便以為唐之玉蕊即瓊花。北宋文學家宋祁在《摘碎》中謂:“維揚後土廟有花，色正白，曰玉蕊。王禹偁愛賞之，更稱曰瓊花。”劉敞的《移瓊花詩並序》道:“自淮南適東平，移後土廟，瓊花植於濯纓亭。此花天下止壹株耳。永叔為揚州作無雙亭以賞之。彼土人別號八仙花，或雲李衛公玉蕊花即此種。”其詩雲:“淮海無雙玉蕊花，異時來自八仙家。魯人未睹天中樹，乞與東風賞物華。”宋敏求的《春明退耕錄》也說:“揚州後土廟有瓊花壹株，即李衛公所謂玉蕊也。”此外，蘇軾詠瑞香的《西江月》詞中也有“後土廟中玉蕊，蓬萊殿裏鞓紅”之句。可見，“玉蕊即瓊花”說，在北宋曾盛行壹時。
然而，瓊花的花序直徑達10cm以上，其大型不孕邊花白色，每朵邊花僅有雄蕊5枚，且很少出露，決無“雪蕊瓊絲”之態，又因花大，花落時不可能“飄廊點地色輕輕”或在“空中回旋久之”。而且陜西不產。顯然，瓊花決非玉蕊。對此，不少宋人曾提出質疑或反駁。周必大的《玉蕊辨證》雲:“宋子京、劉原父、宋次道博洽無比，不知何故，疑為瓊花”。葛立方的《韻語陽秋》也謂:“瓊花唯揚州後土廟有之……玉蕊豈壹處有哉！其非瓊花明也”。 山礬(Symplocos caudata)是北宋黃庭堅命名的壹種野生花木。他在《題高節亭邊山礬花並序》中謂:“江南野中有壹種小白花，本高數尺，春開極香，野人謂之鄭花。王荊公嘗欲作詩而陋其名，予請名曰山礬。野人采鄭花葉以染黃，不借礬而成色，故名山礬。”但其序及詩中均未涉及玉蕊。北宋末南宋初的曾慥，在《高齋詩話》中稱:“今?花即玉蕊花也。介甫以比?，謂當用此?字。蓋?玉名，取其白耳。魯直又更其名為山礬，謂可以染也。”洪邁的《容齋隨筆》也說:“物以稀為珍，不必異種也。長安唐昌觀玉蕊，乃今?花，又名米囊，黃魯直易山礬者”。薛季宣在壹首詠山礬的五言律詩前寫道:“?花，唐玉蕊花。介甫謂之?花，魯直謂之山礬。武昌山中多有之，其葉可供染事，土人用之釀酒。”詩中有“仙人來玉蕊，文士立山礬”之句。
對此，宋人也有不同看法。如葛立方的《韻語陽秋》說:“以余觀之，恐未必然。玉蕊，佳名也。此花自唐流傳至今，當以玉蕊得名，不應舍玉蕊而呼?，魯直亦不應舍玉蕊而呼山礬也。豈端伯別有所據耶？”張淏的《雲谷雜記》、周必大的《玉蕊辨證》、宋景沂的《全芳備祖》等，均不同意此說法，認為玉蕊與山礬各是壹物。鄭域的壹首七言古詩雲:“維揚後土廟瓊花，安業唐昌宮玉蕊，判然二物本不同，喚作壹般良未是……後人不識天上花，又把山礬輕擬比”。此詩顯然受《玉蕊辨證》影響，對“玉蕊即瓊花”、“玉蕊即山礬”等說法，均作了否定。 到了明代，大概揚州的瓊花也不見了。所以，人們對玉蕊、瓊花的原植物，均產生了疑問。明代文學家郎瑛在《瓊花辨》中寫道:“《雍錄》辨梔子花即玉蕊花改之為山礬者……果使壹種，則梔子江南到處有之，胡以為貴？”“及考《揚誌》，謂瓊花或為唐植，今《雍錄》亦以玉蕊唯長安壹株，元、白等賦詩貴重，又花心黃，三四月間開，開時芬芳滿野，高可數丈，意即今梔子千葉者耶？”“惜江南未能收護，使高大也。況生於陜，移於揚、汴，在彼亦自為奇矣”。
考梔子(Gardenia jasminoides)是自漢代就廣為栽培的著名染料及花木，古人題詠頗多，不可能與玉蕊或瓊花相混淆。另外，北宋程大昌的《雍錄》並未辨出“梔子花即玉蕊花”，只是誤認為玉蕊在長安僅有壹株。而“梔子千葉者”，即梔子的重瓣變種，壹為大花梔子(var.grandiflora)，壹為水梔子(var.radicana)，均系不超過2m的灌木，陜西非原產地，更不可能“使其高大”。郎瑛雖為博學之士，但其考辨之文，卻表明其對植物學的無知。 孔慶萊等的《植物學大辭典》謂:“玉蕊花Passiflora caerulea L.即西番蓮也。名見《秘傳花鏡》”。因此，我國學者在研究、詮釋《花鏡》乃至《群芳譜》等古籍中的玉蕊花或玉蕊時，便認為是西番蓮或西番蓮屬的雞蛋果(P.edulis)。中國旅遊出版社出版的《花鳥詩歌鑒賞辭典》，選錄了幾首吟“玉蕊樹”的詩，並在賞析中介紹了唐代的神話傳說，但在其註釋中卻仍然寫道:“玉蕊花，別稱西番蓮……屬西番蓮科蔓生植物”等，還說此花“傳入我國已有壹千三百多年”。
實際上，陳淏子《花鏡》中的“玉蕊花”，即唐代詩文中的“玉蕊”、“玉蕊樹” ，而且其文字也多抄自《玉蕊辨證》(王象晉《群芳譜》中的“玉蕊”，亦多抄自《玉蕊辨證》 )。只是陳氏僅據“條蔓若荼?”，便將其歸人“藤蔓類”中，已是錯誤；而孔氏又將其視為草質藤本西番蓮，則更加謬誤；《花鳥詩歌鑒賞詞典》又據此斷定西番蓮“傳入我國已有1300多年”，更錯上加錯。考之西番蓮最初在《群芳譜》中僅為“蓮藕”的附錄之壹；《花鏡》稱“西番菊”，但文字多抄自《群芳譜》。清代李調元的《南越筆記》謂:西番蓮“瓣為蓮而蕊為菊，以蓮始而以菊終，故又名西番菊。”可見，西番蓮在我國栽培的歷史不超過400年，且至今也僅南方熱帶地區有引種。將此不能直立的草質藤本植物視為唐代花木玉蕊，實屬荒唐。