1860年，清政府與西方列強簽訂《天津條約》，正式準許外國傳教士去中國傳教。但事實上在此之前，天主教和基督教的傳教士，就已經在閩南和臺灣傳教。
教會羅馬字最初在廈門正式推行是在1850年，但它的濫觴可以追溯到1815年馬禮遜在馬六甲開辦的英華學院所擬定的漢語羅馬字方案，教會羅馬字的最初方案可能就是發源於英華學院的。後來外國傳教士來廈門傳教，就是使用這方案學習廈門腔閩南話。1844年－1848年，約翰·盧還在廈門編了壹本《羅馬化會話字典》（按即《廈門詞匯》），顯然也是為了幫助傳教士學習廈門腔閩南話。由此可見，這種教會羅馬字起初是為了外國人學習廈門話而設計的。
後來，傳教士們為了讓信徒們自己閱讀《聖經》，就把原來為外國傳士學習廈門話而設計的教會羅馬字用來翻譯《聖經》。第壹個用教會羅馬字翻譯《聖經》的是養雅各，他用羅馬字拼寫《聖經》的壹部分，即《創世記》中約瑟的歷史記載。而第壹個拿這種教會羅馬字對教徒進行教學的是約翰·凡·涅斯特·打馬字（John Van Nest Talmage，1819年－1892年），1850年他和養雅各、羅帝壹起在廈門的壹個教會學校教學羅馬字，使用的書就是養雅各翻譯的《聖經》。
在閩南教會羅馬字推行初期，羅帝編纂了壹部《英中廈門本地話指南》（按即《廈門話課本》），1855年在廣州出版。之後，杜嘉德（Carstairs Douglas，1830年－1877年）根據約翰·盧的《羅馬化會話字典》（《廈門詞匯》）編纂了壹部《廈門本地話或口語字典》（按即《廈門教會羅馬字典》，1873年）。打馬字先是於1852年編寫了壹本《唐話番字初學》，後來又參考杜嘉德的字典編纂了壹部《廈門音字典》（1894年）。這些對於閩南教會羅馬字的形成和發展起了很大的作用。1913年，甘為霖（William Campbell，1841年－1921年）用教會羅馬字編撰了《廈門音新字典》。
閩南教會羅馬字產生以後，在教會裏迅速傳播，影響很大。它從廈門傳播到閩南各地，從福建傳播到臺灣，從中國傳播到東南亞。從1850年到民國初年，盛極壹時，獲得預想不到的效果。這些教會人士之所以會推動教會羅馬字，是因為他們認為教會羅馬字有以下的壹些優點： 教會羅馬字比漢字容易讀，很快就可以學會； 教會羅馬字比漢字還容易寫； 不管是男女老少都可以學教會羅馬字； 可以幫助教會的發展； 各行各業的人士都可以受益而獲得相關知識； 教會羅馬字也可以幫助漢字的學習。 在以上所列的這些理由當中，除了第四點和宗教直接相關以外，其他的理由都是和教會羅馬字的工具性用途相關的。
1920年代以後，由於國語運動興起和註音字母的推行，教會不再宣傳教會羅馬字，但是教會羅馬字的影響在教會裏卻不斷擴大，許多教徒繼續學習和使用教會羅馬字，用教會羅馬字讀《聖經》，用教會羅馬字寫信。
根據1955年黃典誠先生的統計，當時閩南教會羅馬字的傳播地區和人數如下： 地區 人數 福建（閩南等地） 34000人 廣東（潮汕等地） 1000人 其他省市 8000人 臺灣 32000人 越南 2000人 緬甸 1500人 泰國 7000人 菲律賓 7000人 馬來西亞 10000人 印尼 10000人 其他國家和地區 3000人 合計 115500人 政府壓制和發展困境
在教會羅馬字傳入臺灣之前，臺灣第壹個用來拼寫當地語言的羅馬字系統並不是“教會羅馬字”，而是源於17世紀臺灣荷西殖民時期、描寫西拉雅語的“新港文”，其被使用的時間大概壹直到19世紀初期為止。之後才有閩南語教會羅馬字傳入。
