但是從目前的情況看來，紙質讀物有五個特性是電子閱讀不能取代的，這也是在電子閱讀應用開發者必須要克服的五個問題。
壹、電子閱讀不可“翻閱”
對於大多數熱愛閱讀的人來說，翻閱紙質讀物是壹個很隨意的過程。手拿壹本書或雜誌，我們可以很快翻到感興趣的篇章並反復翻閱。但是在電腦或平板電腦上的閱讀器上，我們就很難獲得這樣的體驗。
筆者以蘋果的iBooks為例。雖然這款軟件已經模擬出紙質書的外形與翻動效果，但是我們終究無法在壹個平面顯示屏上實現“翻書”的過程，更別提跳躍式地翻看作品的上下文內容了。
此問題在字典類讀物上體現得格外明顯。拿壹本《新華字典》，我們按拼音順序或者書籍側面的提示條可以很快翻到大概的位置，然後再仔細看七八頁就能找到要查的字。但電子詞典就不可能做到這壹點，如果用戶必須輸入關鍵字後，才能完成搜索。
總之，電子閱讀的“直接跳轉”並不能代替紙質書的翻閱體驗。想象壹下，壹位想查看書中細節的用戶，由於不知道頁碼，所以只能在顯示屏上壹頁壹頁地滑……這是多麽悲劇的壹件事啊！
二、電子閱讀難做標記和註釋
很多人讀書時習慣動筆做筆記與標註，但這個習慣在電子閱讀時就很難堅持下去了。在電子閱讀器上做標記與註釋實在很不方便。雖然iBooks曾推出了註釋與標記的功能，但蘋果的電容屏都靠手指觸摸操作，用戶很難點中屏幕上那並不大的文字。
而且，電子閱讀完全不支持畫圖功能。對於很多書籍，我們需要用畫圖的方式來整理思路，這更能簡明清晰地表示邏輯關系。目前筆者尚未發現壹款支持在電子書上任意圈畫的軟件。
當然，目前軟件開發商業也在努力解決這個問題，像印象筆記不久前曾推出了“剪藏”與“圈點”。其中“剪藏”可以剪輯部分或全版網頁上的文本、圖像和鏈接；而“圈點”可以對手機中的圖片做圈畫式的標記。
如果這些功能將來能延伸到每壹個電子閱讀應用中，或許才能真正解決標記、註釋、摘抄困難的問題。
三、電子閱讀不精於排版
現在大部分閱讀軟件的排版方式屬於“自行編輯”。用戶需要自行安排文字的顏色、疏密等等，而且這些電子文檔中基本沒有配圖。
而紙質書則不同，有專門的編輯來設計封面、編輯插圖、調整頁面顏色、調整文字的字體、大小與疏密等。
所以，從版式設計的角度看，電子閱讀的舒適度遠不如傳統紙質閱讀。
四、信息龐雜影響讀者專註度
閱讀是壹個私密度較高的活動，它需要相對安靜的環境，不能有太多的幹擾。而電子設備卻容易帶來幹擾。例如，筆者用iPad讀書時，很容易想去點擊別的應用程序，或者查看其他相關信息。這些瑣事時常讓閱讀中斷。讀者很難靜下心去看壹些有深度或需要專註思考的書籍。
從這壹點看，電子閱讀那龐雜的信息量其實並不能提升用戶的閱讀體驗，反而會降低的讀者專註度。這壹點也很大程度地局限了目前電子閱讀器中的內容——人們只通過電子閱讀來看碎片化的、娛樂性的、即時性的信息。
五、快餐內容僅能滿足消遣需求
正是前文所述的幾種形式上的問題，導致了目前電子閱讀在內容上的“快餐”化。雖然有人會在電子閱讀器上看名著，但這部分讀者遠少於網絡小說的擁躉。筆者認為，紙質讀物與電子閱讀在內容上的差別如下：
紙質讀物有深度，電子閱讀較快速；
紙質讀物多經典，電子閱讀多新奇；
紙質讀物多完整，電子閱讀多碎片。
我們必須認識到，以娛樂、消遣為主要目的電子閱讀只能傳遞信息，卻無法傳承知識，而這才是紙質讀物最重要的功能。
對於讀者來說，完整、深入、客觀、真實的內容是其永恒的需求(即使有時這種需求並不強烈)。電子閱讀想代替紙質讀物滿足這部分需求，尚需時日。