陳瑸初入仕途是任“素稱難治”的福建古田縣令。古田之難治，主要原因是蠹書蠹役太多，他們“盤踞衙門，最為民害”。
陳瑸所說的蠹書蠹役就是吏胥——壹個特殊利益群體。所謂“吏”，即負責抄寫的文秘，“胥”即捕快等跑腿辦事的人員。過去有句俗話說“鐵打的衙門流水的官”，官員都是三年壹任（清代平均不足兩年），吏胥卻是歷久而不換，甚至兄終弟及，父死子替。吏胥的職責是代替官員催征賦稅、攤糧派款。這種事老實巴腳的“好人幹不了”，只有社會上奸猾狡黠之徒才能勝任。他們聚集起來，“鐵煉成群”，有權有勢，又沒有人能監督。就日夜謀劃如何從百姓身上榨取更多的錢財。清朝初年，古田料理六房公務正式書辦只有14名，朝廷按冊發餉。後來這個群體自我膨脹，增至28名、56名。陳瑸上任時，古田吏胥竟然有158名之多。這種情況在全國極為普遍。王學泰在《吏胥之害》壹文中說：“到了明清兩代，吏胥成了衙門的主體，人數日增。”陳瑸在給上司的調查報告中寫道：“差役下鄉，分路搜索如捕大獄，寧不騷擾！況由鄉至縣、由縣至省，兒啼婦哭，保無因饑寒困窘而顛踣於道路者乎？此其大害在民財、兼在民命。”“壹正差俱帶白役數人為爪牙，並轎夫隨丁至十數人不等，通***有數百輩。分鄉分路，四處騷擾，所過雞豚壹空”。（《古田縣條陳八事》）
壹個外來的官面對這些長久盤踞衙門的吏，會有三種選擇：其壹，與之同汙合流；其二，睜只眼閉只眼明哲保身；第三，站在他們的對立面。清人方俊頤說：“且有不肖守令，恃鷹犬為爪牙，倚虎狼為心旅（月），以遂其雉蠶食鯨吞之計，而濟其婪臟黷貨之貪”。這種情況為陳瑸所不齒。采取不聞不問的態度，也不符合陳瑸的誌向和操守。如果親眼看著百姓財命不保，兒啼婦哭，他所奉行的“儒家之學”就是假仁義，追求的“浮屠之行”就是假慈悲。他的所謂清廉自守、清貧節儉、束己利他的操守也就毫無價值。所以，陳瑸斷然采取了第三種態度。
然而，裁汰冗員，改革人事制度，清除古田頭號積弊，畢竟是天下第壹等難事。他是如何順利解決的？
值得佩服的是，陳瑸不光對百姓苦處“知之最真，言之倍痛”，而且有救民於水火的智慧和勇氣。據歷史記載，他舉行了壹場公開召聘吏胥的考試。“考驗通曉文移及寫字端楷者，留存七八十名，開造姓名年貌，都圖住址，詳請批奪存案，永絕後弊。余則盡數汰裁，令其歸農當差”（陳瑸《古田縣條陳八事》）。這種辦法使水平差的差役和“白役”無理由反對，壹個危害甚烈的暴力集團被和平解散，進入“正冊”的吏胥則被置於嚴格的管束之中，多年的弊政得以消除，為其他的革新鋪平了道路。
陳瑸能夠改革成功，完成這壹重大變革，很大程度上靠官員自身素質。陳瑸的成功有以下幾種品質保證：壹是誌向。陳瑸自幼誌向遠大，“矢誌不在溫飽”，而要“誌於道”、“誌於仁”，“學儒者之學，行浮屠之行”。“儒者之學”的核心是仁愛，“浮屠之行”的根本是仁慈。誌向的本質是“博施濟眾”。誌向大，是要“濟”更多的眾人，誌向遠，是長遠地“濟”眾。人們常說誌向遠大，是從空間和時間是說明為眾人服務的廣泛性和持續性。誌向能夠產生的勇氣，為克服困難提供動力。二是操守：俗話說打鐵須得自身硬。陳瑸“不納壹文、不通壹賄，絕意逢迎、堅持直道”。“以天下為己任，溫飽無求；其廉介本天成，影衾不愧”。就使自己產生了強大的道德力量。三是無私忘我的精神，陳瑸改革，沒有絲毫自身利益的考慮，相反，是“瘦在己而肥在民”，這樣無私便會無畏，有誌便會有為。他解開古縣的第壹個死結，壹系列的的難題隨即迎刃而解，清積欠、清丁田、均差徭、建義學，盤活了古田政局。建立起人民安居樂業的良性發展的秩序。這樣就消除戾氣，布撒祥和之氣。從康熙三十九年三月到康熙四十年九月，陳瑸用壹年半時間，把積弊叢生的古田治理的井井有條。史書記載：“邑中五彩雲現”。
