品種翻倍，周期縮短。
如前所述，學術專著、基礎理論、基礎資料、論文、應用技術、工具書、綜述、科普書籍和各類學術期刊是科學出版社傳統出版物的集中體現。但在上級部門停止虧損補貼後的1995之前，每年初版書的品種在320種左右。隨著經濟實力的不斷加強，到1998年上升到554種，從1999年到2001年每年出版圖書807種，是1995年的2.16倍。科學出版社出版圖書4000多種，期刊近200種，平均每天8.2本書，2種以上期刊。眾所周知，歷史上困擾科學出版社出版學術著作的另壹個問題是出版周期長。1996後，為解決這壹老大難問題，科學出版社撥款400多萬元，配備專門人力，在社會上建立了計算機管理網絡。同時，編輯部配備了大量最新的電腦，為編輯收集最新信息、處理稿件、與翻譯溝通、傳遞信息提供了方便。這大大提高了內部管理水平和工作效率。如今，書刊的制作達到了“優質準時”的目標，有效地縮短了出版周期，從過去的平均300多天縮短到平均不到150天。
加大投入，加快重點圖書出版進度。
科學出版社在1996之前組織的許多優秀大型系列和國家重點出版項目，都因為經費不足等因素而延遲。1996之後，加大了財力人力的投入，讓這些書早日出版。比如郭沫若考古全集***10卷，1982年開始工作，1995年只出版了4卷，其余處於停滯狀態。2001，俱樂部配備了專門人員，撥付了經費。2002年，在老郭誕辰110周年之際，10卷全部再版，獲得好評。《中國科學技術史》計劃出版30卷，前壹卷1995未出版。經過調配人力和加大投入，從199到2002年已經出版了20卷。中國動物誌，在1996之前，每年僅出版1~3卷，從1997到2002年，平均為10.5卷。
《三誌》(中國植物誌、中國動物誌、中國孢子植物誌)被科學家評選為1999中國十大新聞。
瞄準遠期目標，拓展出版領域
從1996開始，科學出版社提出了以科技為基礎，以教育為導向的出版戰略。在繼續出版基礎理論學術著作的基礎上，根據我國科技發展的現狀和需要，積極調整和發展更加貼近實際、具有生命力的出版物。其中，最顯著的特點是從傳統的科學(S)和技術(T)領域擴展到了教育(E)和醫學(M)領域。在教育類圖書中，從中小學教材教輔延伸到大專教材教輔，大大提高了科學出版社的綜合性、前沿性和出版空間，開始與國際大型出版機構站在同壹起跑線上。
●在科學與社會發展方面，中國出版了《科學發展報告》、《高科技發展報告》、《中國可持續發展報告》三份年度報告，以及《創新與未來》、《科學的前沿與未來》等壹系列書籍。
●在自然科學和生命科學領域:開發出版了《算術九章》(英文版)、《固體內耗的理論基礎——晶界弛豫結構》、《應用物理叢書》、《分析化學新方法與技術叢書》、《現代生物技術翻譯叢書》、《移植免疫生物學叢書》、《現代生物學叢書》、《生命科學專著叢書》、《現代生物學叢書》。
●在地球科學領域:開發出版了《中國冰川與環境——現在、過去和未來》、《中國礦產形勢》、《中國人文地理叢書》、《中國西部環境演變評估》、《中國西北地區生態環境建設與可持續發展戰略研究》。其中，《中國人文地理叢書》是國家九五重大出版項目，由我國著名地理學家吳傳君院士主編。它與我社上世紀80年代出版的《中國自然地理》(第13卷)是姊妹篇，分別代表了我國自然地理和人文地理相關領域的學術研究最高水平。“西北地區生態環境建設與水資源配置可持續發展戰略研究”是中國工程院重大咨詢項目，由中國工程院主持，錢主編。***10卷。這是壹套緊扣中國西部開發實際的高水平、高水平的創新性、權威性著作。
