前338年，秦孝公病危，想傳到商鞅那裏，但商鞅拒絕接受。同年，秦孝公去世，其子惠文王即位，即秦暉王。
這時商鞅想退位，有人對秦說:“壹個大臣如果資歷很高，就會危害國家，如果和身邊的人走得太近，就會被殺死。現在秦國的男女老少只知道商鞅的新法，卻不知道妳。況且妳與商鞅有仇，望妳早做決斷。”
這時，公子謙等人趁機報告商鞅謀反，秦惠文派人逮捕商鞅。商鞅逃到邊境，想住招待所。招待所的主人並不知道他是商君，見他沒有帶任何證件，就告訴他“尚軍律”(即商鞅律)規定，沒有證件留宿的客人要受到“坐在壹起”的處罰。商鞅感嘆“制定的新法，居然留下了這種危害”，這就是成語“殺身成仁”的由來。
商鞅想投靠魏國，但魏國拒絕了他，因為他背信棄義地攻破了魏帥，並活捉了公子昂。無奈，商鞅潛回自己的封地商城，立即組織城兵北上攻打鄭(今陜西滑縣)。秦國派兵討要，商鞅在澠池(今河南澠池)戰敗被殺。
他的屍體被運回鹹陽，秦惠王下令“車裂”的懲罰，商鞅的家人也被殺。
延伸資料商鞅，法家代表人物，魏王後代。商鞅輔佐秦孝公，積極推行變法，使阿沁成為富強之國，史稱商鞅變法。
政治上，對秦國的戶籍、軍號、土地制度、行政區劃、稅收、度量衡、民風民俗等進行改革，制定苛法。經濟上，主張重農抑商，重獎農事；軍事上，收復河西之地，分15城給商，名，史稱商鞅。
商鞅在變法辯論中提到“聖人可以強國，但不合法；如能造福於民，不遵其禮”成為秦國政治的指導原則，使得秦國領先於山東六國。“其次，商鞅執法不避權貴，對醫生的處罰表明他堅決貫徹法家的這壹思想。
最後，法家還有壹個* * *性質，就是商鞅和法家壹樣，以“知法”的態度和精神進行政治改革，讓人民知道法律。
商鞅獨立思想的影響主要表現在三個方面。首先，商鞅主張整農的經濟政策。為此，他頒布了《墾草令》，制定了二十條重農墾荒法。壹方面直接或間接刺激農業發展，另壹方面壓制工商業。其次，商鞅主張嚴懲重賞。
商鞅認為，人的本性是逐利怕罪的。只要嚴懲重賞，人民就能治理得好，國家就能穩定。為此商鞅壹方面制定了嚴厲的刑法治理百姓，另壹方面又賞賜李信。第三，商鞅主張重兵尚武，有軍國主義思想。最後，商鞅主張國家要統壹人民的思想，制定統壹的制度，達到統壹的目的。
在他死後，商鞅的思想逐漸形成了壹個學派，叫做商學院。商學經過創立、探索、發展、定型、後勁五個階段，逐漸成為統治秦國乃至秦朝的思想主流，符合秦代歷史。
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