1939年11月1日，黨衛軍骷髏師正式成立。首任師長是納粹德國黨衛隊上將西奧多·艾克，艾克是壹個殘酷的納粹主義的狂熱份子，他手段強硬兇狠。在他的領導下，骷髏師犯下了許多難以原諒的戰爭罪行。
骷髏師，俗稱為“死人頭師”。其前身是二戰時期管理納粹集中營的黨衛隊，被稱為骷髏總隊。骷髏總隊以集中營屠殺暴行而惡名昭彰。“骷髏是不懼怕死亡的”這就是他們的作戰口號。其師徽骷髏圖案的含義是“我們在我們的黑色帽子上佩帶骷髏標誌，借以警告我們的敵人，並向我們的領袖表示，我們隨時準備用自己的生命去實現他的理想。”民間甚至說軍隊中夾雜著不少的抑郁癥患者，因為他們都像艾克壹樣，默默寡言，行為怪異。
骷髏師同德國黨衛軍的王牌裝甲師“帝國師”、“維京師”、“希特勒近衛師”齊名，主要在東線戰場作戰，參加的戰役主要有蘇德哈爾科夫戰役、庫爾斯克會戰、柏林戰役等，骷髏師在東線戰場可以說是“救火英雄”般的存在，他們常常被用來阻擋蘇軍的突破，並在德米揚斯克包圍戰中壹戰成名，成為蘇軍的“死神”。
1941年冬蘇聯獲得了莫斯科戰役的勝利，德國遭到重大戰略性失敗，標誌著希特勒閃電戰的徹底破產。1942年春蘇軍開始反攻，德軍陷入了蘇軍的德米揚斯克包圍圈，從1942年1月8日至5月20日這場包圍與反包圍的戰爭持續將近半年。最終黨衛軍憑借出色的戰略戰術、軍事素質、頑強的戰鬥力成功突圍，粉碎了蘇軍全殲德軍的意圖。西奧多·艾克和他領導的骷髏師在這場突圍戰中起到了中間支柱的作用，骷髏師也傷亡慘重。也是這場突圍戰讓黨衛軍骷髏師名聲大振，骷髏師戰鬥成員被授予“德米揚斯克戰役紀念臂章”並且榮獲“starkemote”的榮譽稱號。
1943年，在歐洲東部蘇聯戰場上，蘇德戰爭正處於白熱化趨勢。在壹次作戰中，骷髏師的十輛坦克被蘇聯的壹百余名坦克包圍，但是在骷髏師的字典裏是沒有投降這兩個字的，面對數倍於自己蘇聯軍隊，他們開足馬力向前沖鋒，沒有炮彈了就用機槍，沒有子彈就用軍刀，就是這樣的自殺式戰鬥，德國以10兩坦克全軍覆滅的代價換取了蘇聯坦克80余輛的重傷。他們到了戰場上，作戰勇猛，心狠手辣，甚至不惜用自殺式的手法進行進攻。骷髏師以自己頑強的作戰力成為蘇軍最恐懼的德軍部隊之壹，也成為德國軍隊的壹支王牌之師。但是就算骷髏師作戰再勇猛頑強，也不能改變德國戰敗的事實。隨著德國的潰敗投降，骷髏師於1945年5月9日向美軍投降，他們知道壹旦落入蘇聯人手裏，自己的下場會很慘，但是在蘇聯的強烈要求下，美國還是把蘇聯昔日最痛恨的敵人，骷髏師移交給了蘇聯，據統計在戰俘營中的骷髏師80%的士兵被秘密絞死。