1927秦仁昌受聘於中國科學院自然歷史博物館，任植物學技術員。秦仁昌收集信息壹絲不茍。通過幾年的努力，他基本掌握了中國學者發表的180多年來中國及周邊壹些國家的蕨類植物文獻。但由於中國植物的模式標本都散落在外國的植物標本館，很多問題在國內無法搞清楚，所以秦仁昌決定去歐洲進壹步學習考察。
在胡先蘇教授的支持下，他於1929前往哥本哈根大學植物博物館，得到了當時世界著名的蕨類植物學權威柯利斯(C. collis)的指導，開始對蕨類植物分類學進行調查研究。同時，秦仁昌經常與美國、英國和瑞士的蕨類植物學家廣泛接觸，並得到他們的幫助，從而為他的蕨類植物研究奠定了堅實的基礎。1930年秋，秦仁昌代表中國科學院參加了在英國劍橋大學舉行的第五屆國際植物學大會。會後，為了徹底摸清我國蕨類植物的模式標本，他對瑞典、德國、法國、捷克斯洛伐克、奧地利等國的標本館進行了短期訪問，查閱標本。為了研究中國的植物分類學，我們到英國皇家植物園和大英博物館進行了系統的研究，查閱了皇家植物園收藏的所有中國蕨類和種子植物標本以及周邊國家的蕨類標本。
秦仁昌於1932回國，任北平生物調查研究所研究員兼標本室主任。廬山森林植物園，中國第壹個植物園，創建於1934；他在很短的時間內，在國內外引種栽培了數千種植物，同時完成了約30萬字的《中國、印度及其鄰國鱗毛蕨屬植物的是非研究》。後創辦雲南麗江植物工作站，任靜態生物研究所所長。1938期間，受抗日戰爭影響，九江地區被侵華日軍侵占，形勢危急。秦仁昌教授將壹些蕨類植物研究的書籍和標本寄存在廬山美國小學，並流放到昆明。他充分利用“植物王國”雲南的有利條件，不畏艱辛，廣泛調查收集植物標本，開展植物研究，足跡踏遍雲南。他建立了廬山植物園麗江工作站，逐步形成了昆明新的蕨類植物研究中心。65438-0940在昆明期間，秦仁昌發表了《水龍骨科的自然分類系統》壹文。他以蕨類植物的進化規律和系統發育理論為基礎，清晰地展示了蕨類植物的進化關系並大膽地提出了自己的想法，將水龍骨科劃分為30多個科，200多個屬。它動搖了長期統治蕨類植物分類的經典體系，在當時引起了廣泛的興趣和爭議，震驚了國際蕨類植物界並產生了深遠的影響，解決了當時世界蕨類植物分類的最大難題，是世界蕨類植物分類發展史上的重大突破。因此，它獲得了當年的霍因·龍符生物學獎，從而誕生了壹個全新的經典自然分類系統，國際上後來統稱為“秦仁昌系統”，填補了中國蕨類植物分類的空白。65438-0945，秦仁昌任雲南大學生物與林學系教授、主任，同時兼任其他壹些行政職務。
1949之後，秦仁昌還擔任雲南省林業局副局長。1952期間，秦仁昌教授帶領考察隊來到滇西中緬邊境，走遍了中緬邊境的山山水水，在芒市壩建立了林場，開始投入橡膠林的育苗造林工作。1953年，秦仁昌到雲南東南部的中越邊境，參加了在巴西修建橡膠林的勘察設計工作，選擇了壹塊適宜的橡膠林地，從而在雲南誕生了新中國的橡膠林。
65438-0954年，秦仁昌教授出版了《中國蕨類植物術語和分類系統》。65438-0955，秦仁昌教授當選中國科學院院士。同年調入中國科學院北京植物研究所，任研究員兼植物分類與植物地理研究室主任。秦教授對中國蕨類植物的研究作了新的整理。他以蕨類植物的形態分類為基礎，對我國蕨類植物資源進行了深入調查，對解剖學、孢粉學、細胞學、引種栽培等進行了綜合研究，提高了科研水平。1959，秦仁昌教授當選為《中國植物誌》編輯委員會委員、書記，並兼任第二至第六卷主編。由他主編的《中國植物誌》(第二卷)於當年首次出版。這是中國出版的第壹卷《中國植物誌》，也是這部歷史巨著的第壹部，為中國和世界植物系統學的發展做出了巨大貢獻。
