壹天早上，我們的主角利德按慣例去山頂的了望塔。走到半路隱約看到天空有什麽異樣，他感到今天和平時不太壹樣。來到了望塔後看到自己青梅竹馬的好友法拉也在這裏。呵呵，像她這種野丫頭來這裏還真是罕見啊^^。原來她也因為看到天空中的異樣而來這裏看個究竟……這時，突然從天空中落下壹個不明物體，見事不妙兩人分頭跳下望塔……轟的壹聲，了望塔被不明物體砸成了碎片。
法拉好奇的趕過去看看那個不明物體到底是什麽，利德擔心她有危險於是也趕過去。（按X鍵可以令主角快速行走）之後可以進行壹些戰鬥，這次的戰鬥系統和前作差不多，戰鬥中玩家控制主角前後移，按兩下前或後可以沖刺。圓圈鍵是普通攻擊，如果加上方向要素會變成其他形式的攻擊，X鍵是使用必殺技（目前還沒有修得）。另外本作敵人比較厲害，而且很抗打，所以戰鬥中按方塊鍵進行防禦變得十分重要！善加利用會使傷害減到最小。按三角鍵可以使用道具和其他壹些功能。另外這次引入了熟練度的概念，比如主角的斬和刺都有熟練度，這個熟練度會影響到必殺技的修得，再有就是連擊數，這個數值越高，得到的經驗值也就越多。
離開了望搭向右側走，在這裏可以得到壹些防具和道具，並可以在這裏的綠色記錄點回復HP（其實可以在這裏多轉轉，這裏有壹些回復道具和壹些料理用道具，並可以熟悉壹下本作的戰鬥系統）。繼續向右走，在半路看到壹個可愛的生物在那裏晃來晃去，好象在等什麽似的……。這時利德看到法拉和壹個身著異裝的少女？在壹起，當嘗試和那女孩溝通時發現完全聽不同她的語言（全是些￥#%-%*#￥%……），這時利德發現那個不明物體要爆炸，於是和大家壹起離開，看到法拉沒事，這才放心。當利德和那個異族少女接觸時，少女身上發出了虹色的光，這使主角感到很奇怪。之後眾人回到邊境的村莊ラシュアン 。
在村長家村長告訴利德這個異族少女會給村子帶來災難……村長話音未落，突然從屋外闖進壹名和異族少女說同樣語言的大漢，顯然是沖著那個少女來得。之後發生戰鬥，雖然敵人攻擊力很強，但HP不怎麽多，幾下就可以解決。打敗敵人後，村長好象想起了什麽可怕的往事，認為異族少女和以前的大災難有關……，於是讓利德把女孩趕出村！這時法拉氣憤的村長和說要是趕走她的話，她也跟著離開。於是利德壹行人來到法拉的家……
法拉給異族少女換上了自己的衣服，並說這樣就不會有人認出她來了。利德問她是否真的要離開村子，法拉說壹定要找到能理解異族少女語言的人，這時她想起了少年時的玩伴：愛哭的鼻涕蟲，現在的大學士基魯。之後主角也決定和法拉壹起旅行。之後眾人向“學問之町ミンズ”出發。（其實在出村之前可以好好轉轉，仔細調查壹下壇壇罐罐可以得到不少好東西，並可以從不可思議的料理人處學到壹種料理（遊戲中隱藏著許多不可思議的料理人，他們會裝扮成格式各樣的東西，只要找到他們就會傳授給主角新的料理，所以在村莊裏仔細探索每個角落就變的非常重要。另外，料理在遊戲中也扮演著很重要的角色，除了恢復各種數值/狀態外，還可以使主角們的攻擊力/防禦力等數值提高）。另外村長家還可以得到壹個道具圖鑒（重要道具）。另外在村裏還可以找到2枚レンズ） 出村後西行過橋，在這裏大家為了以後旅行方便相互通報了姓名，異服少女壹直叫著美露荻、美露荻，之後法拉索性就叫她美露荻^^。