煙草許可證申請程序如下:
1.申請。申請時，申請人可直接到當地縣級煙草專賣局辦證大廳申請，有條件的可網上申請；
2.接受。在受理過程中，申請材料齊全、符合法定形式，或者申請人按照要求提交全部補正申請材料的，縣級煙草專賣局應當予以受理，並將加蓋專用印章的《行政許可受理通知書》送達申請人；不予受理的，由煙草專賣局負責向申請人送達加蓋專用印章的《行政許可不予受理通知書》；
3.現場驗證。煙草專賣局受理申請後，將指派2名以上工作人員到經營場所進行核查，核對申請內容是否與實際情況相符，並結合當地煙草制品零售網點合理布局的要求提交核查結果；
4.審批。煙草專賣局審批部門根據有關法律法規和政策要求以及當地煙草制品零售網點的合理布局，對申請人提交材料的真實性、合法性、有效性和完整性進行審查，提出是否辦理的意見，報審批人審批；
5.決定:壹般情況下，煙草專賣局會在受理之日起20個工作日內依法作出決定。準予許可的，煙草專賣局應當作出準予行政許可的決定，並在十日內將煙草專賣零售許可證送達申請人。不予許可的，還將向申請人說明理由，並告知申請人享有依法申請行政復議或者提起行政訴訟的權利。
綜上所述，煙草許可證的保護距離為30米至100米。因為按照規定，辦理煙草許可證需要兩個店之間的距離，需要滿足當地煙草制品零售點合理布局的要求，煙草許可證店之間的距離規定為30米以上-100米。申請煙草許可證的，申請人應當向當地煙草專賣行政主管部門行政服務窗口申請辦理。
法律依據:
煙草專賣許可證管理辦法
第二十四條
依法作出不予頒發煙草專賣許可證書面決定的，應當向申請人說明理由，並告知申請人享有依法申請行政復議或者提起行政訴訟的權利。
第二十六條
煙草專賣局依法發放煙草專賣許可證應當公開，允許和方便公眾查閱。
第二十七條
煙草專賣許可證的有效期最長為五年，自頒發之日起計算。