先後在海內外出版各類著作10余部，主編10余部；在國家級權威刊物和省級以上學術刊物發表論文百余篇。 (壹)音韻、方言學類研究著作
1《杜甫古詩韻讀》（中國展望出版社1985年12月）。
2《漳州方言研究》（香港縱橫出版社1994年10月）。
3《漢語音韻學論稿》（四川巴蜀書社1998年4月）。
4《中國語言學年鑒·漢語音韻學部分》（語文出版社2002年）。
5《閩臺方言的源流與嬗變》（福建人民出版社2002年12月）。
6《清代漳州三種十五音韻書研究》（福建人民出版社2004年12月）。
7《中國語言學年鑒·漢語音韻學部分》（商務印書館2006年10月）。
8《閩臺閩南方言韻書比較研究》（中國社會科學出版社2008年9月）。
9《閩臺方言的源流與嬗變》（人民出版社2013年9月）。
(二) 其他語言學著作
10《中學古漢語修辭》（福建教育出版社1989年9月）。
11《古漢語翻譯述要》（陜西人民出版社1990年12月）。
12《爾雅漫談》（臺灣頂淵出版社1997年11月)。
13《爾雅開講》（華東師範大學出版社2013年7月)。
(三)古代文化及古代文學著作
14《中國古代文化知識趣談》（香港啟明書局1989年6月）。
15《中國古代文化知識趣談》（香港導師出版社1992年6月）。
16《中國古代風俗文化論》（陜西人民出版社1993年4月）。
17《中國文學史述要》（香港導師出版社1996年7月）。
18《孟子漫談》（臺灣頂淵出版社1997年11月）。
19《孟子開講》（華東師範大學出版社2013年7月)。 1.《語言研究和應用》（第二主編，江蘇教育出版社1996年11月）。
2.《十三經漫談》（第二主編，臺灣頂淵出版社1997年11月）。
3.《漢語言文字學論叢》（主編，《古漢語研究》1998年）。
4.《藝文述林·語言卷》（主編，上海文藝出版社1999年12月）。
5.《福建人學習普通話指南》（主編，語文出版社2001年10月）。
6.《世界巨人傳記叢書·中國文學家卷》（主編，海天出版社1999年2月）。
7.《編輯與語言》(主編，廈門大學出版社1999年12月25萬字)。
8.《福建師範大學博士論文提要集》（主編，中國大百科全書出版社2007年11月）。
9.《福建師範大學優秀碩士論文提要集》（主編，中國大百科全書出版社2007年11月）。
10.《十三經開講》（第二主編，華東師範大學出版社2013年7月）。
11.《海峽兩岸語言及辭書學研究》（第壹主編，福建人民出版社2013年11月）。 1 《詩經》行露 新臺 的語言結構 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)1881年第2期
2 從杜甫詩用韻看濁上變去問題 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)1982年第3期
3 白居易詩用韻研究 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)1984年第1期
4 王力主編《古代漢語》中的通假字管見 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報1986年第3期
5 評袁梅《詩經譯註》中之“葉音” 馬重奇 福建師大中文系 期刊南平師專學報1987年第1期
6 杜甫古詩用韻研究 馬重奇 福建師大中文系 期刊南平師專學報(哲學社會科學版)1988年第1期
7 合敘釋例 馬重奇 福建師大中文系 期刊語文1988年第5期
8 代稱格例釋 馬重奇 福建師大中文系 期刊寧德師專學報(哲學社會科學版)1988年第2期
9 文言層遞辭格淺論 馬重奇 福建師大中文系 期刊語文1989年第4期
10 合敘淺談 馬重奇 福建師大中文系 期刊修辭學習1989年第5期
11 顏師古《漢書註》中的“合韻音”淺論 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)1989年第1期
12 韓愈古詩用韻考-兼與白居易古詩用韻比較 馬重奇 福建師大中文系 期刊陜西師範大學學報(哲學社會科學版)1990年第1期
13 顏師古《漢書註》反切考 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)1990年第3期
14 清代吳人南曲分部考 馬重奇 福建師大中文系 期刊語言研究》1991年增刊《漢語言學國際學術研討會論文集》
15 古音陰入對轉疏證 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)1991年第4期
16 《類篇》中的同字重韻初探 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)1993年第2期
17 漳州方言同音字匯 馬重奇 福建師大中文系 期刊方言1993年第3期
18 試論上古音歌部的輔音韻尾問題 馬重奇 福建師大中文系 期刊古漢語研究1993年第3期
19 《類篇》方言考-兼評張慎儀《方言別錄》所輯唐宋方言 馬重奇 福建師大中文系 期刊語言研究1993年第壹期
20 閩南漳州方言中的反切語 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)1994年第1期
21 《起數訣》與《廣韻》《集韻》比較研究-《皇極經世解起數訣》研究之壹 馬重奇 福建師大中文系 期刊語言研究1994年增刊，《漢語音韻學第三次國際學術研討會論文集》
22 漳州方言重疊式動詞研究 馬重奇 福建師大中文系 期刊語言研究1995年第壹期
23 漳州方言的重疊式形容詞 馬重奇 福建師大中文系 期刊中國語文1995年第2期
24 《南音三籟》曲韻研究 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)1995年第1期
