古今字的來源可以分為(1)同音假借(2)同源分化。
同源分化就是妳說的第二種情況。例如:責——債;辟——避、僻、譬等。
至於妳的第三個問題《古漢語常用字字典(第4版)》P311,禽,捕捉,後來這個意義寫作“擒”。