1、意思不同：
（1）南轅北轍壹般比喻人的行動和目的恰好相反。背道而馳沒有此意。
（2）背道而馳意思：朝相反的方向跑去。比喻方向和目的完全相反或背離正確的目標，朝相反方向走。背：背向；道：道路；馳：奔跑。
2、用法不同：
（1）南轅北轍用法：作賓語、定語；含貶義。
例句：妳想這六條要求，與中央開出的六條款約，簡直是南轅北轍，相差甚遠，有什麽和議可言。
（2）背道而馳用法：作謂語；形容越跑越遠，永遠達不到目的。
例句：道學先生於是乎從而禁之，雖然很象背道而馳，其實倒是心心相印。——現代·魯迅《墳·從胡須說到牙齒》
南轅北轍的故事：
南轅北轍出自於戰國佚名的《戰國策·魏策四》。
原文：今者臣來，見人於大行，方北面而持其駕，告臣曰：“吾欲之楚。”臣曰：“君之楚，將奚為北面？”曰：“吾馬良。”臣曰：“馬雖良，此非楚之路也。”曰：“吾用多。”臣曰：“用雖多，此非楚之路也。”曰：“吾禦者善。”此數者愈善，而離楚愈遠耳。
白話譯文：我今天來上朝的時候，在大路上遇見了壹個人，正在面朝北面駕著他的車，他告訴我說：“我想到楚國去。”我說：”您到楚國去，為什麽往北走呢?”他說：”我的馬很好。”我說：”妳的馬雖然很好，但這不是去楚國的路。”
他說：”我的路費很多。”我說：”妳的路費雖然多，但這不是去楚國的路。”他說：”我的馬夫善於駕車。”這幾個條件越好，就離楚國就越遠罷了。