之後3人向“學問之町ミンズ”出發。由於目前的敵人較強，所以最好多練練級。過橋後壹直往南行，先不要進下方的建築屋，在環山的空地上好好繞繞可以進入壹個隱藏的地點，在這裏可以從壹位老伯處學會壹種戰鬥的號令，這樣在戰鬥中選擇號令指令就可以使用相關的戰術（其實在世界各地都有這樣的隱藏地點，所以大家閑著沒事時可以在地圖上好好逛逛）。壹直向南走來到“レグルス道場”，在這裏可以整理壹下裝備。在宿屋的2層可以找到壹名不可思議的料理人並學到壹種新料理。 離開“レグルス道場”向東走，來到ラシュアン河的斷橋處，由於這裏正在修理中，而且水流湍急暫時無法通過。從其中壹位工人處得知“レグルス道場”的武術老師說不定會有辦法。於是利德壹行人返回“レグルス道場”（半路上美露荻與主角再次發出虹色的光芒…………）。回到“レグルス道場”擊敗這裏的學徒後見到法拉的武術老師富蘭克。之後在這裏仔細調查可以找到2枚レンズ和其他壹些道具，和這裏的學徒對話可以得到壹些關於戰鬥的方法，還可以得到壹本戰鬥方法的書（重要道具）。另外，調查最下放房間裏的大箱子，可能是壹位不可思議的料理人，但現在主角們的料理水平還不高所以沒有傳授主角，記著以後再來吧。找到富蘭克老師後，法拉學會了回復的特技，這時富蘭克老師希望利德能拜自己為師……並讓主角去找他的壹個學徒，和道場裏最下方房間裏的學徒對話後得知要通過ラシュアン河的急流，只有借助水之精靈的力量。之後利德壹行人再次來到ラシュアン河的斷橋處，在這裏和道場的學徒對話後利用水之精靈的力量使水流變慢，於是眾人乘坐木筏順流而下，接下來是壹個迷妳遊戲，用方向鍵左右來控制木筏的移動，圓圈鍵用來加速。
通過急流後，壹直向東南走來到“學問之町ミンズ”，在這裏可以整備壹下裝備，另外在食堂裏調查花盆可以從不可思議的料理人處學到新的料理。在村裏和大家對話可以得到許多情報。另外在這裏的圖書館可以查閱到許多文獻，其中裏面提到了美魯荻所說的“美魯尼克斯語”。另外從圖書館右上方的路進入體育場，在進入操場臺階附近仔細調查可以找到1枚“レンズ”，另外和操場的學生對話可以進行迷妳遊戲。在村子裏壹直向西走來到這裏的ミンズ大學，從接待大廳處得知基魯所在的房間，之後利德等人前往光之精靈研究室，在這裏找到找到了基魯以前的助手桑庫，和桑庫話剛說的壹半，戴在門外的美魯荻突然闖近來折騰了壹番，把這裏搞的亂七八糟，這時這裏的學部長憤怒的把大家趕了出去……。之後從桑庫處得知美魯荻很可能就是“宮廷精靈術士”，並告訴大家基魯現在在西南方的“巖山の觀測所”處。這時法拉突然想起壹件事，於是問桑庫，基魯現在是否已經不在這裏上學了？桑庫告訴她由於基魯的壹篇“世界連鎖崩壞的推論”的論文而被學部長給予休學處分…………（壹大滴汗！）先不要急著去“巖山の觀測所”，和樓上的學生們對話可以得到壹些情報，另外，在這裏還可以玩壹個回答30問的迷妳遊戲（全部答對會有以外的收獲）。
