阿笠博士為了讓偵探團去尋寶，帶大家去了年輕的時候死去的伯父的別墅。
為了找到博士藏起來的寶貝，.根據他在壹些家具和物品上畫著的圖案的暗號尋找他藏起來的寶藏。
少年偵探隊在尋找阿笠博士的過程中，發現每壹件東西的上面畫著壹些隱藏著指向下壹個物品的暗號；少年偵探團們依靠房間裏隱藏的暗號逐漸解開了謎題。
但是博士準備的作為寶藏的玩具被某個人破壞了。此時柯南發現別墅中還有其他的暗號，說不定別墅中真的有寶藏!
柯南開始解開別墅中另外隱藏著的暗號；少年偵探隊就發現了這個之前暫時居住在這裏的老人在這間別墅的家具的物品上畫上了壹些星星，月亮，太陽的圖案；
而且這些物品上畫的壹些都是隱藏著指向下壹件物品的暗號。然後，少年偵探隊根據這些壹件指向另壹件物品的暗號，總的來說，就是暗號以連串箭頭的形勢，尋找隱藏在這間別墅裏的寶藏……
最後孩子們找到了壹間隱藏的房間，進去看時竟發現了壹具幾乎變成白骨的屍體!
屍體是壹個為博士伯父畫過像的畫家；
為了逃避畫假^他帶著模版躲到別墅的密室裏；因某天突發心臟病去世.。
另外那個在別墅中尋寶的人,就是逼迫他畫假^的人；他的目的是尋找模版.最終被柯南制服；
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