主要保護對象為常綠闊葉林、黃腹錦雞和南方紅豆杉；君子峰省級自然保護區面積13848公頃，主要保護常綠闊葉林和南方紅豆杉。
截止2007年，據科學調查，福建君子峰國家級自然保護區共有高等植物286科927屬2038種，大型真菌38科136種，微生物10目56種，脊椎動物30目85科35屬56種，昆蟲30目260科18種。其中有國家壹級保護植物南蛇藤、銀杏、南方紅豆杉3種，國家壹級保護動物雲豹、黃腹雉、蟒蛇3種。植物
建明溪是中亞熱帶基帶常綠闊葉林中唯壹已知的低海拔大面積分布區，群落原生性強。保護區內的植被類型有暖性針葉林、混交林、暖性針葉林、落葉闊葉林、常綠闊葉林、常綠闊葉林、竹林、常綠闊葉灌草，包括9個植被類型，33個群系，60個群叢。如閩楠林(分布面積3000公頃)、米櫧林、米櫧林、阿丁楓林、觀光木林等都保存完好，閩楠林包括閩楠-箬竹-狗脊、閩楠-鳳尾草、閩楠-紫金牛。常綠闊葉林是該地區的地帶性植被。閩楠林、甜櫧林、甜櫧林、甜櫧林、甜櫧林、觀光林、南方紅豆杉林等保存完好。自然保護區共有維管植物115目1692種，其中蕨類植物6目39科180種，裸子植物2目7科14種，被子植物173種。被子植物中，木蘭科5目6科23種，香樟3目465，438+0種，胡椒2目9種，香石竹5目35科49種，百合科22目297種，毛茛科5目42種，金縷梅5目7科62種，薔薇科60目65，438種。保護區內經濟植物資源十分豐富，包括藥用植物776種，食用植物102種，園林植物173種，制革植物37種，油料植物115種，芳香植物47種，蜜源植物119種，纖維植物等。國家重點保護野生植物有24種。其中，紅豆杉(樁。)Rehd。var。Mairei (Lemee et Levl。程(Cheng et l.k.fu)，伯樂樹有三種。其中，國家二級重點保護的有黑桫欏、金毛狗脊、福建柏、香榧、鵝掌楸、香樟、鵝掌楸、閩楠、金蕎麥、黃連、半枝蓮、絞股藍、櫸樹、鵝掌楸、大豆、花豆、喜樹等，有265此外，土壤和樹木中的大型真菌有12目和11目39科166種，微生物有68種。
動物
這個自然保護區有豐富的動物資源。野生脊椎動物34目100科384種，其中魚類5目13科49種，兩棲動物2目7科26種，爬行動物3目12科63種，鳥類47目197種，哺乳動物8目2657種。列入國家重點保護的物種，包括黑豹、黃腹角雉、長尾雉、蟒蛇4種，還有國家二級保護的獼猴(Macaca mulatta)、穿山甲(Manis pentadactyla)、豺(Cuon alpinus)、黑熊(Selenarctos thibetanus)、果子貍(Viverricula indica)和果子貍(Viverra zibetha)。金貓(Felis termmincki)、瞪羚(Capricornis sumatraensis)、鴛鴦(Aix galerioulata)、遊隼(peregrinus peregrinus)、白鷴(Lophura nycthemera)、蛇雕(Spilornis cheela)、中華虎斑林蛙、歐洲鰻鱺等34種。此外，還有昆蟲綱29目280科2316種，蛛形綱4目20科96種。