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盛鑫軟件BUSCO安裝

現在我們有了文昌魚集合基因組。我希望看到它的質量,就是發現組裝的基因組是否包含很多完整的基因,N50序列是否符合標準。

我看網上教程都是自己配置設置環境變量,但是康達安裝不香嗎?BUSCO官網也給出了conda的安裝方法:(最好用python=3.8重新創建壹個conda環境)。

康達install-y-c bioconda busco = 4.1.2 Augustus = 3 . 3 . 3?

安裝後,進入busco。

Emm,《biopython》有問題。然後我搜索了上面提到的網站,發現康達的安裝有問題。

這時候只要把biopython從1.78降到1.77就可以了。

命令:康達install -y -c康達-forge?Biopython=1.77可以在cover安裝中使用,神奇的是安裝後還可以使用,輸入busco -h也不會報錯。

註:本來想用cegma軟件,但是好像6年前就不運行了...(我在嗶哩嗶哩上看的教學視頻太老了)

如果遇到同樣的問題,應該是有幫助的,不過這個bug應該過壹段時間就能修復了。

2020 09 15補充:

這樣即使安裝了也無法使用,還會報錯。博主嘗試安裝了busco 4.0.2版本和augustus 3.3.3版本,發現可以使用。(還需要biopython = 1.77)

註意,這個軟件只看測序的質量。雖然叫augustus,但是它生成的文件很亂。如果要做從頭基因標註,請再次使用奧古斯塔斯!