25 漳州方言的文白異讀 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建論壇1996年第4期
26 《起數訣》與《韻鏡》《七音略》比較研究-《皇極經世解起數決》研究之二 馬重奇 福建師大中文系 期刊《語言研究》1996年增刊，《漢語音韻學第四次國際學術研討會論文集》。
27 《切韻》系韻書韻目分類檢字法比較研究 馬重奇 福建師大中文系 書刊全國高等師範院校現代漢語教學研究會組編的《現代漢語研究專題》，天津人民出版社1996年12月版
28 漢語音韻學第四次國際學術研討會暨中國音韻學研究會第九次學術年會綜述 馬重奇 福建師大中文系 期刊中國社科院語言所《中國語文》1996年第6期
29 漢語音韻學第四次國際學術研討會暨中國音韻學研究會第九次學術討論會論文會議述評 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建社科界1996年第4期
30 《廣韻》韻系與漳州方言韻系比較研究(壹) 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師大學報(哲學社會科學版) 1997年第2期
31 《廣韻》韻系與漳州方言韻系比較研究(二) 馬重奇 福建師大中文系 期刊福建師大學報(哲學社會科學版) 1997年第3期
32 福建方言研究概況 馬重奇 福建師大中文系 期刊《福建論壇》1997年第4期
33 《廣韻》聲母系統與漳州方言聲母系統比較研究 馬重奇 福建師大中文系 書刊著名音韻學家唐作藩先生七秩華誕紀念論文集《語苑擷英》，1998年1月北京語言文化大學出版社出版
34 福建語言文字研究概述 馬重奇 福建師大語言研究所 期刊《福建論壇》1998年第2期
35 明末上海凇江韻母系統研究 馬重奇 福建師大語言研究所 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版) 1998年第3期
36 《泉州方言文化》序 馬重奇 福建師大語言研究所 書刊林華東著《泉州方言文化》，福建人民出版社1998年4月版大學出版社出版
37 《匯集雅俗通十五音》韻部系統研究 馬重奇 福建師大語言研究所 期刊《語言研究》1998年增刊《漢語音韻學第五次國際學崐術研討會論文集》
38 《匯集雅俗通十五音》聲母系統研究 馬重奇 福建師大語言研究所 期刊《古漢語研究》1998年增刊
39 《漢語語法學論稿》序 馬重奇 福建師大語言研究所 書刊劉永耕《漢語語法學論稿》，巴蜀書社1999年4月版
40 1994-1997年漢語音韻學研究綜述 馬重奇 福建師大語言研究所 期刊《福建論壇》1999年第5期
41 閩南方言“la-mi式”和“ma-sa式” 秘密語研究 馬重奇 福建師大語言研究所 書刊商務印書館《中國語言學報》1999年第5期
42 世界巨人傳記叢書·中國文學家卷·總序 馬重奇 福建師大語言研究所 書刊深圳海天出版社1999年出版
43 元代小令陰聲韻部研究—《元代小令集》用韻研究之二 馬重奇 福建師大語言研究所 期刊福建電大學報 1999-11-15
44 元代小令陽聲韻部研究—《元代小令集》用韻研究之壹 馬重奇 福建師大語言研究所 期刊福建電大學報 1999-08-15
45 《閩腔快字》研究 馬重奇 福建師範大學中文系 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版) 1999-04-20
46 中國語言學會第十屆學術年會暨國際中國語文研討會綜述 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州 中國社會科學院語言所《中國語文》1999年第4期
47 中國語言學:回顧與展望——中國語言學會第十屆學術年會暨國際中國語文研討會綜述 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版) 1999-10-20
48 《增補匯音》音系研究 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州 書刊《中國音韻學研究會第十次學術討論會暨漢語音韻學第六屆國際學術研討會論文集》香港文化教育出版社有限公司2000年8月
49 福建福安方言韻書《安腔八音》 馬重奇 福建師範大學文學院 福州 期刊方言 2001-02-25
50 方言與文化的立體觀照──序林華東的《泉州方言文化》 馬重奇 福建師範大學研究生處 期刊泉州師範學院學報 2001-02-28
51 《渡江書十五音》音系性質研究--與《匯集雅俗通十五音》比較研究 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州 書刊中國語言學會第十屆學術年會暨國際中國語文研討會宣讀的論文《中國語言學報》 第十期，商務印書館2001年出版
52 《廣韻》韻系與漳州方言韻系比較研究 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州 書刊中國文聯出版社2001年5月林繼中主編《閩南方言· 漳州話研究》
53 閩南漳州方言的la-mi式和ma-sa式音秘密語研究——與福州廋語、嘴前話和切腳詞比較 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州 書刊中國文聯出版社2001年5月林繼中主編《閩南方言· 漳州話研究》
54 臺灣閩南方言韻書比較研究 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)2001年第4期
55 閩臺閩南話與普通話韻母系統比較研究 馬重奇 福建師範大學 福建福州 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2002-08-30
