對中醫歧視、摧殘最殘酷的莫過於國民黨政府。
1929年2月，國民政府召開第壹屆中央衛生委員會議，通過了西醫余雲岫等提出的“廢止舊醫(中醫)以掃除醫藥衛生之障礙案”，另擬“請明令廢止舊醫學校案”呈教育部，並規定了6項消滅中醫的具體辦法：
1、施行舊醫登記，給予執照方能營業，登記限期為壹年。
2、限五年為期訓練舊醫，訓練終結後，給以證書。無此項證書者停止營業。
3、自1929年為止，舊醫滿50歲以上、在國內營業20年以上者，得免受補充教育，給特種營業執照，但不準診治法定傳染病及發給死亡診斷書等。此項特種營業執照有效期為15年，期滿即不能使用。
4、禁止登報介紹舊醫。
5、檢查新聞雜誌，禁止非科學醫學宣傳。
6、禁止成立舊醫學校。
這就是歷史上臭名昭著的 “廢止中醫案”。曾留學日本學習西醫的余雲岫，是廢止中醫派的代表人物。他壹向攻擊貶低中醫學，把中醫等同於巫術，甚至直指“中醫是殺人的禍首”，必欲廢止清除而後快。他對中醫的處置辦法是“廢醫存藥”，中醫廢止，而中藥作為醫學研究資料尚可以加以利用。余雲岫提出“廢止中醫案”的四點理由是：(1)中醫理論皆屬荒唐怪誕；(2)中醫脈法出於緯候之學，自欺欺人；(3)中醫無能預防疫癧；(4)中醫病原學說阻遏科學化。他多次解釋該提案是打算在五十年內逐漸消滅中醫，壹者任其老死，自然消亡；二者不準辦學，使後繼無人。因此，余雲岫被世人譏評為“東西醫奴隸”，成為千古罪人。
1929年2月26日，上海《新聞報》首先披露此事。消息傳出，全國為之震動，人們熱血沸騰，中醫界空前大團結、大覺醒，在全國掀起了壹場聲勢浩大的反廢止風潮。上海市中醫協會首先發起召開上海市醫藥團體聯席會議，邀集神州醫藥總會、中華醫藥聯合會、上海中國醫學院、醫界春秋社等40余個中醫藥團體的代表商討對策(Petition Report of National Medical and Pharmaceutical Organizations Chronicle of Medical Field,1929,34:48.全國醫藥團體請願報告,醫界春秋，1929，(34)：48)。會上討論決定，組織上海醫藥團體聯合會以便采取統壹行動，議決籌備召開全國醫藥團體代表大會，定會期為3月17日。1923年8月17日，全國醫藥團體代表大會假上海商會會場舉行開幕式。
為了表示對大會的支持和擁護，上海中醫、中藥界分別停業半天，藥店門前張貼許多醒目的標語，如“擁護中醫藥就是保持我國的國粹”、“取締中醫藥就是致病民的死命”、“反對衛生部取締中醫的決議案’等等。會場上懸掛著巨幅對聯“提倡中醫以防文化侵略”、“提倡中藥以防經濟侵略”。出席大會的有江蘇、浙江、安徽、江西、福建、廣東、廣西、湖南、湖北、四川、河南、河北、山東、山西等15省132個團體的代表***262人。經大會議決的重要提案包括：
（1） 請願問題，議決由執委會負責辦理。推選謝利恒、隨翰英、蔣文芳、陣存仁、張梅庵組成晉京請願團，分別向國民黨第三次全國代表大會、國民政府、行政院、立法院、衛生部、教育部等單位請願，要求撤銷廢止中醫提案。
（2） 建設問題，請求中醫藥學校加入學校系統，準予立案，並設立各省中醫藥學校。
（3） 確定3月17日為中醫藥界大團結經念日——國醫節。
