古代，中國的回族兄弟不學漢字，學習阿拉伯語，但他們用阿拉伯文的字母來拼寫口語（漢語），所以這是中國最早的拼音。
元朝，蒙古統治者用改變了的藏文的字母來拼寫漢語等語言，叫八思巴字。雖然不是專門拼寫漢語的，但是，也算漢語拼音的壹種吧。
明朝，西方傳教士用拉丁字母拼寫漢語，是中國最早的拉丁字拼音。
明末清初，出現了用簡單的古字表現漢語語音的拼音方式。民國年間，政府制定了“註音字母”，就是這個系統的集中表現。現在臺灣依然使用。但是，同時也出現了拉丁字的拼音運動，而且，跟左翼人士的政治運動結合很密切。
***和國成立後，立即由政府制定了“漢語拼音方案”，就是現在使用的這壹套方案。聯合國也承認的。
漢語拼音是中華人民***和國的漢字“拉丁化”方案，於1955年—1957年文字改革時被中國文字改革委員會漢語拼音方案委員會研究制定。
該拼音方案主要用於漢語普通話讀音的標註，作為漢字的壹種普通話音標。1958年2月11日的全國人民代表大會批準公布該方案。1982年，成為國際標準ISO 7098（中文羅馬字母拼寫法）。
目前大部分海外華人地區如新加坡在漢語教學中采用漢語拼音。
漢語拼音方案最早可以追溯到1906年朱文熊的《江蘇新字母》和1908年劉孟揚的《中國音標字書》，還有1926年的國語羅馬字和1931年的拉丁化中國字。所有這些漢字拉丁化方案都為漢語拼音的制定提供了基礎。
1949年，吳玉章給毛澤東寫信，提出為了有效的掃除文盲，需要迅速進行文字改革。毛澤東把信批復給郭沫若、茅盾等人研究，於1949年10月成立中國文字改革協會，其中壹項任務就是研究漢語拼音方案。
1954年，中國文字改革協會改為國務院直屬的中國文字改革委員會，其間收到各種漢語拼音方案1600多個。大致有這樣幾種形式：
漢字筆畫式
拉丁字母式
斯拉夫字母式
幾種字母的混合形式
速記式
圖案式
數字形式
而最後決定采用拉丁字母作為漢語拼音的符號系統，以便於國際間的交流和合作。
拼音的由來——漢字拼音的發明人金尼閣
金尼閣，字四表，原名尼古拉·特裏戈，1577年3月3日生於今法國的杜埃城，當時為比利時領土，故金尼閣自稱比利時人，而陳垣等人亦稱其為“比利時人”。 1594年11月9日入耶穌會。1607年往遠東傳教，1610年（萬歷三十八年，即利馬竇卒年）秋抵澳門，翌年春詣金陵。隨郭居靜、高壹誌二神父學習華語（另壹說從郭居靜及王豐肅）。郭居靜神父到杭州開教，他亦同行。後往北京報告南方的教務，深得龍華民的賞識。1613年去羅馬向教皇保羅五世“奏陳教務，並請準翻譯經典，司鐸用華言行聖祭，誦日課，教宗壹壹允準”，但因客觀情況未實行。但他是“第壹個向教廷請準以中文舉行彌撒，行其他聖事，以及誦念‘日課’的”。
金尼閣“集利馬竇筆記為蠟頂文中國開教史”即《基督教遠征中國史》，1615年1月14日出版（壹說1615年2月出版）。此書全部敘述是為歐洲人撰寫的。金尼閣刊行《基督教遠征中國史》，題獻教皇，道“書中初次精確地、忠實地描述了中國的朝廷、風俗、法律、制度以及新的教務問題”，是為歐洲人敘述中國比較完備無訛之第壹部書，亦可說是第壹部稱得起“漢學”的著作，當時頗具聲譽。是書原為利馬竇神甫的意大利文紀錄，經金尼閣譯為拉丁文，並增加了兩章，敘述馬竇之病故及殯葬的事。