56 福建閩南方言韻書比較研究 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版)2002年第2期
57 清代漳州韻書方言本字考 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版) 2003-07-28
58 《匯集雅俗通十五音》文白異讀系統研究(壹) 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福州 期刊方言 2004-05-24
59 《匯集雅俗通十五音》文白異讀系統研究(二) 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福州 期刊方言 2004-08-24
60 閩人遷徙入臺史略及閩南、客家諸方言在臺灣的傳播和發展 馬重奇 福建師範大學 福建福州 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版) 2004年第4期
61 1998-2003年漢語音韻研究綜述(下篇) 馬重奇 福建師範大學 福建福州 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2004-12-30
62 1998-2003年漢語音韻研究綜述(上篇) 馬重奇 福建師範大學 福建福州郵編: 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2004-11-30
63 《宋代古音學與吳棫<詩補音>研究·專家評審意見》 馬重奇 福建師範大學研究生教育學院書刊張民權著《宋代古音學與吳棫<詩補音>研究》，商務印書館2005年1月版
64 移民與方言 馬重奇 福建師範大學研究生教育學院 書刊《福建移民史》下編第三章“移民與方言”，方誌出版社2005年1月版
65 閩人南遷與閩方言的傳播和發展 馬重奇 福建師範大學研究生教育學院 福建福州 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版) 2005-07-28
66《潮聲十五音》音系研究 馬重奇 福建師範大學 福建福州 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2006-12-15
67 《擊木知音》音系研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 福建福州 書刊中國大百科全書出版社，《語苑擷英》（慶祝唐作藩教授八十華誕學術論文集）P107-118，2007年12月
68 姚弗如《潮聲十七音》音系研究 馬重奇 福建師範大學閩臺區域研究中心語言研究所 福建福州 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版) 2007-11-28
69 閩臺閩南方言詞匯比較考源(二) 馬重奇; 張凡 福建師範大學研究生院; 浙江大學 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2007-10-15
70 閩臺閩南方言詞匯比較考源(壹) 馬重奇; 張凡 福建師範大學研究生院; 浙江大學 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2007-09-15
71 . 閩臺閩南方言諸韻書音系比較研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 福建福州 期刊《閩臺文化交流》2008年第4期
72 閩臺閩南方言諸韻書音系比較研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 福建福州 期刊《中國語言學》2008年創刊號
73 粵東潮汕五種閩南方言韻書音系比較研究 馬重奇 福建師範大學閩臺區域研究中心語言研究所 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版) 2008-07-28
74 壹部弘揚閩南方言文化的力作——讀林華東新著《泉州方言研究》 馬重奇 福建師範大學研究生院 福建福州 期刊泉州師範學院學報 2008-05-25
75 《潮聲十五音》與《潮語十五音》音系比較研究 馬重奇 福建師範大學語言研究所 福建福州 期刊古漢語研究 2008-03-15
76 閩臺閩南方言詞匯比較考源(四) 馬重奇; 張凡 福建師範大學; 浙江大學 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2008-12-15
77 閩臺閩南方言詞匯比較考源(三) 馬重奇; 張凡 福建師範大學閩臺區域研究中心; 浙江大學 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2008-11-15
78 《擊木知音》音系研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 期刊方言 2009-05-24
79 《潮語十五音》音系研究 陳偉達; 馬重奇 福建師範大學文學院; 福建師範大學研究生教育學院 期刊東南學術 2009-05-01
80 明閩北韻書手抄本《六音字典》音系性質及其聲韻調配合表 馬重奇 福建師範大學閩臺區域研究中心語言研究所 期刊福建師範大學學報(哲學社會科學版) 2009-11-28
81 十九世紀初葉福建閩南方言詞匯研究(二)——英·麥都思《福建方言字典》詞匯研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2009-12-15
82 十九世紀初葉福建閩南方言詞匯研究(壹)——英·麥都思《福建方言字典》詞匯研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2009-11-15
