據史書記載，六朝時期，南京的梅花種植十分興盛。明代，靈谷寺東南有壹處觀梅勝地，叫梅花塢，是明代朝廷專門辟出的梅園。這期間有1000多株梅樹，梅子供奉在祠堂裏祭拜皇帝的祖先。梅園裏每棵李子樹都掛著“禦”字。因為明朝刑法嚴厲，雖然遊客很多，但沒人敢私自爬樹枝。
20世紀30年代初，當時的總理陵園管委會將中山陵園植物園內的梅花山變成了玫瑰花卉區，開始種植李子。到抗戰前夕，這裏已經形成了壹片梅林，每當梅花盛開時，遊客往往絡繹不絕。1944年正式叫梅花山。
近年來，梅花山梅花種植規模不斷擴大，新品種不斷湧現。如今，梅花山擁有梅園面積400多畝，形成了三大梅花體系、五大類、18個花型、230多個品種，共約15000株。其中不乏精品，如淡紅妝的宮芬梅、遊龍的龍遊梅、翠萼的綠萼梅、如花似雪的玉蝶梅、胭脂珠的朱砂梅，以及別角晚水、南京紅等外來品種。此外，“單瓣跳枝”、“粉紅小朱砂”等60多個品種已獲得國際註冊。俗話說“花不會開好”，所以在梅花含苞待放的時候去梅花山“探花”是很特別的。梅花盛開時，開滿鮮花的梅花山，讓遊客沈醉在如畫的美景中。
對於南京來說，梅花山不是壹個普通的小山，而是壹個重要的“文化空間”，是南京梅花節的重要文化空間。公元252年，武帝孫權去世，享年71，葬於中山南麓高崗。陵墓歷史上叫“江陵”，埋葬的地方叫“孫陵崗”，就是今天的梅花山。
孫權此舉開創了歷代建都南京的著名皇帝或政治家喜歡以中山為陵址的先例，即他也是中山陵文化的開創者。中山埋葬的皇帝不下10位，但只有孫權、朱元璋和孫中山先生能葬在中山主峰下或東、中、西峰下。