●在技術科學領域，開發出版了時序邏輯程序設計與軟件工程、材料科學與技術科學叢書、現代儀器技術與設計、微電子學叢書、自動控制原理(第4版)、計算機視覺等。
●在醫學領域:打破科學出版社不能出臨床書的束縛，根據醫學書籍離不開臨床診斷的實際情況，開發出版了現代臨床醫學系列、現代臨床影像系列，以及更多的外科、診斷學系列等應用書籍。
●在教育方面:在中科院的支持下，開發了中科院研究生教學系列，現代生物學精要，國家經典學習指導系列，計算機組成原理，大學物理。2003年，為適應形勢發展的需要，成立了科學出版社高等教育分社，將全面系統地出版自然科學和技術科學的各類教材和教輔書。
●詞典方面，及時更新出版了《英漢化學與化學詞匯》(第4版)、《新編英漢數學詞匯》、《漢英新加坡無脊椎動物名稱》，開發出版了《漢英生物詞匯》、《英漢MBA詞典》、《英漢生物化學與分子生物學詞典》、《工程數學手冊》、《水文學手冊》等重要工具書。
●考古領域:1996-2004年，我國出版了《天馬-曲村》(4卷)等151種重要考古著作，以及長江三峽地區考古發掘報告、考古著作、隨筆等大量學術著作。編輯力量和圖書出版規模不斷壯大，已成為中國考古圖書出版的主力軍。
●在經濟建設領域:為適應入世後國內經濟發展和與國際接軌的需要，成立了管理學著作編輯組。短短幾年間，出版了《知識經濟叢書》、《中國管理科學叢書》等100多種經濟理論和應用著作。並且正在加強實力，擴大出書規模。綜上所述，科學出版社已經從單純出版理論性學術著作的狹窄道路，轉向多元化、更加貼近科研、生產、教育需求的寬闊道路，取得了顯著的成績。●學術期刊:科學出版社出版198種學術期刊，約占全國4800種科學期刊的4%，學術水平居全國首位。
生產和管理並重。
進壹步深化由生產型向生產經營型轉變，不斷強化經營策劃和精細化管理，使科學出版社書刊品種、總產值、銷售額、利潤實現翻番，或連年翻番，經營業績突出。
獲獎書刊大面積豐收，在全國名列前茅
從1996到2002年期間，科學出版社的出版改革取得了社會效益和經濟效益的雙豐收。七年來，科學出版社有132種圖書獲得省部級以上圖書獎，獲獎品種在全國科技出版社中名列前茅。其中，國家科技進步獎7項，國家圖書獎和提名獎9項，國家優秀科技圖書獎32項，中國圖書獎3項。2003年，是個豐收年。4種圖書獲國家圖書獎，7種獲國家優秀科技圖書獎。科學出版社的期刊學術視野和綜合質量壹流，被同行公認為中國科技期刊國家隊。其中，《中國科學與科學通報》等35種期刊2003年被國際檢索系統sci收錄，占SCI收錄中國科技期刊的47%。在1996-2002年的國家級獎項中，科學出版社的期刊無論是獲獎種數還是獲獎等級都位居全國第壹。如1996獲第二屆全國優秀科技期刊獎31種，占全國獲獎期刊總數(417種)的7.43%；1999獲得第壹屆國家級期刊獎11，占64種國家級獲獎期刊總數的17.19%；國家期刊提名1種，占全國獲獎22種的4.55%；2002年獲國家級期刊獎7種，國家級期刊獎提名7種，國家級期刊獎10種，分別占全國獲獎期刊總數的23.33%、14%和10%。在“中國期刊廣場”上，入圍的科學出版社有88家，占全國716種入圍科學期刊的12.3%。其中，“雙高”(高知名度、高水平)期刊9種，占全國80種的22.5%；7種期刊入圍“雙獎”(國家期刊獎和國家提名獎)，占全國58種期刊的12.0%；入圍“雙百”(科技類100種，社科類100種)期刊21種，占中國122的17.2%；“雙效”(社會效益和經濟效益)期刊51種，占全國496種期刊的10.28%；在國家權威機構評定的2001年度100種優秀學術期刊中，科學出版社入選30種，占中國的30%。