Shell: bash。它結合了 csh 和 ksh 的優點，並且有 readline 功能，妳可以隨意綁定自己的鍵盤。
編輯器： VIM, Emacs。
論文，幻燈工具：LaTeX, ConTeXt
繪圖工具：MetaPost。這個語言太強了，以至於我只用它了。妳不熟悉的話可以用xfig, dia 來畫壹些流程圖之類的圖片。
圖像處理：ImageMagick。其中的 import 程序可以屏幕抓圖，convert 程序可以轉換圖像格式，display 可以顯示圖片和簡單編輯(縮放，換質量，轉格式，簡單繪圖，簡單慮鏡)。通常我就這麽點需要。如果妳要更強大的圖像工具可以用 Gimp, 它幾乎和Photoshop差不多。
自動管理工具：make。我可以用make來自動編譯程序，自動編譯文檔，自動更新插圖…… 全自動，而且不會重復勞動。
數值計算程序：SciLab。這個程序基本上可以代替 Matlab。
代數計算程序：MAXIMA。這個程序基於世界上最老的計算機代數系統之壹: 由美國能源部(DOE)發行的 MIT Macsyma 系統。它是用 Common Lisp 實現的。很多現在的符號計算程序比如 Maple 都從 MAXIMA 身上學到很多東西。它現在經過 DOE 批準以GPL發行，永遠是壹個自由軟件。
加密程序：GnuPG。我的 PGP 密鑰就是它搞出來的。
虛擬光驅程序。Linux 不需要虛擬光驅程序，直接 mount 就行了。
ftp 服務器：proftpd, vsftpd。proftpd 功能很強，但是我只用了最簡單的壹種設置。
WWW 服務器：apache。(我壹般沒有開)
ftp 客戶程序：lftp，ncftp。它們都是文本方式操作的，但是比起圖形界面的方便的多。比如 lftp 幾乎具有 bash 的所有方便功能，Tab 補全，bookmark, queue, 後臺下載，鏡像…… Linux 也有圖形界面的 ftp 客戶程序，但是大多不穩定，有很多問題。這就是很多人抱怨 Linux 不如 Windows 的壹個小原因。還有很多人用 Wine 模擬 Windows 的leapftp，其實 lftp 比 leapftp 好很多，妳需要的只是適應壹下。
自動下載工具：wget。它非常穩定，有壹次我下載壹個程序，用 IE 和 Mozilla 下載回來的文件都是壞的，最後還是 wget 可靠的傳輸了數據。