衢州有著悠久的水運歷史。古代實行鹽商銷運政策。浙江鹽銷往四省，其中江西廣信(今上饒)七縣的鹽通過曲江由水路運到長山岸邊，再由陸路運到江西玉山分銷。1949衢州解放時，市轄區有木帆船2690艘，噸位13182噸。* * *竹排409對，噸位660噸。解放初期，水運在運輸糧食、木材、柑橘、煤炭、竹子、木柴、稭稈等大宗土特產方面發揮了極其重要的作用。隨著摩托艇的發展，80年代，隨著摩托艇的發展，衢州至蕭、邵、寧、杭、嘉、滬、滬、蘇等內河航線相繼開通。當時，衢州各航運公司擁有各類船舶100多艘，2000多載重噸，船隊12艘，年貨運量15萬噸。水運為當地經濟發展做出了巨大貢獻。上世紀90年代，隨著公路、鐵路的快速發展，以及上遊水庫建設等人類活動的影響，航道通航能力逐漸萎縮，部分淺灘河段甚至停航，內河航運逐漸蕭條，基本處於停航狀態。煤炭、石材等大宗貨物不得不棄水棄土，增加了企業成本，給衢州、金華的經濟發展帶來了極大的負面影響。由於航道等級和通航噸位的降低，衢州航運無法充分發揮運量大、經濟效益差的優勢，全市航運公司紛紛倒閉轉產。僅劉龍遊遠安船務有限公司就擁有8艘貨船，862載重噸，從事跨航區、跨省長途水路貨物運輸。目前，曲江部分河段可通航采砂船和渡船。