陳瑸的廉政、勤政與善政贏得了百姓的愛戴。陳瑸調任臺灣時，古田人民戀戀不舍。聽說對陳瑸進行離職查驗，清理糧庫時因倉鼠糟蹋毀壞，倉榖儲備斤兩有所虧欠，古田百姓爭攜升鬥，把糧食補足。這件小事不能平伏古田百姓的感恩之心，就準備給陳瑸立生祠，陳瑸聽說後堅決反對，陳瑸走後，生祠還是建了，並且每年殺豬屠羊禱祀，成為傳統。在以後歲月裏，只要有古田人來雷州做生意，必先祭拜陳清端公祠。據陳瑸後人陳華德先生介紹，二百七十年後的二十世紀七十年代末，古田後人又組織“福建懇親團”來雷州，欲觀瑸公祠，拜瑸公墓，代先人謝恩，而此時，清端公祠已傾圮欲倒，陳瑸公墓已被挖掘破壞，古田人大哭而去。 清康熙年間，風調雨順，國泰民安，百姓安居樂業，舉國壹派盛世繁榮的景象。
惟有臺灣府頻傳奏章，稟告皇帝，稱連年海妖登陸作祟，成群結隊爬到農田裏毀壞作物。因而農業普遍失收，賊匪四起，社會動蕩，民生危殆。當地官建牢房，人滿為患，繼續增建監倉都不能解決問題。以至朝廷連換幾任知縣都未能見效。康熙四十二年（1703年）秋，眾文武大臣向康熙皇帝推薦廣東雷州海康籍進士陳瑸（時任福建古田知縣）到臺灣繼任知縣，治理海島，安撫民生。康熙皇即傳旨陳瑸進京授職。其時陳瑸正回鄉省親，適逢母親重病垂危，接到聖旨甚是為難：因為他不但是壹個忠臣，更是壹個孝子。自知抗旨要殺頭，無奈只有孝心為上，冒死服侍老母親半月後，見病情緩解才備行裝辭母返京。
其時正值膏蟹大量上市季節。為了討得皇上歡心，陳瑸織了壹個竹簍，裝滿壹大簍活鮮並塗滿海泥的膏蟹，打點行裝素裹匆匆赴京授命。 次日早朝，康熙皇帝下旨：“陳瑸，抗旨本應殺頭，朕現念妳壹片忠心獻君，壹片孝心為母。公事為上，先留妳察看，給妳壹個戴罪立功機會，立即赴臺灣任職，降除海妖、平蕩賊寇、穩定治安、恢復生產。”然後又對他說：“限妳五年之內完成，自有重賞，否則兩罪俱罰，就怪不得聯手下無情。”陳瑸謝過皇恩後，深感此行兇多吉少、前途未蔔。到了臺灣島，陳瑸帶著隨從馬上前去當地民宅，找土著引導察看“海妖”情況，沿海邊尋去，但見黑壓壓壹片，橫七豎八地爬行著數也數不清的甲殼動物，似千軍萬馬般襲來，真是見著不寒而栗，但又似曾相識，待片刻定睛壹看，“什麽海妖”，陳瑸高興得像頑童壹樣提起壹只鱟?，大笑起來，自言自語地說起雷州話：“壹狗、二鱟、三海豆芽、四番豆。”真是樂不可支。他回首仰望北方，心緒萬千：難怪皇上器重自己，免了欺君之罪，本臣堅信不用很久時間，定能將臺灣府治理好。其實陳瑸胸有成竹。
鱟在陳瑸的廣東雷州半島家鄉可是海產佳肴，為什麽卻被誤為“海妖”呢？原來當地土著本以為好吃之物，但對其腸肚屎尿不會處理，結果食之中毒，導致土著畏栗禁忌吃鱟，視為“海妖”。陳瑸高興之余，便身先士卒地示範宰殺鱟技術，然後將鱟肉分塊下鍋煮熟，再用生姜、蒜米及糖醋打芡汁，讓土著百姓醮著食。他們吃後，個個呱呱大叫好味道，這壹招果然湊效。從此之後，沿海土著掀起抓鱟熱潮，這些“海妖”成了他們的美味佳肴……陳瑸摸著腦後勺，呵呵地笑起來，然後自言自語壹番：“寶島臺灣雖然土地肥沃，適宜各種農作物生長，但當地土著落後，不懂耕作。待日後從雷州半島引來蕃薯及牛只幫助他們耕作，定能發展生產，安定社會，欣欣向榮。”
後來，據說陳瑸果然從雷州半島引入牛只及蕃薯，並教當地土著開墾耕耘，養禽圈畜。幾經艱辛努力，終於開拓出新局面。陳瑸在任臺灣縣知縣期間，勵精圖治、社會生機勃勃。時間壹晃五年過去，“海妖”已除，匪患滅跡，生產豐收，社會安穩。康熙皇帝自然龍顏大悅，嘉獎陳瑸的治理臺灣功勛，至於陳瑸以往的“欺君之罪”早已被他拋到九重雲霄之外。