上海名中醫張贊臣主辦的《醫界春秋》，出版號外“中醫藥界奮鬥號”，揭露余雲岫等人的陰謀。3月2日，余雲岫主編的《社會醫報》竟然公然刊出了還沒有宣布實行的“廢止中醫案”。這無異於火上澆油，雙方劍拔弩張，直面對峙起來。幾天內，數不清的各地中醫藥團體的質問函電飛向了南京政府。
1929年3月17日，全國17個省市、242個團體、281名代表雲集上海，召開全國醫藥團體代表大會。會場上懸掛著“提倡中醫以防文化侵略”、“提倡中藥以防經濟侵略”等巨幅標語，高呼口號“反對廢除中醫”、“中國醫藥萬歲”。大會成立了“全國醫藥團體總聯合會”，組成赴京請願團，要求政府立即取消議案。上海中醫藥界全力支持大會，罷工半天並提供全部交通工具。同時，全國總商會、中華國貨維持會、醫藥新聞報館，以及南洋華僑代表等電請保存國醫。社會公眾輿論也支持中醫界，提出了“取締中醫藥就是致病民於死命”、“反對衛生部取締中醫的決議案”等聲援口號。壹時間群情激憤，運動的浪潮頗似“五四”運動在中醫問題上的重演，可見廢中醫是何等地違背民心。為了紀念這次抗爭的勝利，並希望中醫中藥能在中國乃至全世界弘揚光大，造福人類，醫學界人士將3月17日定為“中國國醫節”。
國民政府沒料到會造成如此軒然大波，當時正值召開國民黨第三次代表大會，葉楚傖、李石曾、薛篤弼等要人親自接見了請願代表並表示慰問。這迫使衛生部不得不公開表示對中醫並無歧視，並面允代表：該提案雖獲通過，但暫不執行；改稱中醫為國醫；同意成立“中醫學社”。
雖然這次鬥爭取得了壹定勝利，但政府的反中醫政策絲毫沒有改變，廢止中醫壹直在以變相的手法進行著。不久，教育、衛生兩部通令中醫禁止參用西藥及器械；中醫學校降格為中醫傳習所或中醫學社，不準用學校的名稱，以限制中醫人才的培養；中醫醫院改為醫室等。目的仍是企圖逐漸消滅中醫，全國醫藥團體總聯合會尤為南京政府所忌恨。該會人力、物力、財力雄厚，動輒通電全國，號召力很強，是中醫界與南京政府鬥爭的強有力的組織。1931年1月，國民黨中央執行委員會以該會不符合法律強令解散。這再次激起中醫藥界的憤怒。2月1日，中醫界在上海召開臨時代表大會，有17個省市及南洋、菲律賓等223個團體的457位代表參加。這時的中醫界已清醒認識到行政地位的重要性，於是明確提出中西醫平等待遇，中醫參加衛生行政，中醫藥改稱國醫國藥，編纂中醫藥字典及教科書等，並再次派代表進京請願。這次請願的規模和聲勢較前壹次更大，驚動了蔣介石。他先是煞有介事地答應代表，讓文官處撤銷兩部公告。然而這不過是緩兵之計，代表們壹撤，身兼教育部長的蔣介石馬上以教育部的名義推翻了自己的諾言。
1930年3月，由焦易堂等人提議，仿照國術館之例，在南京設立了中央國醫館，並在各省及海外設立分館、支館。它負責制訂學術標準大綱，統壹病名，編審教材，設有學術整理委員會和編審委員會。人們正奇怪呢，難道國民政府忽然熱心起中醫來了？其實是為了緩和中醫界的憤怒情緒。國醫館的經濟來源，名義上是國民政府每月支給五千元，但從第二個月起就減半發給，使得國醫館遲遲辦不起刊物、開不起訓練班，要靠分館和各地中醫界的接濟來維持。這是壹個半官、半民、半學術的特殊組織，是在特別情況下建立的畸形機構。它的建立曾使中醫界歡欣鼓舞，但因受政府操縱，國醫館名為學術機構，實為政府的禦用工具。所以國醫館成立後作為不多，形同虛設，曾受到中醫界的尖銳批評。