1973年，秦仁昌教授完成了《中國高等植物圖譜》中杜鵑花科和屬的部分，受到中外植物學家的高度評價，該書在美國翻譯出版。他還翻譯了國外植物學的最新成果和近77萬字的《植物學拉丁文》英文版，為我國植物學工作提供了極其重要的參考書。65438-0978年，80歲高齡的秦教授發表了重要論文《中國蕨類植物的系統整理和歷史來源》。他積累了幾十年的工作經驗，用新的研究成果進壹步修正和補充了自己過去的分類系統，對復雜的蕨類植物系統發育進行了更深入細致的探討。次年，秦教授完成了《現代科技大辭典》(植物學)的翻譯工作。先後組織翻譯了韋氏詞典(植物學部分)，完成了《西藏植物誌》蕨類植物區系工作。文革期間，雖然環境和條件極其艱苦，面臨諸多困難，但秦仁昌教授從未停止對蕨類植物的研究。
早在20世紀20年代，秦仁昌教授就是中央研究院自然歷史博物館植物部主任。歷任中國科學院植物研究所研究員、植物分類與植物地理研究室主任、中國科學院植物研究所學術委員會委員、華南植物研究所學術委員會委員。曾任中國科學院植物研究所顧問、《植物分類學報》主編。歷任中國植物學會理事、副理事長、名譽主席；1955當選中國科學院院士；當選為第壹、二、三屆全國人民代表大會代表；曾入選國家科委林業組成員、國際植物學會分類命名委員會名譽副主席、鳳尾蕨組成員；被印度蕨類植物學會授予榮譽會員；他參加了全蘇聯植物學會第二次代表大會；他是20世紀對蕨類植物系統學做出突出貢獻的權威之壹，被稱為中國蕨類植物學之父。秦仁昌教授獲中國科學院自然科學獎壹等獎1989，國家自然科學獎壹等獎1993。
秦仁昌教授在我國從事植物學研究60多年，對上千種蕨類植物進行了多方面的調查、深入細致的分析和研究。撰寫了許多關於中國蕨類植物的專著和論文。同時為祖國培養了許多林業、植物學、蕨類植物分類學方面的人才。他形成了自己的蕨類植物學流派，提出了較為客觀的中國蕨類植物分類觀，並由此創立了中國最完整的蕨類植物分類體系。他為中國的科學事業做出了傑出的貢獻。
秦仁昌於1940年發表的《水龍骨科自然分類》在國際蕨類植物界產生了歷史性的影響，其科、屬的概念多為世界蕨類植物所采用。1978出版的新體系形成了秦仁昌體系學派；1959編輯出版的《中國植物誌(第二卷)》是中國植物誌的第壹部歷史巨著，對其他卷的編纂起到了示範作用，為中國和世界植物系統學的發展做出了重要貢獻。
20世紀20年代，秦仁昌先後擔任東南大學理學院生物系植物學助理、中央大學理學院生物系植物學講師、中央研究院自然歷史博物館植物學部主任。在此期間，他還參觀了瑞典、德國、法國、奧地利和捷克斯洛伐克的植物標本室，並在皇家植物園和英國自然歷史博物館的植物標本室工作。回國後，任任靜生物研究所研究員兼標本室主任。1933與其他中國植物學家壹起，成立了中國植物學會，並當選為副理事長。1934，廬山森林植物園成立，任靜態生物研究所所長。抗日戰爭期間，流亡雲南，創辦雲南麗江植物工作站，任主任。1940出版的《水龍骨科自然分類》解決了當時世界蕨類植物系統分類的最大難題，被荷蘭福勒生物獎委員會授予該獎。抗日戰爭勝利後，65438-0948任雲南大學生物與林學系教授、主任。中華人民共和國成立後，1955年當選中國科學院院士，受聘為中國科學院植物研究所植物分類與植物地理研究室研究員、主任，並擔任中國科學院植物研究所、華南植物研究所學術委員會委員。1979至今，中國科學院植物研究所顧問，《植物分類學報》主編。歷任中國植物學會理事、副理事長、名譽主席。1954後，先後當選為第壹、二、三屆全國人大代表。1957國家科委林業組成員；1958年受聘為新疆綜合考察隊植物組組長，赴新疆考察。1959當選《中國植物誌》編委兼秘書長。他被選為國際植物學會分類和命名委員會名譽副主席和蕨類植物學組成員，並被印度蕨類植物學會授予名譽會員。此外，他還出席了全蘇植物學會第二次代表大會。