在歷史上，我國現存最早的本草著作《神農本草經》，是按藥物毒性和用藥目的的不同分為上、中、下三品；《本草經集註》按藥物自然屬性分為玉石、草、木、果菜、米食、有名未用等 6 類，每類又分為上、中、下三品；《本草綱目》將藥物分為水、火、土、石草、谷、菜、果、木、器、蟲、鱗、介、禽、獸、人等 16 部，又把各部的藥物按其生態及性質分為 60 類，如把草部分為山草、芳草、濕草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、雜草等，並把親緣關系相近的植物排列在壹起。
在現代，《中華人民***和國藥典》、《中藥大辭典》、《中藥誌》、《中藥辭海》等著作均按中文名的筆劃順序，以字典形式編排。這是壹種最簡單的編排法，便於查閱。但各生藥間缺少相互聯系，壹般教材中不采用此法。 以上各種分類方法在實際應用中可根據不同的目的和要求選擇。