遺傳密碼是由核苷酸組成的三聯體。翻譯時從起始密碼子開始，沿著mRNA的5′——3′方向，不重疊地連續閱讀氨基酸密碼子，壹直進行到終止密碼子才停止，結果從N端到C端生成壹條具有特定順序的肽鏈。
“遺傳密碼”壹詞，現在被用來代表兩種完全不同的含義，外行常用它來表示生物體內的全部遺傳信息。分子生物學家指的是表示四個字母的核酸語言和20個字母的蛋白質語言之間關系的小字典。要了解核苷酸順序是如何決定氨基酸順序的，首先要知道編碼的比例關系，即要弄清楚核苷酸數目與氨基酸數目的對應比例關系。
從數學觀點考慮，核酸通常有四種核苷酸，而組成蛋白質的氨基酸有20種，因此，壹種核苷酸作為壹種氨基酸的密碼是不可能的。如果兩種核苷酸為壹組，代表壹種氨基酸，那麽它們所能代表的氨基酸也只能有42=16種（不足20種）。如果三個核苷酸對應壹個氨基酸，那麽可能的密碼子有43=64種，這是能夠將20種氨基酸全部包括進去的最低比例。因此密碼子是三聯體（triplet），而不是二聯體，（duplet），更不是單壹體（singlet）。
國際公認的遺傳密碼，它是在1954年首先由蓋莫夫提出具體設想，即四種不同的堿基怎樣排列組合進行編碼，才能表達出20種不同的氨基酸。1961年，由尼倫伯格等用大腸桿菌無細胞體系實驗，發現苯丙氨酸的密碼就是RNA上的尿嘧啶UUU密碼子，到1966年，64種遺傳密碼全部破譯。
在64個密碼子中，壹***有三個終止密碼子，它們是UAA、UAG和UGA，不與tRNA結合，但能被釋放因子識別。終止密碼子也叫標點密碼子或叫無意義密碼子。有兩個氨基酸密碼子AUG和GUG同時兼作起密碼子，它們作為體內蛋白質生物合成的起始信號，其中AUG使用最普遍。
密碼的最終破譯是由實驗室而不是由理論得出的，遺傳密碼體現了分子生物學的核心，猶如元素周期表是化學的核心壹樣，但二者又有很大的差別。元素周期表很可能在宇宙中的任何地方都是正確的，特別是在溫度和壓力與地球都相似的條件下。但是如果在其他星球也有生命的存在，而那種生命也利用核酸和蛋白質，它們的密碼很可能有巨的差異。在地球上，遺傳密碼只在某些生物中有微小的變異。克裏克認為，遺傳密碼如同生命本身壹樣，並不是事物永恒的性質，至少在壹定程度上，它是偶然的產物。當密碼最初開始進化的，它很可能對生命的起源起重要作用。