《南京條約》損害了中國的以下主權：
壹、我們先來看第壹條，“清政府割讓香港島給英國”。割讓香港島，在當時的清政府看來，似乎和中國歷史上比如宋朝與金割地求和壹般，只是壹種賠償而已，但是清政府的愚昧無知讓他們不懂得國家主權為何物。割讓香港島就是將香港島的主權給了英國，這是直接影響國家主權的問題。中國自古以來，無論是漢族人統治還是少數民族統治，都是中華民族內部的，無關領土主權，但清政府割讓香港島給英國，直接是影響了中國領土主權的完整。
二、在《南京條約》第二條中，開放五大通商口岸，在現在觀點看來，簡單的通商口岸只是溝通與外國貿易的通道，無可厚非。中國從明朝時期就開始了海禁，清朝更是直接的閉關鎖國，中外貿易渠道十分狹窄，而開放通商口岸則打開了中外貿易的閘門。換句話說，開放通商口岸直接改變中國近幾百年來的閉關鎖國政策，中國貿易市場的大門開始對外國逐步打開了。開放通商口岸這壹條影響的是中國貿易的狀況。
三、《南京條約》第三條規定，鴉片戰爭中國作為戰敗的壹方要向英國賠款。戰爭賠款看似很正常的壹條，但這是中國戰敗，向英國賠款。中國歷史上的哪壹代不是以天朝上國自居，對待外國壹直是看待蠻夷之地的眼光。中國古代統治者眼光狹隘，自大的認為中國就是世界的中心，世界除中國之外都是蠻荒之地，而這次戰敗的戰爭賠款，嚴重打擊了清政府自以為是的自大心理。清政府終於看到了原來自己也會失敗，也會不如人。
四、最後壹條可以說是最重要的壹條，為什麽呢？關稅自古以來都是壹個主權國家自己定制的，壹個國家的關稅如果不能自己說了算，那麽這個國家就已經被別人控制了壹部分了。《南京條約》協定關稅的條款可以說是直接把海關的權利和利益直接讓給了英國，中國從此以後不再有獨立自主的制定關稅的權力。我們通常所說的中國自《南京條約》後開始淪為半殖民地半封建社會，其實也就源於此處。
《南京條約》的簽訂確乎改變了中國的社會性質，使中國開始受到西方列強的輕視和之後接踵而至的侮辱，然而卻並不完全是壹件壞事。至少從此以後，已經有人開始認識到自身的不足，認識到世界上還有其他強國，開始睜眼看世界了。