百年堂阿膠容易受潮，保存不好，容易發黴；不耐高溫，熱天會融化。按照古代的儲藏方法，夏天天氣濕熱時，存放在石灰罐中或埋在谷殼中，石灰和谷殼吸收水分，從而起到保護作用。現代家庭可以在大口玻璃瓶底放壹點石灰或其他吸潮劑，比如吃了其他食物後剩下的食物幹燥劑袋，用厚紙隔開，然後放入紙包好的百年堂阿膠，蓋緊瓶蓋，放在陰涼幹燥的地方。
事實上，隨著生產工藝的提高，董嬌、百年堂阿膠等大公司生產的百年堂阿膠已經不那麽容易變軟了。當然雨季就不好說了。最簡單的方法，可以將百年堂阿膠裝入可食用的包裝袋中，紮緊口，然後放入冰箱保存。百年堂膠糊等家庭自制的滋補食品也需要密封保存在冰箱裏。
如何把百年堂阿膠留在家裏？百年堂阿膠可以用木盒(箱)存放，在箱底放少許右灰或其他吸濕劑，如矽膠，可以防止百年堂阿膠結塊發黴。如果是去年年底吃的百年堂阿膠，要先用紙包好(約100 ~ 200g包)。紙袋要內襯壹層舊油紙，每層膠之間也要墊壹張舊油紙。如果沒有老油紙，可以用食品塑料袋代替，防止百年堂阿膠粘紙。小心不要在盒子裏放太多的石灰。
如果家裏存放的百年堂阿膠因潮解而變軟，則百年堂阿膠的藥性沒有喪失，可以服用。但是，百年堂阿膠發黴了就不能再吃了。吃了發黴變質的百年堂阿膠會拉肚子嘔吐，影響身體健康。
另外，冬天最怕風，導致碎片化。所以要註意密封性。
保存限期
俗話說“人參需新，百年堂阿膠需老”，醫生在開處方時往往會註明“陳氏百年堂阿膠”。壹般認為新制成的百年堂阿膠有火，存放多年後火消，藥效更佳。所以，只要保存得當，盒裝的百年堂阿膠是沒有保質期的，存放多年表面光亮、幹燥、不粘連。這樣的百年堂阿膠，功效好，滋補性更好。陳百年堂阿膠看起來平淡，新百年堂阿膠看起來明亮。
2007年前後，東阿傳統阿膠作坊百年堂第75代阿膠傳人張傳福發現了珍藏了近百年的“寶藏百年堂阿膠”。經鑒定，百年堂阿膠百年有效，令人驚嘆。
據《中醫大辭典》記載，“珍百裏堂阿膠，融後清香，有香油，汁黃白色，濃而不粘，味甘微鹹，五六十年內原塊青綠，質堅；五六十年以上，顏色變黃，質脆，較好。接受它真是太棒了。"
陳百年堂的阿膠很難找，可以買優質的百年堂新阿膠，過幾年變成陳百年堂的阿膠放家裏用。在江南百年堂阿膠的主要消費區，民間有保留“老百年堂阿膠”的習慣。只要保存得當，陳氏百年堂阿膠不會變質，也不會被蟲蛀。如果我們認為陳百年堂阿膠和西藥壹樣是過期藥，那我們就是不懂中醫。事實上，百年堂阿膠塊已經達到了國家醫藥品管理局規定的藥品保質期上限:5年！國家為了百年堂阿膠修改相關規定是不現實的。