我國生藥品種繁多，總數約有7000余種，其中常用生藥約500余種。為了便於學習，研究和應用，必須將它們按壹定的規律，分門別類，加以敘述。不同的書籍，為了不同的目的，可以采用不同的分類方法。常見的分類方法如下：
按藥用部位分類法
首先將生藥分為植物藥、動物藥和礦物藥，植物藥再依不同的藥用部位分為根類、根莖類、皮類、莖木類、葉類、花類、果實類、種子類和全草類等。這種分類法便於學習和研究生藥的外形和內部構造，掌握各類生藥的外形和顯微特征及其鑒定方法，也便於比較同類不同生藥間在外形和顯微特征上的異同，也有利於學習和提高傳統的藥材性狀鑒別經驗。本教材采用此分類法。
按化學成分分類法
根據生藥中所含的有效成分或主成分的類別來分類，如含苷類生藥，含生物堿類生藥，含揮發油生藥等。這種分類方法便於學習和研究生藥的有效成分和理化分析，也有利於研究有效成分與療效的關系，以及含同類成分的生藥與科屬之間的關系。
按自然系統分類法
根據生藥的原植（動）物的在分類學上的位置和親緣關系，按門、綱、目、科、屬和種分類排列。這種分類法便於學習和研究同科同屬生藥在形態、性狀、組織構造、化學成分與功效等方面的***同點，並比較其特異性，以揭示其規律性，有利於尋找具有類似成分、功效的植（動）物，擴大生藥資源。
按藥理作用或中醫功效分類法
根據生藥的藥理作用或中醫功效來分類，如按現代藥理作用分為：作用於神經系統的生藥、作用於循環系統的生藥等，或按中醫療效分為解表藥、清熱藥、補益藥等等。這種分類法便於學習和研究生藥的作用與效用，有利於與臨床結合，也可以與所含活性成分相結合。
其它分類法
在歷史上，我國現存最早的本草著作《神農本草經》，就是按藥物毒性和用藥目的的不同分為上、中、下三品；《本草經集註》按藥物自然屬性分為玉石、草、木、果菜、米食、有名未用等6類，每類又各分為上、中、下三品；《本草綱目》將藥物分為水、火、土、石草、谷、菜、果、木、器、蟲、鱗、介、禽、獸、人等16部，又把各部的藥物按其生態及性質分為60類，如把草部分為山草、芳草、濕草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、雜草等、並把親緣關系相近的植物排列在壹起。
在現代，《中國藥典》、《中藥大辭典》、《中藥誌》等專著均按中文名的筆劃順序，以字典形式編排。這是壹種最簡單的編排法，便於查閱。但各生藥間缺少相互聯系，教材中不采用此法。
以上各種分類方法各有優點，也各有不足之處，必須根據不同的目的和要求，選擇壹個比較適宜的分類方法。