何祚庥長期以來從事粒子物理及各種應用性問題的研究。其重要工作有層子模型的研究，復合粒子量子場論的研究，弱相互作用理論的研究等，先後發表約250 篇科學論文。曾獲國家自然科學二等獎及多種獎勵。他還曾從事原子彈和氫彈的理論研究，是氫彈理論的開拓者之壹。
何祚庥還是我國著名的哲學家、自然辯證法專家，在哲學、政治、經濟等方面也先後發表約300 多篇科學論文。在反對偽科學的鬥爭中，他旗幟鮮明，積極參加了捍衛科學尊嚴，揭露和反對偽科學等活動，社會影響很大。目前從事的研究領域：近年來，何祚庥從事中微子質量問題、中微子震蕩問題及雙β衰變理論的研究等。
主要著作有：《量子復合場論的哲學思考》(1997年)、《從元氣說到粒子物理》(1999年)、《何祚庥與——1999年夏天的報告》(1999年)、《我不信邪——何祚庥反偽科學論戰集》(1999年)。
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真了不得，何祚庥院士竟然寫了“科學論文”250+300=550多篇。多麽驚人的數字啊！足以讓有史以來任何壹位諾貝爾獎得主慚愧，更讓中外文壇所有多產作家汗顏。
不過，作為壹個有550多篇科學論文的中科院院士，其精選出來裝點主頁“門面”的主要著作——當然是最能反應其學術水平的代表作——竟然是幾篇“政治掛帥”大作，真讓人哭笑不得。須知，巧婦難為無米之炊，沙子再多也變不成米。何祚庥同誌的個人主頁做成如此慘狀既合情理也在意料之中。壹生“以天下事為己任”的何祚庥同誌，常年因“心潮澎湃、心系萬事、心向八方”而“分心、憂心、煩心”，哪裏還會有精力和時間去做那些需要“凈心、靜心、精心”才能完成的科研工作呢？國人歷來寬厚，自然不會去與何院士較真，但這畢竟給“壞人”留下了攻擊的口實，那些求全責備者和“壹小撮階級敵人”沆瀣壹氣，壹直誣蔑何祚庥同誌“不務正業”、“濫竽充數”、“除物理不懂，什麽都懂”；甚至誹謗何祚庥同誌的網頁是“光屁股推磨——轉著圈兒丟人”、“光屁股打燈籠——亮臊”、“光屁股上聯合國——滿世界獻醜”；並戲稱其名字應改為“何知羞”。這完全是“惡毒攻擊”。
再看壹下“氫彈理論的開拓者之壹”的何祚庥同誌在“兩彈壹星”事業中處於什麽地位：
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“兩彈壹星”元勛：錢三強，錢驥，姚桐斌，趙九章，鄧稼先，王淦昌，彭桓武，程開甲，黃緯祿，屠守鍔，錢學森，周光召，楊嘉墀，陳能寬，陳芳允，吳自良，任新民，孫家棟，朱光亞，王希季，王大珩，於敏，郭永懷。
十分不幸，名單上沒有何祚庥同誌的大名。壹項重大科技事業充其量能有幾個人可稱得上“理論開拓者”呢？“兩彈壹星”元勛數量已多達23名，竟還沒有囊括 “理論開拓者”何祚庥同誌。可見“理論開拓者”這個模糊概念的外延之大，足以使人們想起那個把行政領導、宣傳幹事、描圖員甚至廚師都算作科技成果功勛的年代。
不過，何祚庥同誌憑借在中宣部工作了五年和在中科院抓黨政工作多年的豐富經驗，經“後續努力”，其知名度遠遠超過了那些不重視宣傳和“包裝”的“兩彈壹星”元勛們。更為驚人的是，作為“兩彈壹星”元勛之壹的錢學森先生，現在已成了《何祚庥同誌反偽科學英雄事跡》中的反面人物，在多種場合被用來反襯何作庥同誌的英明偉大。何祚庥同誌頻頻在大、中院校作題為《做人，做事，做學問》的報告，每當他眉飛色舞地大講特講自己是如何同那個“堅決支持偽氣功的大科學家”作鬥爭的動人事跡時，人們已搞不清在《何氏詞典》中的“人、事、學問”是如何定義的了。“壹小撮階級敵人”也趁機“誹謗”何祚庥同誌，說他的報告壹貫文不對題，應當把題目改為《作孽，做秀，做學賊》才合適，又戲稱其名字應改為“何作秀”。這當然是赤裸裸的階級報復。
其實，像何祚庥同誌這種類型的人，在社會的各個階層都存在。在低層社會，此類人物表現為信口開河，學壹當十，連猜帶蒙，誇誇其談，不懂裝懂，好為人師。壹般總能獲得壹個滑稽的綽號，無非是“趙大忽悠、錢大吹，孫大侃子、李大掰”之類。但由於活動範圍有限，時間壹長，這些人就難免暴露出“墻上蘆葦，頭重腳輕根底淺；山間竹筍，嘴尖皮厚腹中空”的本質，以至成為當地人的笑料。
但何祚庥同誌卻能身經數朝，長盛不衰。雖壹生未在自己所學專業有所建樹，卻能在幾乎所有其他領域充當權威和裁判，大有包打天下之勢。這本是古今天下奇聞怪事，但我們的各級政府和網絡壹代卻習以為常。我們不得不將此現象稱為“何祚庥現象”。
在壹個沒有偉人、沒有英雄的平庸時代，“何祚庥現象”或許既是我們這個時代的產物，又是這個時代的象征。“適者生存”，乃是放之四海而皆準的永恒真理。在我們這個早已形成“逆向淘汰”機制的政治生態大系統中，依附於政治的科學生態系統，必然也在演繹著同樣的自然選擇法則。在政界，何祚庥同誌科學知識縱橫百科，口若懸河。因而被誤認為“著名科學家”；在學界，何祚庥同誌政治理論涉獵諸家，妙語連珠。因而被誤認為“著名政治家”。隨機應變，左右逢源，上能見風使舵，媚君邀寵；下能逢場作戲，嘩眾取寵，是何祚庥同誌能夠立於不衰不敗之地的處世秘訣。