漢字基因由於朱邦復不是專業的語文研究者，有人認為他提出的“漢字基因”理論只是“拆字”，不是“釋字”。其中有些內容符合漢字學的原理，但有更多不符合漢語的發展和規律。因此運用朱邦復的“漢字基因字典”必須十分謹慎，閱讀常帶批判角度，用以啟發思考不妨，但是不能作為教學和研究的基礎。
其中，“漢字基因字典”的壹大特色是把大多數的漢字視作表意字，即象形、指事或會意，特別是把很多簡單形聲字都看成會意。有人認為，這樣“把漢字看成與詞匯無關的直接表達概念的符號”，是完全錯誤的漢字觀念，是壹種附會和向壁虛構