在臨床上，用這17藥物來克制疾病的20種基本屬性，從而達到治療疾病，使患者康復的目的。蒙藥應用廣泛，包括植物、動物、礦物、化學藥品，但大部分取自野生植物。據文獻記載，蒙藥材約有2230種，經調查考證，有203種蒙藥材屬於植物種子和果實。231種根和根莖；全草256種；枝葉54種；花卉83種；革類35種，藤類36種；14種細菌和藻類；14種樹脂；28種其他植物；30種昆蟲；260種動物；98種礦石。* * * 1342種。當地蒙藥包括紫莖澤蘭、前胡、播娘蒿、小茴香、伸筋草、沙棘、小薊、文冠果、杠柳、蒙蘿蔔花、白龍場菜、刺玫果、金蓮花、冷蒿、烏梅、花錨、側柏、白花蛇舌草、徐長卿、金蓮花。據調查，全區現有蒙古野生藥材800多種。除了自產和當地藥材外，中蒙藥和蒙藏藥也廣泛使用。如肉蓯蓉壹般用於滋補強壯，蒙藥也用於治療脾胃疾病；草烏在中蒙藥中常用，而蒙藥除了用烏頭外，還用草烏絨(地上嫩苗或加工過的草烏芽)、草烏葉、草烏花等。用於熱病、半身不遂、五官科疾病、腸炎等疾病。如訶子，蒙藥通用，但蒙藥更廣泛應用於各種疾病；廣棗，中醫用其樹皮治燒傷，蒙醫用其果實治心臟病；肉豆蔻，中藥裏燉的，用來溫脾胃，澀腸，下氣。蒙藥生肉豆蔻用於治療心臟病，其假種皮“肉豆蔻衣”(藥名於國華)用於治療風、氣、白脈疾病。蒙藥和藏藥交叉應用的比較常見，如三針、山柳、刺梨、土木香、毛竹、毛冬青、毛脈綠絨蒿、秦艽、白花龍膽、石榴、婆婆納紅景天、橐吾、虎耳草、川膽、瓜子、余甘子、雪蓮、翼首草。處方蒙藥處方壹般由兩種或兩種以上藥物組成。蒙藥常用作成藥，但很少開處方。蒙醫臨床治療的根本原則是辨證施治，方藥分為氣味和性能兩大類。藥物分為主、輔、佐、佐。壹般中藥有400多種。蒙醫傳統方劑1500余種，多為復方制劑。