臺灣和內地的拼音不壹樣。
漢語拼音是58之後搞出來的，臺灣用的是威妥瑪氏註音，威瑪氏音標，在1958年大陸推廣漢語拼音方案前廣泛被用於人名、地名註音，影響較大。1958年後，逐漸廢止。
中國大陸除了少數需要保持文化傳統的場合外，基本不用，除壹些已成習用的專有名詞如I-ching（易經）、Tai-chi（太極）仍保留威妥瑪拼音以外（註意北大清華蘇大等英文名為郵政拼音，中山大學為粵語拼音，都不是威妥瑪拼音），而大多數地名、人名已使用漢語拼音。
“漢語拼音”特指中華人民***和國政府於1958年頒布的《漢語拼音方案》。
其他的拉丁字母方案，包括威妥瑪氏拼音（外國傳教士發明的）、郵政拼音（地名，清朝）、國語羅馬字（中華民國在大陸搞的）、國語註音符號第二式（臺灣當局）、通用拼音（臺灣當局）等等，都可以叫“拼音”，但不叫“漢語拼音”。
臺灣的國文教學仍然使用註音符號，像這種：ㄅㄉㄓㄚㄞㄢㄦㄆㄊㄍㄐㄔㄗㄧㄛㄟ。這套符號在大陸出版的新華字典上也有（新版還有沒有不確定），《漢語拼音方案》也是用它給拼音註音的。
漢字轉寫為拉丁字母方面，臺灣處於多種拼音方案混用的狀態，包括威氏、漢語拼音、通用拼音、各種自行發明的拼寫都能見到。臺灣的人名、地名如何拼寫完全依名從主人原則決定。
最後，某些字在兩岸的標準讀音不同，這與使用哪套方案給漢字註音沒有關系，純粹是兩岸分治、兩岸各自有壹套語言文字管理機關造成的。