鹹豐帝去世後，奕成為實力派人物。1861年，他協助慈禧太後，發動動了辛酉政變，處治了鹹豐帝臨終前立的八個顧命大臣，載垣、端華、肅順、景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛。其中，怡親王載垣和鄭親王端華被勒令自盡，大學士肅順被斬首示眾，軍機處裏原來的顧命大臣穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛全部免職，換成文祥等人，全面控制了中樞機關。由於奕欣在辛酉政變中的出色表現，他被授予議政王大臣，在軍機處擔任領班大臣。鹹豐帝授權恭親王辦理與各國換約事宜的上諭同治元年開始，他又身兼宗人府宗令和總管內務府大臣，從而控制皇族事務和宮廷事務大權。他以總理各國事務衙門王大臣的職務主管王朝外交事務，自此總攬清朝內政外交，權勢赫赫。
奕是洋務派領袖。但他為清流派所鄙視，被呼為“鬼子六”。
慈禧太後利用了奕，也給予了奕巨大權力。但隨著奕地位高升和聲名鵲起，恭親王奕又引起了慈禧太後的不安。於是慈禧太後利用壹切機會對他進行打擊，使奕壹直浮浮沈沈。同治四年（1865）三月初五，編修蔡壽祺彈劾奕，說他攬權納賄，徇私驕盈，太後命令查辦，七日就以其目無君上，免去議政王和其他壹切職務。朝中大臣求情，慈禧太後才允許他在內廷行走，並管理總理各國事務衙門，但免去了議政王職務。這是奕遭受的第壹次打擊。 留給後人揣測。