利瑪竇(Matteo Ricci, 1552-1610)1583年來到中國，1605年在北京出版了《西字奇跡》，其中有《信而步海，疑而即沈》等4篇漢字文章加了拉丁字母的註音。羅常培根據文章的漢字與拉丁文對照的譯文，整理出壹個包括 26個聲母和44個韻母的漢語拼音方案。這是最早用拉丁字母給漢字註音的出版物，比“小經”用阿拉伯字母給漢字拼音稍晚，“小經”大概是最早用字母文字給漢字拼音的嘗試。《西字奇跡》原書已不容易找到，據說，梵蒂岡圖書館尚有藏本。
金尼閣回歐洲後，演講招募去中國傳教之人，眾人被其極富魅力的鼓動所吸引，爭先恐後，以致於當地教會不得不出面婉言勸阻。金尼閣在吸引和選擇人才方面，可謂功不可沒。同時為在中國的教會圖書館募集圖書，帶來教皇所賜之西書七千多部（《遠西奇器圖說》原作便是金尼閣帶來的七千部書中之壹）。
1619年，金尼閣再次抵達澳門。1621年春金尼閣“往南昌，旋又赴建昌韶州，視察教務。翌年赴杭州被難；壹六二三年，往河南開封開教，翌年往山西”，1625年赴陜西。1626年在王徵的協助下，完成《西儒耳目資》三卷。《西儒耳目資》的目的，據他自述，“在使中國人能在三天內通曉西方文字體系”。
《西儒耳目資》作於1625年， 1626年在杭州出版，自稱沿襲利瑪竇所創體制，即用利瑪竇二十五字母“互相結合，上加五個字調記號，來拼切壹切漢字的讀音。這是壹本用拉丁字母給漢字註音的字匯,也是壹部最早用音素字母給漢字註音的字匯。註音所用的方案是在利瑪竇方案的基礎上修改的，人稱“利、金方案”。
“利、金方案”的出現對當時中國的音韻學者有很大的啟發。這兩個方案是最早的漢語拼音方案，是以“官話讀書音”為標準寫的，適合於拼寫北京音。於是漢字讀音就顯得極其簡單，極其有條理，不但把向來被人認為繁雜的反切，開了壹條所謂‘不期反而反，不期切而切’的簡易途徑，並且立刻引起了中國好些音韻學家對於這種簡易的拼音文字向往的熱忱”。這種新穎的拼音方法給中國學者以很大的啟迪。明末音韻學家方以智說：“字之紛也，即緣通與借耳。若事屬壹字，字各壹義，如遠西因事乃合音。因音而成字，不重不***，不尤愈乎？”清朝學者楊選杞說：“辛卯戶糊口舊金吾期翁家，其猶子蕓章，壹日出《西儒耳目資》以示余，予閱未終卷，頓悟切字有壹定之理，因可為壹定之法”。但是，在兩三百年間，利瑪竇和金尼閣的方案只是在外國傳教士中使用，沒有在中國人當中廣為傳播。
方密之（以智）《通雅》成於1639年，書中再三稱引《西儒耳目資》，如說“西域音多，中原多不用也，當合悉曇等子與大西《耳目資》通之”，“字之紛也，即緣通與借耳。若事屬壹字，字各壹義，如遠西因事乃合音，因音而成字，不重不***，不尤愈乎？”甚至提出“因事乃合音，因音而成字”（此即漢字拼音化主張的萌芽）。傳教士的方法震動了中國音韻學家，直接啟示他們在西方拼音文字幫助下尋求對漢字記音系統更完善的描寫。稍後劉獻庭（繼莊）的《新韻譜》即在這種刺激下撰成，錢玄同說劉氏已清楚認識到“必須用了音標，方能分析音素，方能表註任何地方之音”，羅常培《劉繼莊的音韻學》壹文則認為該書重點就是“著眼於統壹國語與調查方言”。錢玄同甚至認為，《新韻譜》成書之年（1692）實可作為“國語運動”的紀元。
1627年，再度被召回杭州，從此就在杭州專心傳教和著述。“華人曾言言詞理文筆之優，歐羅巴諸司鐸中殆無能及者。其遠非常人所能及之記憶力，其好學不倦，雖疾病而不輟，其時常從事之譯業，或譯拉丁文為漢文，或譯漢文為拉丁文，使之諳練語言文字，故言談寫作均佳，無論文言或俚語也”。他大部分的著作為拉丁文，寫成中文的即在陜西的《西儒耳目資》壹書。