83 十九世紀初葉閩南三種韻書音系比較研究 馬重奇 福建師範大學閩臺區域研究中心、語言研究所 期刊古漢語研究 2009-12-15
84 十九世紀末福建兼漳泉二腔韻書音系研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 書刊臺灣核心THCI期刊《政大中文學報》第12期，2009年12月刊
85 清代三種漳州十五音韻書比較研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 書刊《呂叔湘先生百年誕辰紀念文集》，商務印書館2010年2月版
86 十九世紀初葉閩南三種韻書音系比較研究 馬重奇 福建師範大學閩臺區域研究中心/語言研究所 期刊中國社會科學文摘 第6期2010年6月刊
87 新發現閩北方言韻書《六音字典》音系研究 馬重奇 福建師範大學閩臺區域研究中心/語言研究所 期刊中國語文 2010-09-10
88 閩臺閩南方言韻書、辭典的源與流關系研究 馬重奇 福建師範大學閩臺區域研究中心 福建師範大學學報(哲學社會科學版) 2010-11-28
89 2004—2008年中國音韻學研究情況綜述 馬重奇 福建師範大學研究生院 期刊福建論壇(人文社會科學版) 2010-12-15
90 《林海權<古漢語研究論集>》序 馬重奇 福建師範大學研究生院語文出版社2010年9月出版
91 20世紀初葉粵東澄海方言音系研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 書刊《漢語的歷史探討》“楊耐思八十華誕紀念文集”，中華書局2011年1月版
92 二十年來閩方言研究綜述 馬重奇 福建師範大學研究生院 期刊東南學術 2011年第1期
93 明代閩北政和方言韻書《六音字典》去聲調研究 馬重奇 福建師範大學研究生院 期刊《古漢語研究》2011年第3期
94 明代閩北政和方言韻書《六音字典》入聲調研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊 福建論壇2011年第11期
95 明代閩北政和方言韻書《六音字典》上聲調研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊福建師範大學學報2011年第6期
96 明代閩北政和方言韻書《六音字典》平聲調研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊方言2011年第4期
97 明正德本《六音字典》陽聲韻的歷史層次研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊《漢語學報2012年第4期
98 明正德本《六音字典》“土音”研究》(壹)馬重奇 福建師範大學文學院期刊《古漢語研究2012年第4期
99 五百年來福建閩北政和方言去聲調演變研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊福建師範大學學報2012年第5期
100 清光緒本《六音字典》“土音”研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊福建論壇2012年第11期
101《戚林八音福安地方方言版》殘卷與《安腔八音》馬重奇 福建師範大學文學院期刊東南學術2012年第1期，第二作者
102 明本“出推闊乃後述古”字母與清本“肥賠簸犁樓驢爐”字母比較研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊福建師範大學學報2012年增刊
103 明本“交合克百化果直”字母與清本“勞羅栗粒花布勒”字母比較研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊福建師範大學學報2012年增刊
104 明本“備結射舌有條嘹”字母與清本“梨籬?閱彪表聊”字母比較研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊福建師範大學學報2012年增刊
105 明本“聲音坦橫班先”字母與清本“坪林藍藍鈴連”字母比較研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊福建師範大學學報2012年增刊
106 明本“穿本風通順朗唱”字母與清本“攣論闌黃籠龍郎涼”字母比較研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊福建師範大學學報2012年增刊
107 明正德本《六音字典》“十五音”的歷史層次研究馬重奇 福建師範大學文學院期刊東南學術2013年第壹期
108 新發現的明清時期兩種福建閩北方言韻書手抄本音系比較研究馬重奇 福建師範大學文學院期刊廣西民族大學學報1913年第2期
108 明正德本<六音字典>“土音”研究》(二)馬重奇 福建師範大學文學院期刊古漢語研究2013年第1期
109 閩臺漳州腔四韻書音系比較研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊閩臺文化研究2013年第1期
110 英國傳教士戴爾(Rev.Samuel Dyer)《福建漳州方言詞匯》研究馬重奇 福建師範大學文學院 期刊古漢語研究2013年第4期
111 明清以來福建閩北政和方言平聲調演變研究 馬重奇 福建師範大學文學院 《黃典誠教授百年誕辰紀念文集》廈門大學出版社2013.10
112 19世紀初葉西方傳教士漳州方言文獻音系考 馬重奇 福建師範大學文學院期刊福建師範大學學報 2014年第1期
113 明正德本《六音字典》入聲韻歷史層次研究 馬重奇 福建師範大學文學院期刊天津師範大學學報2014年第1期