1880年代，是教會羅馬字發展的高峰時期，其中壹個重要的原因，是因為清朝並不是壹個現代型的民族國家，所以民間的文字推廣運動並未遭受到國家的打壓。因此，在臺灣清治時期的末期，通曉教會羅馬字的人不但不局限於長老教會的信徒，甚至在相當程度上還流傳於壹般民眾之間，極盛時期擁有數十萬人的讀者人口（酒井亨 2003）。不僅如此，教會羅馬字也開創了臺灣新文學創作的基礎。在1920年代傳統漢字文人使用白話漢文書寫創作之前，已有不少用教會羅馬字，亦即羅馬字書寫的臺灣新文學作品（蔣為文2004）。
然而，等到臺灣成了日本的殖民地以後，殖民政府當局以片假名另造臺語拼音系統，並透過教育體系等權力機構流通該新造的系統，以便打擊、打壓教會羅馬字。1922年，臺灣近代抗日運動中最重要的臺灣文化協會成立後，在蔡培火熱烈建議下，於1924年將教會羅馬字的推廣訂為該協會的主要工作之壹，並決定出版教會羅馬字相關書籍。然而，蔡培火向日本臺灣總督府所申請設立的教會羅馬字研習班，不但未能得到許可，甚至遭警方以暴力鎮壓、禁止（酒井亨 2003）。最後，連以教會羅馬字書寫發行的《臺灣教會公報》（原《臺灣府城教會報》），也因妨礙日本殖民者的“國語（日語）運動”，在第二次世界大戰中被迫停刊（酒井亨 2003）。
二戰後，因為推行國語而打擊教會羅馬字的例子不勝枚舉：1957年，下令禁止在教會公報中使用教會羅馬字；1973年，在香港發行的Embree氏之《臺英辭典》（使用教會羅馬字）亦被禁止進口、沒收[2]；1975年，天主教瑪利諾會與基督教臺灣長老教會新譯的臺語聖經以及泰雅語聖經（均使用教會羅馬字）亦被查禁；1984年教育部函請內政部制止教會使用羅馬拼音傳教；其他雜誌壹刊登教會羅馬字馬上就被查禁等（酒井亨 2003；董芳苑 1996；張裕宏 nd）。
1990年代以後的發展
隨著臺灣解嚴以後政治上的自由化，曾經因為倍受打壓而沈寂了壹段時間的教會羅馬字，也在母語運動參與者的推動下慢慢重新恢復生機。1990年代，民進黨執政的壹些縣市，開始用教會羅馬字編小學的臺語文教科書，這是教會羅馬字第壹次正式進入公部門所設立的學校裏面。後來，國民黨又發布了以漢字書寫臺灣話的《臺灣閩南語推薦用字表》及其拼音方案《TLPA》。由於這個方案（《TLPA》）的初衷是“註音方案”而非“文字”，因此它簡化了些許教會羅馬字的拼法，使之更易於電腦輸入，如將聲調符號改為數字標調、上標的小 n 改成平寫的 nn 等。不過，這套方案卻被壹些人（如張學謙 2004）解讀為國民黨“分而治之、打壓臺語文”的策略。
母語運動的推行者以不同的臺語文書寫方式(包括教會羅馬字)，對臺語的書寫進行種種的實驗。比如說《臺文通訊》、《臺文罔報》、《臺灣字》、《TGB通訊》、《臺灣鄉土雜誌》等刊物。 以及〈5%臺譯計劃〉、臺灣羅馬字協會等團體，在1990年代以後的積極進行推展教會羅馬字（蔣為文 2001；陳鄭弘堯 nd）。
此外，開始有臺語文運動的推行者將教會羅馬字加以現代化、電腦化的工作。比如說開發和教會羅馬字相關的文書處理系統（見鄭良偉 1993；蘇芝萌 1995等）。並有了網絡線上字典、百科全書等。2004年6月底，ISO（國際標準組織）通過葉密豪等人聯名申請將教會羅馬字符號加入萬國碼（Unicode）之提案（張學謙 2004）。