離開“學問之町ミンズ”眾人前往西南方的“巖山の觀測所”。通過山路來到山頂的觀測所，在這裏終於找到了基魯。好朋友寒暄後，基魯借助“美魯尼克斯語”字典得知美魯荻來自壹個叫做“塞利斯提亞”的地方。這時利德等人大驚到“塞利斯提亞”！，那不是空中的逆世界嗎…………？之後基魯讓利德用望遠鏡看天空，利德把望遠鏡的焦距調大後看到遠處有壹個很小的黑球，基魯解釋說那就是世界崩壞的前兆。為了能更好的和美魯荻溝通，基魯提議去找馬塞特博士。他是“美魯尼克斯語”的權威，找到他後相信可以了解到更多關於美魯荻的身世。不過馬塞特博士現在已經離開了ミンズ大學，住在“モルルの村”，需要通過東側的“望鄉の洞窟”才能到達。另外這個觀測所裏仔細調查可以找到1枚“レンズ”。
回到“學問之町ミンズ”去ミンズ大學，現在可以進入之前無法進入的研究室，其中在水精靈研究室可以找到壹枚“レンズ”。來到“學問之町ミンズ”東側的“望鄉の洞窟”後，在這裏利用海潮的漲落打開通路，其中壹個寶箱也需要等海潮漲滿後才可以得到。（只要在這裏多轉幾圈海潮自己就會漲落）來到洞窟的深處擊敗怪物後利德等人決定先休息壹下，之後回憶起他們小時侯的往事……之後大家繼續前進，在出口右側的岔路盡頭調查木堆後可以找到1枚“レンズ”。 出洞窟後壹直向東走來到“木陰の村モルル”，在村裏可以買壹些新道具，其中在食品店裏調查可以找到壹名不可思議的料理人學會壹種新料理。來到村子的最上層，在這裏見到了馬塞特博士。博士像利用美魯荻的精靈感應讓大家帶上特殊的耳飾來與美魯荻溝通但失敗了。這時美魯荻好象發生了什麽事變的坐立不安，之後壹個人離開馬塞特博士的屋子，法拉不放心也追了出去，在基魯也出去前馬塞特博士告訴他美魯荻也是和他壹樣的…………另外，在博士的房間裏調查可以找到1枚“レンズ”和壹位不可思議的料理人並學會新的料理。
離開博士的屋子來到下方的“モルル奧地”。跟著美魯荻來到最深處，原來她為了找寵物跑過來，這時她的寵物被怪物襲擊……擊敗怪物後法拉和基魯突然能聽懂美魯荻的語言了，原來先前博士給的特殊的耳飾正確的測到了美魯荻的波長……終於沒有了語言障礙。美魯荻告訴大家她是為了制止兩塊世界的碰撞來這裏找解決方法的，只要找齊這個世界所有的大精靈就能阻止造成災難的碰撞。回博士家把事情向博士說明後，博士交給利德壹張世界地圖（重要道具）並告訴他在離這裏不遠的東北方“水精靈の河”住著水之精靈。並傳授給法拉解毒的特技。
來到“水精靈の河”，在這裏仔細調查可以在樹後找到1枚“レンズ”，通過壹些淺灘找到水之晶靈，對話後水之晶靈並沒有立刻協助主角他們，基魯告訴利德看來水之晶靈要實驗壹下大家的實力，於是繼續前進。在路上可以找到壹些不錯的武器及防具（有些藏在數叢裏，要仔細調查），其中有壹把水屬性的短劍很強壹定要得到。最後擊倒水之晶靈後得到了晶靈的力量（在以後的戰鬥中可以使用晶靈的力量）。雖然得到的水之晶靈的力量，但其他晶靈又在哪裏呢？於是眾人商議後決定前往“王都インフェリア”把發生的所有事情匯報給國王陛下。先回“木陰の村モルル”和馬塞特博士對話，可以得到壹本怪物圖簽（重要道具）。 出“木陰の村モルル”向東走，過橋後來到通往“王都インフェリア”的必經之路“いざないの密林”，這個森林迷宮的要點就是把“餛飩”和“破壞”這兩個神像的臉都調到面向右的位置，把“秩序”和“創造：這兩個神像的臉調到面向左的位置，這樣就會打開壹條通路。另外在壹處有五個神像的地方走道最上部調查可以找到1枚“レンズ”。之後跟著美露荻的寵物從森林右側的通路走向森林的另壹半。休息後進入森林的右側，右側森林的功略要點就是尋找並擊敗森林裏的5個魔物，之後這裏的5個石像會消失並出現壹條走出“いざないの密林”的通路。
