各省按照有關要求完成實地核查成果匯總後，向全國項目辦申請進行部級驗收。全國項目辦聘請有關管理、測繪、地質礦產和礦井地質測量專家組成驗收委員會，對提交的成果進行驗收。部級驗收分數據檢查驗收和成果審查兩步進行（圖12-1）。若數據檢查驗收沒有通過，則由申請驗收的省級國土資源主管部門組織人員在規定的時間內進行數據修改，待修改後符合要求再次申請驗收；若驗收合格，則由驗收組專家形成數據驗收意見提交全國項目辦，組織部級成果驗收。
圖12-1 部級檢查驗收工作流程
1.各省需要提交的資料
（1）省（區、市）礦業權實地核查總體實施方案和制定的相關技術要求（紙質版1份）。
（2）省（區、市）礦業權實地核查組織實施制定印發的相關文件（紙質版1份）。
（3）省（區、市）礦業權實地核查質量控制、監督檢查、巡查等方面的原始記錄（紙質版1份）。
（4）省（區、市）礦業權實地核查成果驗收方面的文件通知、驗收意見和相關原始記錄（紙質版1份）。
（5）省（區、市）礦業權實地核查工作報告（紙質版5份、電子版1份）。
（6）省（區、市）探礦權、采礦權實地核查數據庫（電子版1份）。
（7）省（區、市）礦業權分布圖（紙質版1份，電子版1份）。
（8）省（區、市）礦業權分布與礦產資源分布綜合圖（紙質版1份，電子版1份）。
（9）全省（區、市）單個礦業權實地核查成果（電子版1份）。
2.數據檢查驗收
數據檢查驗收是對各省（區、市）提交的礦業權成果數據進行檢查。驗收組分為紙質圖面檢查組、機檢組和人機交互檢查組3個小組分別對提交的數據進行全面檢查。
紙質圖面檢查組負責省級成果、單礦業權的紙質圖面、對照表、點之記、圖件說明、基本情況說明、成果報告等紙介質成果的檢查。檢查內容主要包括圖面的合理性與正確性、空間實體壓蓋關系是否合理、資料的對比、經驗判斷等。
機檢組負責使用專用程序對屬性數據、空間數據進行100%的自動檢查，檢查內容主要包括成果目錄結構和數據文件、實體完整性、屬性壹致性、屬性和空間數據結構、必填項、數據字典、空間數據加載及正常顯示等。
人機交互組主要負責紙質版數據、電子數據的對比檢查工作，檢查內容包括空間實體壹致性、套合程度、接邊壹致性、圖層疊加、數據的真實性、準確性、相鄰圖件實體類型是否壹致、不同圖層***用界線唯壹性、數據之間的關聯性等內容。
紙質圖面檢查組和人機交互檢查組根據全省礦業權數量按比例抽取單礦業權樣本：礦業權數量少於400個抽查10%,400～1500個抽查7%,1500～3000個抽查5%,3000個以上抽查3%。
在數據檢查驗收過程中，3個專業小組應形成數據檢查驗收記錄，包括圖面檢查記錄表、計算機檢查記錄表、人機交互檢查記錄表（附錄AA）。根據數據檢查驗收情況，最後形成礦業權實地核查數據檢查驗收意見。各省（自治區、直轄市）應按照檢查驗收意見進行修改。只有通過數據驗收的省份，才能進行最終的部級成果驗收。
3.成果審查
驗收委員會聽取省（自治區、直轄市）礦業權實地核查工作與成果匯報、查閱部分原始管理資料和記錄、查閱部分成果資料，聽取數據驗收組的情況報告和意見，經質疑討論形成驗收意見。驗收的重點是各省的組織實施程序、技術要求、測區成果驗收是否符合相關規定，質量保證措施是否得當並切實執行，匯總的成果是否合理完善等；數據成果內容是否全面、格式是否規範。
4.成果提交
通過部級驗收的省（自治區、直轄市）按照數據檢查驗收和成果審查的要求，對成果進行修改完善和成果數據規範整理，並向全國項目辦提交最終成果。全國項目辦復檢合格後接收成果，同時下發批復的驗收意見。各省（自治區、直轄市）得到批復後向國土資源部報告實地核查工作完成情況，全省礦業權實地核查工作至此全部完成。