異苑則記載說桓玄出生時光芒滿室,有個善於占蔔的人說：此兒生有奇耀,宜目為天人。並取名為神靈寶。桓溫嫌他取的名字有三字,便減去神壹字,名曰靈寶。
史學家周壹良認為,桓玄的名字有道、靈寶等字眼,是桓氏其信奉天師道的標誌。
忿而殺鵝桓玄小時,與壹眾堂兄弟鬥鵝,但桓玄的鵝總是不及堂兄弟強,十分不忿。於是有壹晚到鵝欄殺死了堂兄弟們的鵝。天亮後家人都驚駭不已,以為發生了怪事,向桓沖報告。桓沖心知是桓玄作的,壹問,果然如此。
地不能載桓玄稱帝後入宮,坐上床上,突然床破爛了,眾人見此皆失色,殷仲文奉承說：陛下您聖德深厚,大地也不能承受了。這話令桓玄十分高興。
下筆成章桓玄擅寫文章,可從其事跡中看到。王恭死後,桓玄曾登江陵城南樓,說：我現在想為王孝伯作悼詞。吟嘯良久後就下筆,很快就寫好了。
桓玄消滅殷仲堪、楊_期後,荊州刺史府、江州刺史府、後將軍府、七州都督府、南郡公府皆來賀,五個版牘壹同進入,桓玄見版至使即答,皆美而成章,並不揉雜。
喜好裝飾桓玄喜好裝飾和書畫,在擊敗司馬元顯後,桓玄遷鎮姑孰,就大築城內官府,建築物和假山水池等都十分壯麗。另又曾以輕舟載著他祁宗政新書網的書畫、服飾和玩物,有人因而勸諫他,桓玄竟說這些東西應該隨身,而且稱當時兵兇戰危,若發生問題就可以很快運走。眾人聽後都笑他。
不設寒具桓玄喜歡收藏書畫,也特別珍惜書畫。每當有客人來訪時,他就出示自己收藏的書畫給他們炫耀。有客人吃了桓玄招待他們的寒具後,沒洗手就觸摸這些書畫,使書畫沾了油汁。桓玄很不高興,此後會客再也不設寒具。後人遂以桓玄寒具油的典故代指觀賞書畫。
好為己功桓玄因劉裕討伐而西走江陵時,就於道上作起居註,內容都是他抵抗劉裕義軍的事,自稱自己指揮各軍,算無遺策,只因諸將違反其節度才兵敗,是非戰之罪。由於桓玄專心寫起居註,所以都沒閑暇時間和群下商議對策。寫成後桓玄就將起居註宣示遠近。
尊不及祖桓玄尊崇其父桓溫,故在篡位稱帝後就追尊桓溫為宣武皇帝,太廟都只供奉他,卻沒有追尊祖父桓彜或以上的祖宗。
故及至桓玄遭受劉裕義軍來勢洶洶的進攻時,曹靖之稱其令晉室神主流離飄泊以及追尊不及祖父觸怒神明,令桓玄很是恐懼忿怨。
史學家田余慶考證認為,桓玄的祖上很可能就是三國時被司馬懿誅三族的桓範,其漏網之子孫桓楷、桓顥等到風頭過後,才出仕晉朝,桓玄代晉之後,亦不願揭示桓氏家族歷史的真象,仍然諱莫如深,所以才尊不及祖。
王朝讖言據說,元興年間衡陽有母雞變成雄雞,八十日後雞冠卻萎縮了。後來桓玄建立楚國,衡陽郡亦在十郡以內,而自桓玄即位至敗走建康,也大約是八十日。當時亦有童謠：長幹巷,巷長幹,今年殺郎君,後年斬諸桓。郎君即司馬元顯,司馬元顯於元興元年被殺,桓氏則於元興三年因桓玄敗死而遭誅殺。