離開“いざないの密林”後繼續向北走來到“王都インフェリア”。來到王都的城下町後壹定要好好轉轉，除了更換裝備外還有不少道具可以探索，其中在“宿屋”二樓和“王立劇場”裏仔細調查分別可以找到2位不可思議的料理人並學會新的料理，另外在“王立劇場”裏還可以找到1枚“レンズ”。逛完城下町後去王城拜見國王，來到城門但守門的士兵不讓利德等人進去。沒辦法只好想其他的方法，最後基魯提議先去“王立天文臺”用天文望遠鏡找到世界將要蹦壞的證據。進入“王立天文臺”後眾人來到頂樓，但這裏的學士狂妄的不基魯使用天文望遠鏡觀測，基魯只好把他的論文交給那個學士，但那位狂妄的學士完全不把基魯的論文放在眼裏，壹把把論文仍掉並告訴大家如果再不走就要就衛兵了，沒辦法大家只好氣憤的離開……這時基魯突然想到“セイファ-ト教會”，希望教會裏的人能幫上忙。於是眾人決定前往城下町東側的“セイファ-ト教會”。
在教會見到大司教“迦魯瓦尼”並把兩個世界將要碰撞的事情告訴了他，沒想到他不但不信而且還叫衛兵捉拿基魯等人。看來又的逃跑了……（汗）剛出門口壹堆衛兵圍上來說要以散步恐怖言論的罪名逮捕他們，利德剛要準備戰鬥，這時基魯提告訴利德這也許是壹個拜見國王的好機會，雖然要面臨被判死刑的危險……^0^。接著士兵長押送利德進了水牢，國王透過鐵網質問水牢裏的基魯等人為何要散步恐怖言論，基魯請求國王只要測量壹下就能找到答案，但國王和王後不以為然，命令士兵長放水處決基魯等人……
在大家正要想辦法逃離時突然從水牢上方放下梯子，原來“王立天文臺”的“佐西默斯臺長”看了基魯的論文後認識到事態的嚴重性，所以立刻趕到王宮通知國王，正好趕上處決基魯等人……在佐西默斯臺長的邀請下基魯決定協助他壹起觀測兩塊大陸將要碰撞的時間，而利德等人也獲得了自由。之後士兵長帶利德等人在會客室休息，由於又是逃命又是死刑的折騰了壹整天，大家很快的進入了夢鄉，而基魯則興奮的使用著王立天文臺先進的天文望遠鏡觀測的壹夜……。第二天早上公主殿下和士兵長壹起通知利德等人去拜見國王，據說國王有重要的事情宣布。在離開會客室前調查床邊的櫃子可以找到1枚“レンズ”。
大家來到王宮後國王讓佐西默斯臺長給大家講解了關於兩個世界將要碰撞的問題。國王告訴大家這壹定是塞利司迪亞人的陰謀，他們這些野蠻人想摧毀我們的大陸，我們要戰鬥！我們要派遣最精銳的士兵通過“光之橋”去阻止他們的野心！說完後國王宣布散會。會後法拉向佐西默斯臺長詢問光之橋的情報，臺長告訴大家光之橋是30年前壹位晶靈術士偶然發現的壹座可能能通向塞利司迪亞大陸的建築，但目前為止還沒有發現啟動該裝置的方法……離開王城前士兵長交給利德壹張港口的通行證（重要道具），有了它就可以進入“王都インフェリア”北方的港口。另外在“王立天文臺”的觀測室裏還可以找到1枚“レンズ”（再有就是在城下町的宿屋3樓目前無法進入，只有以後再來）。
