除半知菌外，子囊菌有1950屬，約15,000種。菌物學家對子囊菌的分類意見尚未統壹，爭論的焦點是對子囊菌形態特征和發育過程在高階分類單元中的重要性。按照Ainsworth（1973）的分類系統，子囊菌亞門分為6個綱，分綱的主要依據是有性階段的特征，即是否形成子囊果及子實層、子囊果的類型和子囊的特征等。但是，《菌物字典》第七版（1983）將子囊菌直接分為37目，1995年的第八版中，分為46目，取消了綱壹級分類單元，2001年的第九版中子囊菌又恢復設綱，分為8個綱，56個目。這8個綱中只有外囊菌綱和子囊菌綱與植物病害關系密切。為了便於初學者掌握，本書仍按Ainsworth（1973）分類系統，將子囊菌分為6個綱。各綱及其主要特征如下：
半子囊菌綱（Hemiascomycetes）：無子囊果，子囊裸生。
不整囊菌綱（Plectomycetes）：子囊果是閉囊殼，子囊無規律地散生在閉囊殼內，子囊為原始壁，子囊孢子成熟後子囊壁消解。
核菌綱（Pyrenomycetes）：子囊果為子囊殼或閉囊殼，子囊是單層壁的，有規律地排列在子囊果內形成子實層。
腔菌綱（Loculoascomycetes）：子囊果是子囊座，子囊是雙層壁的。
盤菌綱（Discomycetes）：子囊果為子囊盤，子囊是單層壁的。
蟲囊菌綱（Laboulbeniomycetes）：子囊果是子囊殼，營養體簡單，大多無菌絲體，不產生無性孢子，均為節肢動物的寄生菌。