離開“王都インフェリア”後壹直向北走來到港口，出示通行證後可以座船返回“學問之町ミンズ”或“商業之町バロ-ル”。在港口的小屋裏可以找到壹位不可思議的料理人並學會新料理，另外在右側通往“商業之町バロ-ル”泊位的木桶處調查可以找到1枚“レンズ”。之後眾人決定前往“商業之町バロ-ル”打聽大晶靈的下落，上船時基魯突然表示自己要留在這裏協助佐西默斯臺長壹起研究光之橋，他還說能在王立天文臺研究課題是他壹生的夢想。之後利德壹行人坐上了開往“商業之町バロ-ル”的船……
下船後在港口仔細調查可以找到1枚“レンズ”和壹位不可思議的料理人並學會新料理。之後西行來到“商業之町バロ-ル”在酒場2樓的平臺上可以找到壹位不可思議的料理人並學會新料理，另外在町裏還可以和壹位女孩玩迷揀石子的迷妳遊戲。在町裏法拉看到壹個大漢正在欺負壹個小孩於是跑過去修理了他壹頓，沒想到那個小孩是個小偷，這下那個野丫頭又惹麻煩了^^；這時壹位叫雷依斯的人出現幫大家解了圍。在飯桌上雷依斯提到“風晶靈の空洞”裏的壇子，這時法拉要求雷依斯帶路，不過雷依斯要求向利德索要5萬元領路費，在這裏要選第二項：否，之後雷依斯讓利德準備好後去宿屋找他。可以先在這裏好好逛逛，其中在寶石店裏調查可以找到1枚“レンズ”，在宿屋裏調查可以找到壹位不可思議的料理人並學會新料理，另外如果捉到那個小偷的話可以得到非常珍貴的變換道具。再次見到雷依斯後法拉和利德驚奇的發現當美魯荻與雷依斯接觸後也能發出紅色的光芒，這究竟是怎麽壹回事……？
出町後壹直向西南走來到“風晶靈の空洞”，這個迷宮其實並不復雜，只要利用風就可以到達洞窟的最深部，另外在壹處會陷落的夾道右上方探索可以找到1枚“レンズ”（目前為止***計18枚）。在洞窟的最深部擊敗風只晶靈後得到其力量，這樣就可以在菜單裏調和晶靈魔法了。出“風晶靈の空洞”時雷依斯說在這裏還有些事沒辦完之後便離開隊伍，不過之後趕來加入隊伍的基魯可以部他的空缺，對於神秘的雷依斯，基魯感到有些不安，難道他是……。由於得到了新晶靈的力量，在地圖畫面按方塊鍵後會多出壹個“エアリアルボ-ド”的選項，利用它可以在低空漂浮從而越過壹些障礙，這樣就可以去壹些之前無法到達的地方冒險。
在風精靈洞窟西側的海岸尖角處會進入隱藏地點，在這裏可以找到1枚“レンズ”。記的之前聽說誰過世界東大陸是壹片炎熱的沙漠地帶，於是利德等人決定前往東大陸尋找火之晶靈的下落。到達東大陸的“熱沙の町シャンバ-ル”後，在這裏可以更新壹下裝備。在宿屋裏可以找到壹位不可思議的料理人並學會新的料理，在村裏的噴水池裏可以找到1枚“レンズ”（目前為止20枚）。在村裏還有壹個女孩根據妳之前收集“レンズ”的數量而給妳獎品。另外在町裏還可以玩壹個迷妳遊戲，要想獲得勝利的話，壹定要調查右下方的寶箱，在寶箱裏可以得到壹雙快速靴，這樣戰鬥中的速度會提高很多。再有就是在料理鬥技場裏可以找到壹位不可思議的料理人並學會新的料理，在鬥技場2樓的椅子上還可以找到1枚“レンズ”。
前往“熱沙の町シャンバ-ル”東南方的“火晶靈の谷”，由於這裏充滿了炎熱的巖漿眾人無法通過，這時基魯召喚出水之晶靈，利用晶靈的結界就可以在這裏自由行動了，不要要註意結界的HP，所以要快速行動不要逗留太